劉毅，字希樂，彭城郡沛縣人。曾祖父劉距，做過廣陵相。叔父劉鎮(zhèn)，官至左光祿大夫。劉毅從小胸懷大志，不治家財(cái)產(chǎn)業(yè)，最初做官為州從事，桓弘召為中兵參軍屬。
桓玄篡位，劉毅與劉裕、何無忌、魏詠之等興兵起義，暗中謀劃討伐桓玄，劉毅討伐駐京口的徐州刺史桓..、駐廣陵的青州刺史桓弘。劉裕率劉毅等行至竹里，桓玄派其部將皇甫敷、吳甫之向北進(jìn)軍抗拒義軍，兩軍相遇在江乘，劉裕義軍臨陣斬吳甫之，義軍進(jìn)至羅落橋，又?jǐn)鼗矢Ψ笾准?jí)?；感鬄榛炭?，派桓謙、何澹之進(jìn)駐覆舟山。劉毅等率部進(jìn)至蔣山，劉裕讓瘦弱兵士登山，多樹旗幟作為疑兵，桓玄不能判斷敵情，更加恐慌。桓謙等士卒多為北府兵，素來懾服劉裕，不敢出戰(zhàn)。劉裕與劉毅等將士卒分成數(shù)隊(duì)，沖入桓謙陣中，皆拼命死戰(zhàn)，無不以一當(dāng)百。當(dāng)時(shí)東北風(fēng)刮得正迅疾，義軍乘機(jī)縱火，濃煙滾滾，遮天蔽日，戰(zhàn)鼓聲喊殺聲震撼京師，桓謙等人所率軍馬頃刻間倉惶逃散。
桓玄西逃，劉裕任命劉毅為冠軍將軍、青州刺史，與何無忌、劉道規(guī)一同追擊桓玄?；感?qiáng)逼天子與瑯王牙王西遷，劉毅與劉道規(guī)及下邳太守孟懷玉等追上桓玄，在崢嶸洲一帶大戰(zhàn)。劉毅乘風(fēng)勢(shì)縱火攻擊敵陣，士卒拼死爭(zhēng)先，桓玄部眾大敗，燒毀輜重連夜逃走?；感繉⒐?、劉雅等襲擊攻占了氵尋陽，劉毅派武威將軍劉懷肅討伐劉雅等人平定了氵尋陽。
桓玄死后，桓振、桓謙又聚集部眾在靈溪一線抵抗劉毅?；感繉ⅠT該率兵與桓振會(huì)合，劉毅發(fā)兵攻擊，為桓振所敗，退守氵尋陽，因戰(zhàn)敗獲罪免去職務(wù)，不久官復(fù)原職。劉裕命何無忌受劉毅節(jié)制，何無忌認(rèn)為督察地方政事很繁瑣，便隨己意解除了統(tǒng)轄之權(quán)。劉毅不滿何無忌擅自行事，就免去了他的瑯王牙內(nèi)史之職。只讓他以輔國(guó)將軍的身份協(xié)助軍事，何無忌從此便與劉毅不和。劉毅自己承認(rèn)過失，當(dāng)時(shí)議論認(rèn)為他做得對(duì)。劉毅與劉道規(guī)再次從氵尋陽發(fā)兵西征。桓亮自號(hào)江州刺史，劉毅派劉敬宣率兵擊退桓亮。劉毅率軍駐扎夏口。當(dāng)時(shí)桓振黨羽馮該戍守大江兩岸，孟山圖據(jù)守魯城，桓山客據(jù)守偃月壘，總計(jì)有萬余人，戰(zhàn)艦連接兩岸，水上陸地相互支援。劉毅率眾軍進(jìn)討，未到夏口，遇大風(fēng)吹來，飄走千余人淹死在大江里。劉毅與劉懷肅、索邈等又率部攻打魯城，劉道規(guī)率兵攻打偃月壘，何無忌與檀祗將艦擺列在大江中間嚴(yán)陣以待，以防止敵艦逃跑。劉毅身穿甲胄，攻占了魯城，只過半日而偃月壘亦被義軍攻破，生擒了桓山客，馮該逃走。劉毅進(jìn)而平定了巴陵。劉裕任命劉毅為使持節(jié)、兗州刺史，將軍職號(hào)不變。劉毅號(hào)令嚴(yán)整，所經(jīng)城邑，秋毫無犯，百姓安定喜樂。南陽太守魯宗之起義，率軍襲擊襄陽，打敗襄陽守將桓蔚。劉毅等率大軍駐扎在江陵的馬頭?；刚駫冻痔熳?，盤據(jù)江津。魯宗之又打敗了偽將溫楷，桓振親自率兵攻打魯宗之。劉毅乘機(jī)率何無忌、劉道規(guī)等各路軍馬在豫章口一舉擊敗了馮該，又乘勝前進(jìn)，占領(lǐng)了江陵城?；刚衤勚瓿窍萋?，便與桓謙北逃，天子得以反正復(fù)位，劉毅逮捕桓玄黨羽卞范之、羊僧壽、夏侯崇之、桓道恭等，全部處死?；刚裼峙c苻宏從鄖城進(jìn)兵襲擊占領(lǐng)了江陵，與劉懷肅相持不下。劉毅派部將攻擊桓振，殺死了桓振，并斬偽輔國(guó)將軍桓珍。劉毅又攻占了遷陵，在臨嶂將桓玄偽朝的太守劉叔祖斬首。其余聚眾稱王假號(hào)的十幾伙叛賊，也全部被剿滅。江、荊二州平定后，朝廷任命劉毅為撫軍將軍。其時(shí)刁預(yù)等人作亂，盤踞出沒湘中一帶，劉毅派軍將分路討伐，將其全部剿滅。
