朱燮元，字懋和，浙江山陰人。萬歷二十年(1592)進士，授職大理評事。提升蘇州知府、四川副府，改派廣東提督學(xué)校。在任右參政時稱病回家。起用為陜西按察使，改任四川右布政使。
天啟元年(1621)，提升為左布政使。準備上京朝拜皇帝，正好永寧奢崇明叛亂，蜀王邀請朱燮元治軍。永寧是古藺州之地，奢氏是倮亻羅的后裔，洪武時歸附，世世代代做宣撫使。傳到奢崇周這一輩，沒有后代。奢崇明請求世襲代理此職，他外表上很謙恭而內(nèi)心卻很陰險，他的兒子奢寅尤其兇猛殘暴喜歡叛亂。當時下詔給事中明時舉、御史李達征召四川兵支援遼東。奢崇明父子請求隨軍遠征，先派土著頭目樊龍、樊虎帶兵到重慶。巡撫徐可求淘汰老弱病殘，軍餉又接不上來，樊龍等人于是造反了。殺死徐可求和參政孫好古、總兵官黃守魁等人，明時舉、李達受傷逃跑了。這時是九月十七日。強盜于是占領(lǐng)了重慶，播州遺黨以及各亡命的奸邪之人都紛紛起兵響應(yīng)。強盜的同伙符國禎襲擊攻陷了遵義，很多城鎮(zhèn)都失陷了。
奢崇明僭號稱王，設(shè)立丞相五府等官職，管轄他的部下和周邊的少數(shù)民族數(shù)萬人，分路直奔成都。攻陷新都、內(nèi)江，全部占領(lǐng)了木木卑、龍泉各關(guān)隘路口。指揮周邦太投降，冉世洪、雷安世、瞿英戰(zhàn)死。成都守衛(wèi)部隊只有二千人，糧餉不足。朱燮元傳令征調(diào)石石主、羅綱、龍安、松、茂各道兵來支援成都，搜集二百里之內(nèi)的糧食運到城中。和巡撫御史薛敷政、右布政使周著、按察使林宰等人分城墻防守。強盜身披皮甲胄，用竹牌制成鉤梯搭在城墻上，在城外用土壘成小山丘，上面架設(shè)荊木條，埋伏弓弩手向城中射箭。朱燮元用火器打退了敵人的進攻，又派人挖開都江堰，利用江水灌滿城外的護城河。強盜制造浮橋，攻城減少了，于是殺死城內(nèi)勾通強盜的二百人，強盜失去了內(nèi)應(yīng)。強盜在四面建造望樓，跟城墻一般高。朱燮元命令敢死隊突擊，殺死三個強盜頭目，放火燒了望樓。
不久援軍逐漸匯合。登萊副使楊述程因為招募士兵來到湖廣，于是聯(lián)合安綿副使劉夯謙、石石主女土官秦良玉的部隊在牛頭鎮(zhèn)打敗強盜，收復(fù)新都，其他各路援軍也接連獲勝。然而強盜也越來越多，每天都挖掘墳?zāi)?，拋尸荒野。忽然從林中傳來一陣喧嘩聲，數(shù)千人圍著一個船形物，高一丈、長五十丈、高幾層樓，兩旁包著牛皮，放下木板就如同平地一般。一個人披頭散發(fā)手拿長劍，上面安插著羽毛旗幟，里面有數(shù)百人拿著弓弩毒箭，旁邊是兩個云樓，用牛拖著，居高臨下威脅城中。城內(nèi)的人全都哭了。朱燮元說：“這是呂公車?！庇谑怯镁弈局瞥蓹C關(guān)，轉(zhuǎn)著繩索發(fā)炮，發(fā)出千鈞的巨石攻打它。又用大炮轟牛，牛往回跑，敵人失敗離開了。
有一位諸生陷入敵陣，派人說賊人將領(lǐng)羅乾象想要投降。朱燮元命令他跟羅乾象一起來，在戍樓中高喊喝酒，不解除他的武裝，跟他同吃同睡。羅乾象誓死報答他，又用繩子將羅乾象放出了城。從此之后，賊人的一舉一動沒有不知道的。于是派部將假裝投降，把奢崇明引誘到城下。伏兵出擊，奢崇明跳躍著逃走了。正好各路援軍趕到，朱燮元估計強盜將要撤退了，將數(shù)百個木牌投入錦江，順流而下，命令有關(guān)部門鑿沉舟船，砍斷木橋，嚴兵以待。羅乾象于是在強盜內(nèi)部放火，奢崇明逃往瀘州，羅乾象于是率領(lǐng)眾人來歸附。成都城被包圍了一百零二天至此解圍。
