引言 DNA計算簡介
第一部分 背景與動機(jī)
第1章 DNA的結(jié)構(gòu)與處理
1.1 DNA的結(jié)構(gòu)
1.2 DNA分子的操作
1.3 讀出序列
1.4 文獻(xiàn)注記
第2章 分子計算初步
2.1 Adleman實驗
2.2 我們能否解決可滿足性問題及破譯DES密碼
2.3 計算模式--一些再思考
2.4 DNA計算：希望與挑戰(zhàn)
第二部分 數(shù)學(xué)理論
第3章 形式語言理論介紹
3.1 基本記號，文法，自動機(jī)，文法系統(tǒng)
3.2 遞歸可枚舉語言的刻畫
3.3 通用圖靈機(jī)和O型文法
3.4 文獻(xiàn)注記
第4章 粘貼系統(tǒng)
4.1 粘貼運(yùn)算
4.2 粘貼系統(tǒng)及其分類
4.3 粘貼系統(tǒng)的生成能力
4.4 正則語言和線性語言的表示
4.5 遞歸可枚舉語言的刻畫
4.6 正則粘貼系統(tǒng)
4.7 文獻(xiàn)注記
第5章 Watson-Crick自動機(jī)
5.1 Watson-Crick有窮自動機(jī)
5.2 WK簇之間的關(guān)系
5.3 遞歸可枚舉語言的刻畫
5.4 Watson-Crick有窮轉(zhuǎn)換器
5.5 Watson-Crick有窮自動機(jī)的其他變形
5.6 帶有Watson-Crick內(nèi)存的Watson-Crick自動機(jī)
5.7 關(guān)于Watson-Crick自動機(jī)的通用性理論
5.8 文獻(xiàn)注記
第6章 插入-刪除系統(tǒng)
6.1 DNA結(jié)構(gòu)中的插入-刪除
6.2 遞歸可枚舉語言的刻畫
6.3 單字符插入-刪除系統(tǒng)
6.4 只使用插入運(yùn)算
6.5 文獻(xiàn)注記
第7章 剪接系統(tǒng)
7.1 從DNA重組到剪接運(yùn)算
7.2 作為語言運(yùn)算的非迭代剪接
7.3 作為語言運(yùn)算的迭代剪接
7.4 擴(kuò)充H系統(tǒng)；生成能力
7.5 簡單H系統(tǒng)
7.6 文獻(xiàn)注記
第8章 有窮H系統(tǒng)的通用性
8.1 用2一剪接代替1一剪接
8.2 允許和禁止上下文
8.3 目標(biāo)語言
8.4 程序化系統(tǒng)和進(jìn)化系統(tǒng)
8.5 雙剪接H系統(tǒng)
8.6 多重集合
8.7 通用性結(jié)果
8.8 文獻(xiàn)注記
第9章 剪接循環(huán)串
9.1 循環(huán)串的剪接運(yùn)算變量
9.2 一個變形變量及其能力
9.3 文獻(xiàn)注記
第10章 分布式H系統(tǒng)
10.1 剪接文法系統(tǒng)
10.2 通信分布式H系統(tǒng)
10.3 雙層分布式H系統(tǒng)
10.4 分時分布式H系統(tǒng)
10.5 計算完備性H系統(tǒng)的總結(jié)
10.6 文獻(xiàn)注記
第11章 再述剪接
11.1 受限剪接：非重復(fù)情況
11.2 復(fù)制系統(tǒng)
11.3 文獻(xiàn)注記
參考文獻(xiàn)