當(dāng)初，劉毅在家遵制守孝服喪，及至劉裕初舉義旗，便身穿黑色喪服從事征戰(zhàn)。至此，戰(zhàn)事稀少，天下逐漸安定，于是上表朝廷請(qǐng)求返回京口，以終結(jié)喪禮，說：“以大道治國(guó)者，其義理的核心在于仁孝。訴說對(duì)歸天者的悲哀，莫過于對(duì)自己的親人了。愚臣也是平庸之人，本無什么大志，不能超凡脫俗，因此情感和常人一樣。往昔年月國(guó)難深重，為此愚臣盡忠報(bào)國(guó)，慚愧茍活于世。去年春天雖然圣上回京復(fù)位，而狂妄狡詐之?dāng)澄礈?，雖奸兇首惡已除，殘賊逃匿，但圣上的威望和恩德還未能傳布四方，文武將士依舊辛勞疲敝，愚臣微薄的心愿未得伸展，使愚臣不免顧影悲憤。如今皇威遠(yuǎn)揚(yáng)，海內(nèi)清平，心中悲憤難平，而今皇威遠(yuǎn)播，天下清平，愚臣深切的悲哀和艱難的困境，圣上都已知曉。又兼風(fēng)濕之疾更加嚴(yán)重，且并發(fā)多種疾病，如今已衰敗到無法履行人臣之責(zé)。愚臣的本心，本不甘于茍活偷生；傾吐了心事，也就可以去死了。請(qǐng)求圣上允許愚臣辭職還鄉(xiāng)，終老于親人墳前，希望能符合忠孝兩全之道以得到天下的諒解和寬恕?！背⑽丛S。詔令劉毅為都督豫州揚(yáng)州之淮南歷陽廬江安豐堂邑五郡諸軍事、豫州刺史，持節(jié)、將軍、常侍等職號(hào)不變，且本府文武官佐全部跟隨劉毅西赴豫州。劉毅以匡復(fù)朝廷功勛，被封為南平郡開國(guó)公，兼都督宣城軍事，配給鼓吹一部。梁州刺史劉稚反叛作亂，劉毅派遣將佐前往討伐，生擒劉稚。當(dāng)初，桓玄在南州興建齋房，在齋房上全部畫上盤龍圖案，號(hào)稱盤龍齋。劉毅小名叫盤龍，至此，劉毅就住進(jìn)盤龍齋。不久劉毅晉封為衛(wèi)將軍、開府儀同三司。
及至何無忌被盧循打敗，賊軍乘勝進(jìn)兵，朝廷為之震恐。劉毅備辦船艦討伐盧循，臨近出發(fā)，而疾病忽然轉(zhuǎn)重，朝廷內(nèi)外大驚失色。百官商議打算護(hù)衛(wèi)天子朝北撤退向中軍將軍劉?？繑n，適逢劉毅病愈，劉毅準(zhǔn)備率兵南征，劉裕寫信給劉毅說：“我先前曾與妖賊交過戰(zhàn)，知道他們用兵行陣的變化方略?，F(xiàn)在我部戰(zhàn)船修建即將完畢，準(zhǔn)備在前方攻擊賊軍。攻克之日，上流的重任皆托付與你?！庇峙蓜⒁愕奶玫軇⒎巴鶆裰箘⒁隳险?。劉毅大怒，對(duì)劉藩說：“我不過以一時(shí)之功相推讓罷了，你就以為我不及劉裕！”將劉裕來信擲于地上。于是劉毅率水師二萬從姑孰出發(fā)。徐道覆聞知?jiǎng)⒁銓⒌浇ㄠ挘嬷R循說：“劉毅所部為精兵，成敗在此一戰(zhàn)，應(yīng)盡全力抗拒劉毅?！北R循便領(lǐng)兵從巴陵出發(fā)，與徐道覆會(huì)師一處，浮江而下。劉毅駐扎在桑落洲，與賊軍交戰(zhàn)，大敗，丟棄船只，領(lǐng)數(shù)百人徒步逃走，其余部眾全部被賊軍所俘虜，輜重堆積滿地，全部丟棄。劉毅逃走，進(jìn)入南晉蠻荒之地，饑餓疲乏死亡不斷，走到者十之二三。參軍羊邃竭力救護(hù)劉毅，僅以身免于難。劉裕殷情安慰勉勵(lì)劉毅，恢復(fù)其官職。劉毅便以羊邃為諮議參軍。
及至劉裕進(jìn)討盧循，詔令劉毅主持內(nèi)外留守之事。劉毅以戰(zhàn)敗喪師，請(qǐng)求解除職務(wù)，朝廷降為后將軍。不久轉(zhuǎn)任衛(wèi)將軍、開府儀同三司、江州都督。劉毅上表說：