當初，朝廷聽說重慶事變，立即提拔朱燮元為右副都御史，巡撫四川，任命楊愈懋為總兵官，而提拔河南巡撫張我續(xù)總督四川、貴州、云南、湖廣軍隊。還沒有到任，成都的包圍就解除了，官軍乘機收復(fù)了十多處州、縣、衛(wèi)、所。只有重慶還被樊龍等人占據(jù)著。重慶三面被長江阻隔，一面與陸地相通，副使徐如珂率領(lǐng)部隊繞到佛圖關(guān)后面，跟秦良玉一起攻占了它。奢崇明派數(shù)萬士兵來救援，徐如珂迎戰(zhàn)，傳令同知越具杰尾隨在敵人后面，殺死一萬多人。監(jiān)軍僉事戴君恩命令守備金富廉攻殺賊人頭子張彤，樊龍也戰(zhàn)死了。皇帝在廟里告祭接受朝賀，提升戴君恩三級官。朱燮元派遣其他將領(lǐng)收復(fù)建武、長寧，俘獲偽丞相何若海，瀘州也不久收復(fù)。
在這之前，符國禎攻陷遵義，貴州巡撫李木云已派兵收復(fù)了。永寧人李忠臣曾擔任松潘副使，在家隱居，被強盜抓獲，寫信約楊愈懋為內(nèi)應(yīng)，被發(fā)現(xiàn)了，全家都被殺害了。賊人就用他家的奴仆哄騙楊愈懋，襲擊殺死了他，還殺死順慶推官郭象儀等人。再次攻陷遵義，殺死推官馮鳳雛。
在這個時候，奢崇明沒有平定，而貴州安邦彥又叛亂了。安氏世世代代擁有水西，宣慰使安位年紀還小，安邦彥因為這個原因得以煽動叛亂。朝議記錄朱燮元守城的功勞，加封兵部侍郎，總督四川及湖廣荊、岳、鄖、襄，陜西漢中五府的軍務(wù)，兼巡撫四川，而任用楊述中總督貴州軍務(wù)，兼管云南及湖廣辰、常、衡、永等十二府，代替張我續(xù)共同對付奢氏、安氏二強盜。但是兩督府分別治軍，川、貴二軍不相呼應(yīng)，強盜們更加得意放縱了。天啟三年(1623)，朱燮元計劃直接攻取永寧，集合將領(lǐng)說：“我軍長期不能制服敵人，是因為我軍分散，敵人集中。”于是抽調(diào)各軍在長寧會合，接連攻占麻塘坎、觀音庵、青山崖、天蓬洞各山寨。跟秦良玉會合，進攻永寧，在土地坎打敗奢寅，追到老軍營、涼傘鋪，一舉焚燒了敵營。奢寅身受二槍傷逃跑，樊虎也中槍死了。又追擊逃敵到橫山，進入青崗坪，抵達城下，攻取了它，活捉叛將周邦太，俘虜二萬多人。副總兵秦衍祚等人也攻克遵義。奢崇明父子逃進紅崖犬囤子，官軍縮小包圍圈并攻占了它。接連攻占天臺、白崖、楠木各囤，安撫平定了紅潦四十八砦。強盜逃奔到舊藺州城，五月被參將羅乾象攻克了。奢崇明父子率領(lǐng)殘余匪徒跑到水西龍場客仲壩，依靠他妹妹奢社輝來防守。當初，強盜丟失永寧，就向安邦彥求救，安邦彥派二支軍隊窺探遵義、永寧，朱燮元打跑了他們?？偙倮罹S新等人于是攻占客仲壩敵人的老巢，奢崇明父子逃進深山老林中。李維新隨同副使李仙品、僉事劉可訓(xùn)、參將林兆鼎等人搗毀龍場，活捉奢崇明的妻子安氏、弟弟奢崇輝。奢寅、符國禎都受傷逃走了。記錄功績，提升朱燮元為右都御史。
當時四川有十六萬兵力，土著和漢人各占一半。漢兵沒有戰(zhàn)斗力，而土著兵驕奢淫逸又不肯出力。成都解圍后，不立即攻占重慶，收復(fù)重慶后，又不立即搗毀永寧，等到永寧、藺州都攻下后，強盜失去大本營，又放縱敵人遠逃。大抵上土官從強盜那里獲利，官軍效法它，強盜才能夠剿而不滅，多次逃脫。奢崇明父子處境最困難時，朱燮元以為四川已沒有強盜，于是不再追趕。攻取永寧之后，開拓土地達千里。朱燮元把肥沃的土地割讓給永寧衛(wèi)，將其余的土地分為四十八屯，賞給各位降賊有功的人，命令他們每年向官府繳納賦稅，稱為“屯將”，隸屬于敘州府，增設(shè)一名同知管理他們。并且將敘州兵備道移駐于衛(wèi)城，跟貴州參將駐在同一個地方，四川于是安定了。而安邦彥卻更加囂張。
天啟四年(1624)春天貴州失陷，巡撫王三善全軍覆沒。第二年，總理魯欽在織金戰(zhàn)敗，貴州總督蔡復(fù)一的軍隊又失敗了，廷臣以為王三善等人的失敗是因為川軍不協(xié)助，建議聯(lián)合兩督府。于是命令朱燮元以兵部尚書兼總督貴州、云南、廣西各軍，移鎮(zhèn)遵義；而用尹同皋代替他巡撫四川。朱燮元前往重慶，安邦彥偵察知道了。六年二月，計劃乘官軍還沒有出發(fā)，分兵侵犯云南、遵義，而命令奢寅專門進犯永寧。沒有出發(fā)，奢寅被殺死，于是取消原計劃。奢寅非常好色而殘暴。有一個叫阿引的，接受朱燮元的金錢，乘奢寅喝醉酒時把他殺了。奢寅死后，奢崇明年老沒有多少作為，安邦彥也乞求投降。朱燮元向朝廷報告，朝廷同意了，于是派參將楊明輝前往招撫。朱燮元不久因為父親喪禮回家，偏沅巡撫閔夢得來代替他。
在這之前，貴州巡撫王蠨說督臣移鎮(zhèn)貴陽有十種好處，朝廷討論后同意了。閔夢得于是陳奏用兵的辦法：“請求從永寧開始。經(jīng)普市、摩泥、赤水，一百五十里都是平路。赤水有城可以駐軍，到白巖、層臺、畢節(jié)、大方只有二百余里。我方既然派駐重兵，各土著之間交通道路阻絕，然后貴陽、遵義的部隊在約定的時間內(nèi)進發(fā)，敵人一定支持不住?！弊嗍铔]有上報，閔夢得被召回，讓尚書張鶴鳴代替他，建議于是被擱置了。張鶴鳴沒有到任，楊明輝拿著皇帝的詔書，只招撫了安位，不說赦免安邦彥。安邦彥不高興，殺死楊明輝，招撫的議論從此斷絕了。張鶴鳴領(lǐng)軍一年多，未曾打過一次仗，強盜得以蓄精養(yǎng)銳。
崇禎元年(1628)六月又召回朱燮元代替張鶴鳴，兼巡撫貴州，仍舊賜給他尚方寶劍。記錄前面的功勞，提升為少保，世代蔭封錦衣指揮使，這時動亂已有很長時間了，到處都很蕭條，貴陽的居民不足五百家，山谷之間全都是苗民。而將官大多都殺死降民報軍功，苗民不依附官府。朱燮元招集流民，廣開荒田，招募勇敢的人；采納閔夢得以前的建議，傳令云南兵下烏撒，四川兵出永寧，下畢節(jié)，而親自率領(lǐng)大軍駐扎陸廣，進逼大方?？偙僭S成名、參政鄭朝棟由永寧收復(fù)赤水。安邦彥聽說，分兵把守陸廣、鴨池、三貧各要害地帶。另外派一支軍隊直撲遵義。他自稱四裔大長老，號稱崇明大梁王，集合十多萬人的部隊，先侵犯赤水。朱燮元傳授計謀給許成名，把敵人引誘到永寧。于是派總兵官林兆鼎從三貧進軍，副將王國禎從陸廣進軍，劉養(yǎng)鯤從遵義進軍，匯合各路軍攻擊敵人的老巢。安邦彥自恃很強盛，準備先擊破永寧軍，再回軍抵抗各將，急忙要求作戰(zhàn)。四川總兵官侯良柱、副使劉可訓(xùn)在五峰山、桃紅壩和十萬敵人遭遇，大敗敵軍。敵人奔到山上，各將乘霧大力進攻，敵人又被打得大敗。追擊逃敵到紅土川，安邦彥、奢崇明都投降了，時間是崇禎二年(1628)八月十七日。捷報傳來，皇帝大喜。因為許成名和侯良柱爭功，封賞很久沒有實行。