臣聽說上天以盈滿虛虧為運(yùn)行規(guī)律，理政以增減變化為法則。時(shí)運(yùn)不通而政令不改，人口凋落而事務(wù)不減，則無法醫(yī)治已經(jīng)垂危的疾病，拯救行將亡絕于災(zāi)難的生靈。近來戰(zhàn)事頻繁干戈不息，將士飽受征戰(zhàn)之苦，臣所統(tǒng)轄的江州，以一隅之地而作為正逆爭(zhēng)戰(zhàn)的要沖、前沿。自桓玄作亂以來，人們陷入絕境，遭受摧殘蹂躪，以至男多死亡，女無匹偶，百姓紛紛流亡他鄉(xiāng)，不避險(xiǎn)阻幽深，如果不是窮困無法生存，決不至于到此地步。倘不全心治理，改變政策措施，則必將有“靡有孑遺”的哀嘆。
設(shè)置官職分配職務(wù)，軍政各不相同，治理國(guó)政以息事安民為大，軍事謀略以成事克敵為先。將理政治軍兼而統(tǒng)之，都是權(quán)宜之法，因?qū)嵭械臅r(shí)間久了，好像成了正常的體制。江州在國(guó)家腹心之內(nèi)，與揚(yáng)州、豫州相連接，是京師的屏障，所以軍政歸于一體。從前胡寇放縱恣肆，飲馬長(zhǎng)江，為抗敵方便，才采取這種權(quán)宜之法。今江東區(qū)區(qū)之地，戶不滿數(shù)十萬家，地不超過數(shù)千里，卻擁有如此眾多的軍事機(jī)構(gòu)，未能得到裁減，從大的方面來講，足以為國(guó)家恥辱。況且江左之地沒有憂患危險(xiǎn)，竟還設(shè)置軍府配備大批文武將佐，耗費(fèi)資財(cái)不得要領(lǐng)，這難道就是所謂治國(guó)大計(jì)方針，揚(yáng)湯去火標(biāo)本并治嗎！江州各郡臨近長(zhǎng)江，百姓寥落無幾，加上驛館阻隔，路途不平多有風(fēng)險(xiǎn)，運(yùn)輸轉(zhuǎn)移出入往返，常發(fā)生滯留不通之事，這不又是因?yàn)橛兴麉s又帶來有所弊嗎？臣以為應(yīng)將州府與軍事機(jī)構(gòu)分開，移鎮(zhèn)到豫章，使軍府治所處在十郡之中，厲行簡(jiǎn)易仁愛之政，經(jīng)過數(shù)年，可望有生氣。而且下屬各縣凋敝不堪，百姓需要示以撫恤，而服勞役征賦稅出資迎送官員無休無止，必須根據(jù)情況合并機(jī)構(gòu)以減免百姓負(fù)擔(dān)的多種費(fèi)用。刺史庾悅，自任職以來，頗有救濟(jì)傷痛貧苦的誠(chéng)意，只是上面法度政令不改，自然下面辦不好事情。氵尋陽地接蠻荒與蠻人為鄰，應(yīng)制定防護(hù)措施，可調(diào)江州軍府一千士卒協(xié)助戍守。
于是朝廷解除了庾悅的職務(wù)，劉毅移鎮(zhèn)到豫章，派其親信將佐趙恢率領(lǐng)一千士兵守尋陽。不久朝廷晉升劉毅為都督荊寧秦雍四州司州之河?xùn)|河南廣平揚(yáng)州之義成四郡諸軍事、衛(wèi)將軍、開府儀同三司、荊州刺史，持節(jié)、開國(guó)公不變。劉毅上表朝廷認(rèn)為荊州編戶居民不滿十萬，器械蕩然無存。廣州雖凋殘衰敗，但還能出產(chǎn)可用的丹漆，請(qǐng)求依照先前的標(biāo)準(zhǔn)。于是朝廷加封劉毅都督交、廣二州。
劉毅至江陵，竟擅自選取江州士卒及豫州西府文武將佐一萬余人，留用不遣散，又以疾病困苦，請(qǐng)求遣派劉藩為佐官。劉裕因劉毅存心背叛他，便上書奏報(bào)朝廷。晉安帝下詔說：“劉毅傲慢驕縱兇狠殘暴，長(zhǎng)期行走霜上而不警惕嚴(yán)寒冰凍將至，中間招致覆滅慘敗，早應(yīng)明正典刑處決示眾。但晉法寬大仁厚，依舊受到寵信并授予要職。而劉毅不引咎自責(zé)，心懷不滿日甚一日。幸賴宰相包容寬恕，使他隨其心意而不加遏止，又推薦并幫助他經(jīng)略西方重鎮(zhèn)，使其光寵榮耀增長(zhǎng)到極點(diǎn)，希望他能感恩戴德洗心革面，改過自新。而劉毅不思悔改，立志做行惡奸徒，欺上凌下，放縱無度。既已解除都督職任，江州不再歸他統(tǒng)轄，而他竟擅自遷移部眾，帶走全部軍資，指揮命令過去的部下，大樹親信黨羽。豫州西府二局，文武將佐一萬有余，劉毅將其全部強(qiáng)行留用，不曾向朝廷回報(bào)片言只語。恣肆驕縱，欲望膨脹，目無朝廷。又與其堂弟劉藩遙相呼應(yīng)，招聚剽悍狡詐之徒，修繕戰(zhàn)甲擁兵自重，外托看視兄長(zhǎng)疾病，實(shí)則窺伺時(shí)機(jī)，同黨相互幫襯，圖謀統(tǒng)領(lǐng)荊郢之地。尚書左仆射謝混憑借家世資望，超格蒙受朝廷厚遇，竟輕佻浮躁，行為不檢，造成了禍亂，煽動(dòng)內(nèi)外，與劉毅相勾結(jié)圖謀不軌，是可忍，孰不可忍！”于是朝廷誅殺了劉藩、謝混。