烏撒安效良死后，他的妻子招原沾益土著首領(lǐng)安遠的弟弟安邊為丈夫，頑固不肯服輸。朱燮元乘勝利的軍威威脅趕走了安邊，于是收復(fù)了烏撒。朱燮元以為境內(nèi)的強盜大致平定了，不想再打仗了，于是發(fā)布檄文招降安位，安位猶豫不決。朱燮元集合將士討論說：“水西一帶深險而多叢林，雨霧茫茫，不分白天和黑夜，深入其地難以出來。目前應(yīng)當控制交通要道，從四面不停地攻擊，敵人沒有糧食，將會被困死在里面?！庇谑菄チ艘话俣嗵欤瑪厥滓蝗f多級。劉養(yǎng)鯤又派人進入大方，燒了他的房屋。安位非常害怕，崇禎三年(1629)春天，派使者來乞求投降。朱燮元跟他約定了四件事：一、貶除官級，二、將水外六目的土地劃歸朝廷，三、交出殺死王巡撫的人的首級，四、開通畢節(jié)等九座驛站。安位全都同意了，率領(lǐng)四十八人出來投降。朱燮元受降，貴州也平定了。于是上善后疏說：“水西從河以外，全都納入國家版圖。沿河要害地帶，微臣筑城三十六所，近控蠻苗，遠聯(lián)滇、蜀，都建立旅館，修好郵亭，修建了倉庫，賊人一定不敢冒犯進攻的，鴨池、安莊靠近河邊可以耕種的土地，不下二千頃，人們耕種土地可以自給，土地出產(chǎn)鹽、乳酪、牛羊、菱茭等物產(chǎn)。各將士身經(jīng)數(shù)百戰(zhàn)，都希望得一點土地來撫養(yǎng)自己的子孫，請求皇帝割取新占領(lǐng)土地封給他們，讓他們知道報答皇帝的恩典?！被实弁饬恕?br />
當初，奢崇明、安邦彥的死，實際是四川將領(lǐng)的功勞，而貴州將領(lǐng)卻爭功。朱燮元很有些袒護貴州將領(lǐng)，多次向朝廷報告，被四川巡撫御史馬如蛟彈劾了。朱燮元極力請求辭職，皇帝安慰挽留他。這年冬天討平定番、鎮(zhèn)寧叛亂的苗民，于是開通了威清等上六衛(wèi)和平越、清平、偏橋、鎮(zhèn)遠、四衛(wèi)的道路，總共一千六百多里，修繕亭障，設(shè)置游動的巡察。貴陽東北有洪邊十二馬頭，是原宣慰使宋嗣殷的領(lǐng)地。宋嗣殷因協(xié)助安邦彥而被剿滅，于是在他的領(lǐng)地設(shè)置開州，又奏請恢復(fù)原施秉縣，招集流民充實它。
崇禎四年(1631)，阿迷州土官普名聲叛亂，攻陷彌勒州曲江所，又進攻臨安和寧州，遠近震動。巡撫王伉、總兵官沐天波抵抗不住，王伉被抓獲。朱燮元派部隊進攻，于是投降了。
龍場壩鄰近大方，安邦彥把它送給奢崇明。奢崇明被消滅后，總兵侯良柱想派部隊屯守來擴大自己的地盤。而安位認為原是自己的土地，多次發(fā)動軍隊爭奪，朱燮元不禁止他們。正好朱燮元彈劾侯良柱不稱職，侯良柱也攻擊朱燮元有意庇護安位，接受他的重禮。疏章交給四川巡按御史劉宗祥。劉宗祥也揭發(fā)朱燮元受賄，還認為龍場、永寧不設(shè)置城邑、衛(wèi)所是欺騙行為?；实垡源素?zé)備朱燮元。朱燮元于是上疏說：“駕馭土著的辦法，來降就安撫他們，不一定要用武力解決。現(xiàn)在水西已向國家求和，我們的任務(wù)只是劃定他們的疆界，讓他們自己種田放牧，來繳納國家賦稅，假若派官屯兵，這一帶地方四面懸隔，中間被河水限制，對相互呼應(yīng)支援不利，筑城邑防守渡口，運費煩多。況且這樣一來對內(nèi)會激發(fā)藺州的死斗，對外又挑起扼制水西咽喉要道的嫌疑，戰(zhàn)爭一旦發(fā)生，不能夠輕易停止，這不是國家的長遠打算?！被实圻€沒有同意。后來勘查那一帶地方，果然跟朱燮元說的一樣。討論桃紅壩的功勞，提升為少師，世代蔭封錦衣指揮使。一品官六年滿朝，加封左柱國。再次討論平定叛亂的功勞，世代蔭封錦衣指揮僉事。
崇禎十年(1637)，安位死，沒有后代，同族的人爭著襲位。朝廷議論又想在那里設(shè)置郡縣收歸國有，朱燮元極力爭論。于是傳令土著首領(lǐng)，宣布皇上的威德。各土著爭相交納土地，獻出重器。朱燮元于是劃分土地，分封給各蠻民。又上疏說：
“水西有宣慰使的土地，有各頭人的土地。宣慰使所有的公有土地，應(yīng)該交還國家，各頭人的私有土地。應(yīng)該交給他們分別把守，登記他們的戶口，征收他們的賦稅，風(fēng)俗不同但心向朝廷，等于是國家登記在冊的人民。大方、西溪、谷城、北那險要的地方。筑城派兵把守，足以制止叛亂。西南邊境，都是荒服，楊氏在播州造反，奢氏在藺州造反，安氏在水西造反。云南的定番，是一個小州。有十七個長官司，數(shù)百年來沒有人造反。并不是其他苗民喜歡叛亂，而是定番人性情忠順，土地太大成了土著飛揚跋扈的資本，勢力弱小就只有保全自己了。現(xiàn)在微臣分割水西的土地，將它分封給土著首領(lǐng)和有功的漢人，讓他們世世代代守住土地。廢除所有的苛捐雜稅和殘暴政治，參照統(tǒng)治漢人的辦法，可以使這里長治久安?！?br />
于是陳述這樣做的九種好處：
“不設(shè)郡縣設(shè)置軍衛(wèi)，順應(yīng)當?shù)氐牧?xí)俗，土著漢人平安相處，是好處之一。土地得到進一步開墾，部落日益繁盛，疆界已經(jīng)劃定，土著頭目不能隨便侵吞百姓的土地，是好處之二。貴州土地荒涼貧瘠，仰給于外省?，F(xiàn)在自食其地，減免了運輸糧食的勞苦，是好處之三。有功勞的將士，賞賜給金錢則國庫會空虛，賞賜給官爵則貶低了爵稱，賞賜給土著的田地，對國家并無損害，是好處之四。既然世襲他們的封土，各自為他們的子孫做長遠打算，就不會發(fā)生叛亂，是好處之五。讓他們大小相維持，輕重相制約，沒有事情時便和平相處，一旦出現(xiàn)事變就派兵制止，是好處之六。訓(xùn)練民兵，在河上顯示武力，使賊人的殘余分子不敢有非份之想，是好處之七。軍民愿意耕田的就給他田地，一邊耕田一邊防守，衛(wèi)所自食其力，沒有勾結(jié)軍隊的弊病，是好處之八。軍隊耕田作為軍餉，農(nóng)民耕田交納賦稅，用屯田來督促農(nóng)耕，不局限他們的籍貫身份，用農(nóng)耕來聚積人民，不讓他們做世襲的軍人，是好處之九?！?br />
皇帝都同意了。不久，招撫的土著頭人有的反叛了，各將領(lǐng)方國安等部被打敗，朱燮元被貶了一級官職。此后，最終還是消滅了叛亂者，崇禎十一年(1638)春天死在任上，終年七十三歲。
朱燮元身長八尺，肚大十圍，有二十個人的飯量。長期鎮(zhèn)守西南，軍費贖金，每年不下數(shù)十萬，全都交給官府。辦事明智，來往軍事信件，不需要幕僚幫忙。在軍事上老成持重，計劃安排好了然后作戰(zhàn)，尤其善長使用離間之計。使用人才都能發(fā)揮他們的長處。犯法了，即使是自己親近的人也一定要受罰；有了功勞，即使是奴仆也不會忘記賞賜他們。用忠誠和信義管理土著民族，不隨便濫殺無辜，苗民懷念他。當初在陜西做官時，遇到一位老翁，跟他一同乘車回家，老翁將風(fēng)角、占候、遁甲的技術(shù)全都傳給了他。將要分別時，對朱燮元說：“希望愛惜自己，將來西南有事，恩公能主持它。”內(nèi)江牟康民是一位奇士，戰(zhàn)爭還沒有發(fā)生時，對別人說：“四川將要出現(xiàn)大動亂，平定動亂的莫不是朱公么？”后來真是這樣的。