劉裕親自率領(lǐng)部眾討伐劉毅，命王弘、王鎮(zhèn)惡、蒯恩等率兵進(jìn)至豫章口，在江津燒毀舟船而向前挺進(jìn)。劉毅參軍朱顯之與王鎮(zhèn)惡相遇，率領(lǐng)所屬一千人奔赴江陵保護(hù)劉毅。王鎮(zhèn)惡等攻克江陵外城，劉毅固守內(nèi)城，精銳士卒尚有數(shù)千人，戰(zhàn)至太陽西斜，王鎮(zhèn)惡將劉裕的書信送進(jìn)城內(nèi)以示眾人，劉毅惱怒，不開啟書信且將其書信焚燒。劉毅希望城外來救兵，督促士卒死戰(zhàn)。眾士卒知道劉裕已到，無不失去斗志。天色已暮，王鎮(zhèn)惡焚燒四周城門，齊力攻打，劉毅部眾便紛紛逃散。劉毅從北門出城單騎而逃，在離江陵二十里處自縊身亡。一夜過后，當(dāng)?shù)鼐用駡?bào)告了官軍，于是將劉毅尸體拖到街市上斬首示眾，其子侄皆被誅殺。劉毅之兄劉模逃到襄陽，魯宗之將其斬首，并將首級(jí)送往朝廷。
劉毅剛猛沉勇果敢，然而兇狠固執(zhí)喜歡獨(dú)斷專行，與劉裕協(xié)同合作完成恢復(fù)大業(yè)，而功居其次，但常居功自夸，不愿推重佩服劉裕。及至做一方諸侯，常怏怏不得志，劉裕每每以寬柔隨順?biāo)?。劉毅因此驕縱跋扈越加嚴(yán)重，每次讀史書，讀至藺相如屈讓廉頗處，便大為感嘆，認(rèn)為不可能。曾說：“恨不能生在劉邦、項(xiàng)羽之世，與他們爭(zhēng)奪天下?！庇謱?duì)郗僧施說：“從前劉備之有孔明，猶如魚之有水。今天我與足下雖然才能不及古代圣賢，但事同此言?！北娙硕紖拹浩浒谅贿d。及至桑落洲慘敗，劉毅深知人情不歸向自己，內(nèi)心更加憤激不滿。當(dāng)初，劉裕征討盧循，凱旋而歸，晉安帝在西池設(shè)宴慰勞劉裕，詔令群臣賦詩頌揚(yáng)。劉毅賦詩道：“六國(guó)多雄士，正始出風(fēng)流?！弊灾涔Σ患皠⒃?，便故意顯示自己文雅有余。后來在宰相府里聚眾扌雩蒲賭博，一次判定輸贏可達(dá)數(shù)百萬錢，其余人都只擲出黑犢就退下陣去，惟有劉裕及劉毅仍在場(chǎng)上較量。劉毅依次擲出白雉，大喜，提起衣服繞過胡床，叫著對(duì)同座說：“不是不能擲得盧，不想如此罷了?！眲⒃Ｓ憛捤妮p薄，便兩手抓起五枚色子揉搓了好久，說：“老兄嘗試為你作答?！币粫?huì)兒四枚色子都以黑面呈現(xiàn)，另一枚色子跳轉(zhuǎn)不定，劉裕厲聲吆喝，五枚色子俱黑成盧。劉毅心中十分不快，但向來皮黑，其面如鐵色，而竟勉強(qiáng)自己和言對(duì)劉裕道：“我本知道明公不會(huì)就此相讓！”出鎮(zhèn)西藩后，雖然占據(jù)上流，享有統(tǒng)轄荊州大權(quán)，但朝內(nèi)所有職權(quán)頓時(shí)失卻，于是又頗為忌恨不滿，因此打算擴(kuò)充自己勢(shì)力，伺機(jī)打垮劉裕，終于招致失敗。
當(dāng)初，江州刺史庾悅，隆安年間(397～401)為司徒長(zhǎng)史，曾到過京口。劉毅當(dāng)時(shí)十分窮困貧寒，到庾悅府上借用東堂與親友習(xí)射其中。而庾悅后來與同僚佐吏徑直來到東堂，劉毅告訴他說：“劉毅困頓之人，會(huì)集一處習(xí)射游戲非常艱難。足下到其他堂房都行，希望今日務(wù)必將東堂讓我借用?！扁讗偛淮饝?yīng)。習(xí)射者都走散離去，只有劉毅停留不走習(xí)射如故。以后庾悅吃鵝，劉毅請(qǐng)求得到未吃完之鵝，庾悅又不予理睬，劉毅因此常常怨恨，懷恨在心。義熙年間(405～419)劉毅故意奪取庾悅的豫章，解散其軍府，派人向庾悅表露他的用心，庾悅氣憤憂懼而死。劉毅就是如此器量狹小性情浮躁。