天啟元年(1621)，提升為左布政使。準備上京朝拜皇帝，正好永寧奢崇明叛亂，蜀王邀請朱燮元治軍。永寧是古藺州之地，奢氏是倮亻羅的后裔，洪武時歸附，世世代代做宣撫使。傳到奢崇周這一輩，沒有后代。奢崇明請求世襲代理此職，他外表上很謙恭而內(nèi)心卻很陰險，他的兒子奢寅尤其兇猛殘暴喜歡叛亂。當時下詔給事中明時舉、御史李達征召四川兵支援遼東。奢崇明父子請求隨軍遠征，先派土著頭目樊龍、樊虎帶兵到重慶。巡撫徐可求淘汰老弱病殘，軍餉又接不上來，樊龍等人于是造反了。殺死徐可求和參政孫好古、總兵官黃守魁等人，明時舉、李達受傷逃跑了。這時是九月十七日。強盜于是占領(lǐng)了重慶，播州遺黨以及各亡命的奸邪之人都紛紛起兵響應(yīng)。強盜的同伙符國禎襲擊攻陷了遵義，很多城鎮(zhèn)都失陷了。
奢崇明僭號稱王，設(shè)立丞相五府等官職，管轄他的部下和周邊的少數(shù)民族數(shù)萬人，分路直奔成都。攻陷新都、內(nèi)江，全部占領(lǐng)了木木卑、龍泉各關(guān)隘路口。指揮周邦太投降，冉世洪、雷安世、瞿英戰(zhàn)死。成都守衛(wèi)部隊只有二千人，糧餉不足。朱燮元傳令征調(diào)石石主、羅綱、龍安、松、茂各道兵來支援成都，搜集二百里之內(nèi)的糧食運到城中。和巡撫御史薛敷政、右布政使周著、按察使林宰等人分城墻防守。強盜身披皮甲胄，用竹牌制成鉤梯搭在城墻上，在城外用土壘成小山丘，上面架設(shè)荊木條，埋伏弓弩手向城中射箭。朱燮元用火器打退了敵人的進攻，又派人挖開都江堰，利用江水灌滿城外的護城河。強盜制造浮橋，攻城減少了，于是殺死城內(nèi)勾通強盜的二百人，強盜失去了內(nèi)應(yīng)。強盜在四面建造望樓，跟城墻一般高。朱燮元命令敢死隊突擊，殺死三個強盜頭目，放火燒了望樓。
不久援軍逐漸匯合。登萊副使楊述程因為招募士兵來到湖廣，于是聯(lián)合安綿副使劉夯謙、石石主女土官秦良玉的部隊在牛頭鎮(zhèn)打敗強盜，收復(fù)新都，其他各路援軍也接連獲勝。然而強盜也越來越多，每天都挖掘墳?zāi)?，拋尸荒野。忽然從林中傳來一陣喧嘩聲，數(shù)千人圍著一個船形物，高一丈、長五十丈、高幾層樓，兩旁包著牛皮，放下木板就如同平地一般。一個人披頭散發(fā)手拿長劍，上面安插著羽毛旗幟，里面有數(shù)百人拿著弓弩毒箭，旁邊是兩個云樓，用牛拖著，居高臨下威脅城中。城內(nèi)的人全都哭了。朱燮元說：“這是呂公車?！庇谑怯镁弈局瞥蓹C關(guān)，轉(zhuǎn)著繩索發(fā)炮，發(fā)出千鈞的巨石攻打它。又用大炮轟牛，牛往回跑，敵人失敗離開了。
有一位諸生陷入敵陣，派人說賊人將領(lǐng)羅乾象想要投降。朱燮元命令他跟羅乾象一起來，在戍樓中高喊喝酒，不解除他的武裝，跟他同吃同睡。羅乾象誓死報答他，又用繩子將羅乾象放出了城。從此之后，賊人的一舉一動沒有不知道的。于是派部將假裝投降，把奢崇明引誘到城下。伏兵出擊，奢崇明跳躍著逃走了。正好各路援軍趕到，朱燮元估計強盜將要撤退了，將數(shù)百個木牌投入錦江，順流而下，命令有關(guān)部門鑿沉舟船，砍斷木橋，嚴兵以待。羅乾象于是在強盜內(nèi)部放火，奢崇明逃往瀘州，羅乾象于是率領(lǐng)眾人來歸附。成都城被包圍了一百零二天至此解圍。
當初，朝廷聽說重慶事變，立即提拔朱燮元為右副都御史，巡撫四川，任命楊愈懋為總兵官，而提拔河南巡撫張我續(xù)總督四川、貴州、云南、湖廣軍隊。還沒有到任，成都的包圍就解除了，官軍乘機收復(fù)了十多處州、縣、衛(wèi)、所。只有重慶還被樊龍等人占據(jù)著。重慶三面被長江阻隔，一面與陸地相通，副使徐如珂率領(lǐng)部隊繞到佛圖關(guān)后面，跟秦良玉一起攻占了它。奢崇明派數(shù)萬士兵來救援，徐如珂迎戰(zhàn)，傳令同知越具杰尾隨在敵人后面，殺死一萬多人。監(jiān)軍僉事戴君恩命令守備金富廉攻殺賊人頭子張彤，樊龍也戰(zhàn)死了。皇帝在廟里告祭接受朝賀，提升戴君恩三級官。朱燮元派遣其他將領(lǐng)收復(fù)建武、長寧，俘獲偽丞相何若海，瀘州也不久收復(fù)。
在這之前，符國禎攻陷遵義，貴州巡撫李木云已派兵收復(fù)了。永寧人李忠臣曾擔任松潘副使，在家隱居，被強盜抓獲，寫信約楊愈懋為內(nèi)應(yīng)，被發(fā)現(xiàn)了，全家都被殺害了。賊人就用他家的奴仆哄騙楊愈懋，襲擊殺死了他，還殺死順慶推官郭象儀等人。再次攻陷遵義，殺死推官馮鳳雛。
在這個時候，奢崇明沒有平定，而貴州安邦彥又叛亂了。安氏世世代代擁有水西，宣慰使安位年紀還小，安邦彥因為這個原因得以煽動叛亂。朝議記錄朱燮元守城的功勞，加封兵部侍郎，總督四川及湖廣荊、岳、鄖、襄，陜西漢中五府的軍務(wù)，兼巡撫四川，而任用楊述中總督貴州軍務(wù)，兼管云南及湖廣辰、常、衡、永等十二府，代替張我續(xù)共同對付奢氏、安氏二強盜。但是兩督府分別治軍，川、貴二軍不相呼應(yīng)，強盜們更加得意放縱了。天啟三年(1623)，朱燮元計劃直接攻取永寧，集合將領(lǐng)說：“我軍長期不能制服敵人，是因為我軍分散，敵人集中。”于是抽調(diào)各軍在長寧會合，接連攻占麻塘坎、觀音庵、青山崖、天蓬洞各山寨。跟秦良玉會合，進攻永寧，在土地坎打敗奢寅，追到老軍營、涼傘鋪，一舉焚燒了敵營。奢寅身受二槍傷逃跑，樊虎也中槍死了。又追擊逃敵到橫山，進入青崗坪，抵達城下，攻取了它，活捉叛將周邦太，俘虜二萬多人。副總兵秦衍祚等人也攻克遵義。奢崇明父子逃進紅崖犬囤子，官軍縮小包圍圈并攻占了它。接連攻占天臺、白崖、楠木各囤，安撫平定了紅潦四十八砦。強盜逃奔到舊藺州城，五月被參將羅乾象攻克了。奢崇明父子率領(lǐng)殘余匪徒跑到水西龍場客仲壩，依靠他妹妹奢社輝來防守。當初，強盜丟失永寧，就向安邦彥求救，安邦彥派二支軍隊窺探遵義、永寧，朱燮元打跑了他們?？偙倮罹S新等人于是攻占客仲壩敵人的老巢，奢崇明父子逃進深山老林中。李維新隨同副使李仙品、僉事劉可訓(xùn)、參將林兆鼎等人搗毀龍場，活捉奢崇明的妻子安氏、弟弟奢崇輝。奢寅、符國禎都受傷逃走了。記錄功績，提升朱燮元為右都御史。
當時四川有十六萬兵力，土著和漢人各占一半。漢兵沒有戰(zhàn)斗力，而土著兵驕奢淫逸又不肯出力。成都解圍后，不立即攻占重慶，收復(fù)重慶后，又不立即搗毀永寧，等到永寧、藺州都攻下后，強盜失去大本營，又放縱敵人遠逃。大抵上土官從強盜那里獲利，官軍效法它，強盜才能夠剿而不滅，多次逃脫。奢崇明父子處境最困難時，朱燮元以為四川已沒有強盜，于是不再追趕。攻取永寧之后，開拓土地達千里。朱燮元把肥沃的土地割讓給永寧衛(wèi)，將其余的土地分為四十八屯，賞給各位降賊有功的人，命令他們每年向官府繳納賦稅，稱為“屯將”，隸屬于敘州府，增設(shè)一名同知管理他們。并且將敘州兵備道移駐于衛(wèi)城，跟貴州參將駐在同一個地方，四川于是安定了。而安邦彥卻更加囂張。