桓玄篡位，劉毅與劉裕、何無忌、魏詠之等興兵起義，暗中謀劃討伐桓玄，劉毅討伐駐京口的徐州刺史桓..、駐廣陵的青州刺史桓弘。劉裕率劉毅等行至竹里，桓玄派其部將皇甫敷、吳甫之向北進(jìn)軍抗拒義軍，兩軍相遇在江乘，劉裕義軍臨陣斬吳甫之，義軍進(jìn)至羅落橋，又?jǐn)鼗矢Ψ笾准?jí)?；感鬄榛炭?，派桓謙、何澹之進(jìn)駐覆舟山。劉毅等率部進(jìn)至蔣山，劉裕讓瘦弱兵士登山，多樹旗幟作為疑兵，桓玄不能判斷敵情，更加恐慌。桓謙等士卒多為北府兵，素來懾服劉裕，不敢出戰(zhàn)。劉裕與劉毅等將士卒分成數(shù)隊(duì)，沖入桓謙陣中，皆拼命死戰(zhàn)，無不以一當(dāng)百。當(dāng)時(shí)東北風(fēng)刮得正迅疾，義軍乘機(jī)縱火，濃煙滾滾，遮天蔽日，戰(zhàn)鼓聲喊殺聲震撼京師，桓謙等人所率軍馬頃刻間倉惶逃散。
桓玄西逃，劉裕任命劉毅為冠軍將軍、青州刺史，與何無忌、劉道規(guī)一同追擊桓玄?；感?qiáng)逼天子與瑯王牙王西遷，劉毅與劉道規(guī)及下邳太守孟懷玉等追上桓玄，在崢嶸洲一帶大戰(zhàn)。劉毅乘風(fēng)勢(shì)縱火攻擊敵陣，士卒拼死爭(zhēng)先，桓玄部眾大敗，燒毀輜重連夜逃走?；感繉⒐?、劉雅等襲擊攻占了氵尋陽，劉毅派武威將軍劉懷肅討伐劉雅等人平定了氵尋陽。
桓玄死后，桓振、桓謙又聚集部眾在靈溪一線抵抗劉毅?；感繉ⅠT該率兵與桓振會(huì)合，劉毅發(fā)兵攻擊，為桓振所敗，退守氵尋陽，因戰(zhàn)敗獲罪免去職務(wù)，不久官復(fù)原職。劉裕命何無忌受劉毅節(jié)制，何無忌認(rèn)為督察地方政事很繁瑣，便隨己意解除了統(tǒng)轄之權(quán)。劉毅不滿何無忌擅自行事，就免去了他的瑯王牙內(nèi)史之職。只讓他以輔國(guó)將軍的身份協(xié)助軍事，何無忌從此便與劉毅不和。劉毅自己承認(rèn)過失，當(dāng)時(shí)議論認(rèn)為他做得對(duì)。劉毅與劉道規(guī)再次從氵尋陽發(fā)兵西征。桓亮自號(hào)江州刺史，劉毅派劉敬宣率兵擊退桓亮。劉毅率軍駐扎夏口。當(dāng)時(shí)桓振黨羽馮該戍守大江兩岸，孟山圖據(jù)守魯城，桓山客據(jù)守偃月壘，總計(jì)有萬余人，戰(zhàn)艦連接兩岸，水上陸地相互支援。劉毅率眾軍進(jìn)討，未到夏口，遇大風(fēng)吹來，飄走千余人淹死在大江里。劉毅與劉懷肅、索邈等又率部攻打魯城，劉道規(guī)率兵攻打偃月壘，何無忌與檀祗將艦擺列在大江中間嚴(yán)陣以待，以防止敵艦逃跑。劉毅身穿甲胄，攻占了魯城，只過半日而偃月壘亦被義軍攻破，生擒了桓山客，馮該逃走。劉毅進(jìn)而平定了巴陵。劉裕任命劉毅為使持節(jié)、兗州刺史，將軍職號(hào)不變。劉毅號(hào)令嚴(yán)整，所經(jīng)城邑，秋毫無犯，百姓安定喜樂。南陽太守魯宗之起義，率軍襲擊襄陽，打敗襄陽守將桓蔚。劉毅等率大軍駐扎在江陵的馬頭?；刚駫冻痔熳?，盤據(jù)江津。魯宗之又打敗了偽將溫楷，桓振親自率兵攻打魯宗之。劉毅乘機(jī)率何無忌、劉道規(guī)等各路軍馬在豫章口一舉擊敗了馮該，又乘勝前進(jìn)，占領(lǐng)了江陵城?；刚衤勚瓿窍萋?，便與桓謙北逃，天子得以反正復(fù)位，劉毅逮捕桓玄黨羽卞范之、羊僧壽、夏侯崇之、桓道恭等，全部處死?；刚裼峙c苻宏從鄖城進(jìn)兵襲擊占領(lǐng)了江陵，與劉懷肅相持不下。劉毅派部將攻擊桓振，殺死了桓振，并斬偽輔國(guó)將軍桓珍。劉毅又攻占了遷陵，在臨嶂將桓玄偽朝的太守劉叔祖斬首。其余聚眾稱王假號(hào)的十幾伙叛賊，也全部被剿滅。江、荊二州平定后，朝廷任命劉毅為撫軍將軍。其時(shí)刁預(yù)等人作亂，盤踞出沒湘中一帶，劉毅派軍將分路討伐，將其全部剿滅。
當(dāng)初，劉毅在家遵制守孝服喪，及至劉裕初舉義旗，便身穿黑色喪服從事征戰(zhàn)。至此，戰(zhàn)事稀少，天下逐漸安定，于是上表朝廷請(qǐng)求返回京口，以終結(jié)喪禮，說：“以大道治國(guó)者，其義理的核心在于仁孝。訴說對(duì)歸天者的悲哀，莫過于對(duì)自己的親人了。愚臣也是平庸之人，本無什么大志，不能超凡脫俗，因此情感和常人一樣。往昔年月國(guó)難深重，為此愚臣盡忠報(bào)國(guó)，慚愧茍活于世。去年春天雖然圣上回京復(fù)位，而狂妄狡詐之?dāng)澄礈?，雖奸兇首惡已除，殘賊逃匿，但圣上的威望和恩德還未能傳布四方，文武將士依舊辛勞疲敝，愚臣微薄的心愿未得伸展，使愚臣不免顧影悲憤。如今皇威遠(yuǎn)揚(yáng)，海內(nèi)清平，心中悲憤難平，而今皇威遠(yuǎn)播，天下清平，愚臣深切的悲哀和艱難的困境，圣上都已知曉。又兼風(fēng)濕之疾更加嚴(yán)重，且并發(fā)多種疾病，如今已衰敗到無法履行人臣之責(zé)。愚臣的本心，本不甘于茍活偷生；傾吐了心事，也就可以去死了。請(qǐng)求圣上允許愚臣辭職還鄉(xiāng)，終老于親人墳前，希望能符合忠孝兩全之道以得到天下的諒解和寬恕?！背⑽丛S。詔令劉毅為都督豫州揚(yáng)州之淮南歷陽廬江安豐堂邑五郡諸軍事、豫州刺史，持節(jié)、將軍、常侍等職號(hào)不變，且本府文武官佐全部跟隨劉毅西赴豫州。劉毅以匡復(fù)朝廷功勛，被封為南平郡開國(guó)公，兼都督宣城軍事，配給鼓吹一部。梁州刺史劉稚反叛作亂，劉毅派遣將佐前往討伐，生擒劉稚。當(dāng)初，桓玄在南州興建齋房，在齋房上全部畫上盤龍圖案，號(hào)稱盤龍齋。劉毅小名叫盤龍，至此，劉毅就住進(jìn)盤龍齋。不久劉毅晉封為衛(wèi)將軍、開府儀同三司。
及至何無忌被盧循打敗，賊軍乘勝進(jìn)兵，朝廷為之震恐。劉毅備辦船艦討伐盧循，臨近出發(fā)，而疾病忽然轉(zhuǎn)重，朝廷內(nèi)外大驚失色。百官商議打算護(hù)衛(wèi)天子朝北撤退向中軍將軍劉?？繑n，適逢劉毅病愈，劉毅準(zhǔn)備率兵南征，劉裕寫信給劉毅說：“我先前曾與妖賊交過戰(zhàn)，知道他們用兵行陣的變化方略?，F(xiàn)在我部戰(zhàn)船修建即將完畢，準(zhǔn)備在前方攻擊賊軍。攻克之日，上流的重任皆托付與你?！庇峙蓜⒁愕奶玫軇⒎巴鶆裰箘⒁隳险?。劉毅大怒，對(duì)劉藩說：“我不過以一時(shí)之功相推讓罷了，你就以為我不及劉裕！”將劉裕來信擲于地上。于是劉毅率水師二萬從姑孰出發(fā)。徐道覆聞知?jiǎng)⒁銓⒌浇ㄠ挘嬷R循說：“劉毅所部為精兵，成敗在此一戰(zhàn)，應(yīng)盡全力抗拒劉毅?！北R循便領(lǐng)兵從巴陵出發(fā)，與徐道覆會(huì)師一處，浮江而下。劉毅駐扎在桑落洲，與賊軍交戰(zhàn)，大敗，丟棄船只，領(lǐng)數(shù)百人徒步逃走，其余部眾全部被賊軍所俘虜，輜重堆積滿地，全部丟棄。劉毅逃走，進(jìn)入南晉蠻荒之地，饑餓疲乏死亡不斷，走到者十之二三。參軍羊邃竭力救護(hù)劉毅，僅以身免于難。劉裕殷情安慰勉勵(lì)劉毅，恢復(fù)其官職。劉毅便以羊邃為諮議參軍。
及至劉裕進(jìn)討盧循，詔令劉毅主持內(nèi)外留守之事。劉毅以戰(zhàn)敗喪師，請(qǐng)求解除職務(wù)，朝廷降為后將軍。不久轉(zhuǎn)任衛(wèi)將軍、開府儀同三司、江州都督。劉毅上表說：
臣聽說上天以盈滿虛虧為運(yùn)行規(guī)律，理政以增減變化為法則。時(shí)運(yùn)不通而政令不改，人口凋落而事務(wù)不減，則無法醫(yī)治已經(jīng)垂危的疾病，拯救行將亡絕于災(zāi)難的生靈。近來戰(zhàn)事頻繁干戈不息，將士飽受征戰(zhàn)之苦，臣所統(tǒng)轄的江州，以一隅之地而作為正逆爭(zhēng)戰(zhàn)的要沖、前沿。自桓玄作亂以來，人們陷入絕境，遭受摧殘蹂躪，以至男多死亡，女無匹偶，百姓紛紛流亡他鄉(xiāng)，不避險(xiǎn)阻幽深，如果不是窮困無法生存，決不至于到此地步。倘不全心治理，改變政策措施，則必將有“靡有孑遺”的哀嘆。
設(shè)置官職分配職務(wù)，軍政各不相同，治理國(guó)政以息事安民為大，軍事謀略以成事克敵為先。將理政治軍兼而統(tǒng)之，都是權(quán)宜之法，因?qū)嵭械臅r(shí)間久了，好像成了正常的體制。江州在國(guó)家腹心之內(nèi)，與揚(yáng)州、豫州相連接，是京師的屏障，所以軍政歸于一體。從前胡寇放縱恣肆，飲馬長(zhǎng)江，為抗敵方便，才采取這種權(quán)宜之法。今江東區(qū)區(qū)之地，戶不滿數(shù)十萬家，地不超過數(shù)千里，卻擁有如此眾多的軍事機(jī)構(gòu)，未能得到裁減，從大的方面來講，足以為國(guó)家恥辱。況且江左之地沒有憂患危險(xiǎn)，竟還設(shè)置軍府配備大批文武將佐，耗費(fèi)資財(cái)不得要領(lǐng)，這難道就是所謂治國(guó)大計(jì)方針，揚(yáng)湯去火標(biāo)本并治嗎！江州各郡臨近長(zhǎng)江，百姓寥落無幾，加上驛館阻隔，路途不平多有風(fēng)險(xiǎn)，運(yùn)輸轉(zhuǎn)移出入往返，常發(fā)生滯留不通之事，這不又是因?yàn)橛兴麉s又帶來有所弊嗎？臣以為應(yīng)將州府與軍事機(jī)構(gòu)分開，移鎮(zhèn)到豫章，使軍府治所處在十郡之中，厲行簡(jiǎn)易仁愛之政，經(jīng)過數(shù)年，可望有生氣。而且下屬各縣凋敝不堪，百姓需要示以撫恤，而服勞役征賦稅出資迎送官員無休無止，必須根據(jù)情況合并機(jī)構(gòu)以減免百姓負(fù)擔(dān)的多種費(fèi)用。刺史庾悅，自任職以來，頗有救濟(jì)傷痛貧苦的誠(chéng)意，只是上面法度政令不改，自然下面辦不好事情。氵尋陽地接蠻荒與蠻人為鄰，應(yīng)制定防護(hù)措施，可調(diào)江州軍府一千士卒協(xié)助戍守。
于是朝廷解除了庾悅的職務(wù)，劉毅移鎮(zhèn)到豫章，派其親信將佐趙恢率領(lǐng)一千士兵守尋陽。不久朝廷晉升劉毅為都督荊寧秦雍四州司州之河?xùn)|河南廣平揚(yáng)州之義成四郡諸軍事、衛(wèi)將軍、開府儀同三司、荊州刺史，持節(jié)、開國(guó)公不變。劉毅上表朝廷認(rèn)為荊州編戶居民不滿十萬，器械蕩然無存。廣州雖凋殘衰敗，但還能出產(chǎn)可用的丹漆，請(qǐng)求依照先前的標(biāo)準(zhǔn)。于是朝廷加封劉毅都督交、廣二州。
劉毅至江陵，竟擅自選取江州士卒及豫州西府文武將佐一萬余人，留用不遣散，又以疾病困苦，請(qǐng)求遣派劉藩為佐官。劉裕因劉毅存心背叛他，便上書奏報(bào)朝廷。晉安帝下詔說：“劉毅傲慢驕縱兇狠殘暴，長(zhǎng)期行走霜上而不警惕嚴(yán)寒冰凍將至，中間招致覆滅慘敗，早應(yīng)明正典刑處決示眾。但晉法寬大仁厚，依舊受到寵信并授予要職。而劉毅不引咎自責(zé)，心懷不滿日甚一日。幸賴宰相包容寬恕，使他隨其心意而不加遏止，又推薦并幫助他經(jīng)略西方重鎮(zhèn)，使其光寵榮耀增長(zhǎng)到極點(diǎn)，希望他能感恩戴德洗心革面，改過自新。而劉毅不思悔改，立志做行惡奸徒，欺上凌下，放縱無度。既已解除都督職任，江州不再歸他統(tǒng)轄，而他竟擅自遷移部眾，帶走全部軍資，指揮命令過去的部下，大樹親信黨羽。豫州西府二局，文武將佐一萬有余，劉毅將其全部強(qiáng)行留用，不曾向朝廷回報(bào)片言只語。恣肆驕縱，欲望膨脹，目無朝廷。又與其堂弟劉藩遙相呼應(yīng)，招聚剽悍狡詐之徒，修繕戰(zhàn)甲擁兵自重，外托看視兄長(zhǎng)疾病，實(shí)則窺伺時(shí)機(jī)，同黨相互幫襯，圖謀統(tǒng)領(lǐng)荊郢之地。尚書左仆射謝混憑借家世資望，超格蒙受朝廷厚遇，竟輕佻浮躁，行為不檢，造成了禍亂，煽動(dòng)內(nèi)外，與劉毅相勾結(jié)圖謀不軌，是可忍，孰不可忍！”于是朝廷誅殺了劉藩、謝混。
劉裕親自率領(lǐng)部眾討伐劉毅，命王弘、王鎮(zhèn)惡、蒯恩等率兵進(jìn)至豫章口，在江津燒毀舟船而向前挺進(jìn)。劉毅參軍朱顯之與王鎮(zhèn)惡相遇，率領(lǐng)所屬一千人奔赴江陵保護(hù)劉毅。王鎮(zhèn)惡等攻克江陵外城，劉毅固守內(nèi)城，精銳士卒尚有數(shù)千人，戰(zhàn)至太陽西斜，王鎮(zhèn)惡將劉裕的書信送進(jìn)城內(nèi)以示眾人，劉毅惱怒，不開啟書信且將其書信焚燒。劉毅希望城外來救兵，督促士卒死戰(zhàn)。眾士卒知道劉裕已到，無不失去斗志。天色已暮，王鎮(zhèn)惡焚燒四周城門，齊力攻打，劉毅部眾便紛紛逃散。劉毅從北門出城單騎而逃，在離江陵二十里處自縊身亡。一夜過后，當(dāng)?shù)鼐用駡?bào)告了官軍，于是將劉毅尸體拖到街市上斬首示眾，其子侄皆被誅殺。劉毅之兄劉模逃到襄陽，魯宗之將其斬首，并將首級(jí)送往朝廷。
劉毅剛猛沉勇果敢，然而兇狠固執(zhí)喜歡獨(dú)斷專行，與劉裕協(xié)同合作完成恢復(fù)大業(yè)，而功居其次，但常居功自夸，不愿推重佩服劉裕。及至做一方諸侯，常怏怏不得志，劉裕每每以寬柔隨順?biāo)?。劉毅因此驕縱跋扈越加嚴(yán)重，每次讀史書，讀至藺相如屈讓廉頗處，便大為感嘆，認(rèn)為不可能。曾說：“恨不能生在劉邦、項(xiàng)羽之世，與他們爭(zhēng)奪天下?！庇謱?duì)郗僧施說：“從前劉備之有孔明，猶如魚之有水。今天我與足下雖然才能不及古代圣賢，但事同此言?！北娙硕紖拹浩浒谅贿d。及至桑落洲慘敗，劉毅深知人情不歸向自己，內(nèi)心更加憤激不滿。當(dāng)初，劉裕征討盧循，凱旋而歸，晉安帝在西池設(shè)宴慰勞劉裕，詔令群臣賦詩頌揚(yáng)。劉毅賦詩道：“六國(guó)多雄士，正始出風(fēng)流?！弊灾涔Σ患皠⒃?，便故意顯示自己文雅有余。后來在宰相府里聚眾扌雩蒲賭博，一次判定輸贏可達(dá)數(shù)百萬錢，其余人都只擲出黑犢就退下陣去，惟有劉裕及劉毅仍在場(chǎng)上較量。劉毅依次擲出白雉，大喜，提起衣服繞過胡床，叫著對(duì)同座說：“不是不能擲得盧，不想如此罷了?！眲⒃Ｓ憛捤妮p薄，便兩手抓起五枚色子揉搓了好久，說：“老兄嘗試為你作答?！币粫?huì)兒四枚色子都以黑面呈現(xiàn)，另一枚色子跳轉(zhuǎn)不定，劉裕厲聲吆喝，五枚色子俱黑成盧。劉毅心中十分不快，但向來皮黑，其面如鐵色，而竟勉強(qiáng)自己和言對(duì)劉裕道：“我本知道明公不會(huì)就此相讓！”出鎮(zhèn)西藩后，雖然占據(jù)上流，享有統(tǒng)轄荊州大權(quán)，但朝內(nèi)所有職權(quán)頓時(shí)失卻，于是又頗為忌恨不滿，因此打算擴(kuò)充自己勢(shì)力，伺機(jī)打垮劉裕，終于招致失敗。
當(dāng)初，江州刺史庾悅，隆安年間(397～401)為司徒長(zhǎng)史，曾到過京口。劉毅當(dāng)時(shí)十分窮困貧寒，到庾悅府上借用東堂與親友習(xí)射其中。而庾悅后來與同僚佐吏徑直來到東堂，劉毅告訴他說：“劉毅困頓之人，會(huì)集一處習(xí)射游戲非常艱難。足下到其他堂房都行，希望今日務(wù)必將東堂讓我借用?！扁讗偛淮饝?yīng)。習(xí)射者都走散離去，只有劉毅停留不走習(xí)射如故。以后庾悅吃鵝，劉毅請(qǐng)求得到未吃完之鵝，庾悅又不予理睬，劉毅因此常常怨恨，懷恨在心。義熙年間(405～419)劉毅故意奪取庾悅的豫章，解散其軍府，派人向庾悅表露他的用心，庾悅氣憤憂懼而死。劉毅就是如此器量狹小性情浮躁。
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