天啟四年(1624)春天貴州失陷，巡撫王三善全軍覆沒。第二年，總理魯欽在織金戰(zhàn)敗，貴州總督蔡復(fù)一的軍隊又失敗了，廷臣以為王三善等人的失敗是因為川軍不協(xié)助，建議聯(lián)合兩督府。于是命令朱燮元以兵部尚書兼總督貴州、云南、廣西各軍，移鎮(zhèn)遵義；而用尹同皋代替他巡撫四川。朱燮元前往重慶，安邦彥偵察知道了。六年二月，計劃乘官軍還沒有出發(fā)，分兵侵犯云南、遵義，而命令奢寅專門進犯永寧。沒有出發(fā)，奢寅被殺死，于是取消原計劃。奢寅非常好色而殘暴。有一個叫阿引的，接受朱燮元的金錢，乘奢寅喝醉酒時把他殺了。奢寅死后，奢崇明年老沒有多少作為，安邦彥也乞求投降。朱燮元向朝廷報告，朝廷同意了，于是派參將楊明輝前往招撫。朱燮元不久因為父親喪禮回家，偏沅巡撫閔夢得來代替他。
在這之前，貴州巡撫王蠨說督臣移鎮(zhèn)貴陽有十種好處，朝廷討論后同意了。閔夢得于是陳奏用兵的辦法：“請求從永寧開始。經(jīng)普市、摩泥、赤水，一百五十里都是平路。赤水有城可以駐軍，到白巖、層臺、畢節(jié)、大方只有二百余里。我方既然派駐重兵，各土著之間交通道路阻絕，然后貴陽、遵義的部隊在約定的時間內(nèi)進發(fā)，敵人一定支持不住?！弊嗍铔]有上報，閔夢得被召回，讓尚書張鶴鳴代替他，建議于是被擱置了。張鶴鳴沒有到任，楊明輝拿著皇帝的詔書，只招撫了安位，不說赦免安邦彥。安邦彥不高興，殺死楊明輝，招撫的議論從此斷絕了。張鶴鳴領(lǐng)軍一年多，未曾打過一次仗，強盜得以蓄精養(yǎng)銳。
崇禎元年(1628)六月又召回朱燮元代替張鶴鳴，兼巡撫貴州，仍舊賜給他尚方寶劍。記錄前面的功勞，提升為少保，世代蔭封錦衣指揮使，這時動亂已有很長時間了，到處都很蕭條，貴陽的居民不足五百家，山谷之間全都是苗民。而將官大多都殺死降民報軍功，苗民不依附官府。朱燮元招集流民，廣開荒田，招募勇敢的人；采納閔夢得以前的建議，傳令云南兵下烏撒，四川兵出永寧，下畢節(jié)，而親自率領(lǐng)大軍駐扎陸廣，進逼大方?？偙僭S成名、參政鄭朝棟由永寧收復(fù)赤水。安邦彥聽說，分兵把守陸廣、鴨池、三貧各要害地帶。另外派一支軍隊直撲遵義。他自稱四裔大長老，號稱崇明大梁王，集合十多萬人的部隊，先侵犯赤水。朱燮元傳授計謀給許成名，把敵人引誘到永寧。于是派總兵官林兆鼎從三貧進軍，副將王國禎從陸廣進軍，劉養(yǎng)鯤從遵義進軍，匯合各路軍攻擊敵人的老巢。安邦彥自恃很強盛，準備先擊破永寧軍，再回軍抵抗各將，急忙要求作戰(zhàn)。四川總兵官侯良柱、副使劉可訓(xùn)在五峰山、桃紅壩和十萬敵人遭遇，大敗敵軍。敵人奔到山上，各將乘霧大力進攻，敵人又被打得大敗。追擊逃敵到紅土川，安邦彥、奢崇明都投降了，時間是崇禎二年(1628)八月十七日。捷報傳來，皇帝大喜。因為許成名和侯良柱爭功，封賞很久沒有實行。
烏撒安效良死后，他的妻子招原沾益土著首領(lǐng)安遠的弟弟安邊為丈夫，頑固不肯服輸。朱燮元乘勝利的軍威威脅趕走了安邊，于是收復(fù)了烏撒。朱燮元以為境內(nèi)的強盜大致平定了，不想再打仗了，于是發(fā)布檄文招降安位，安位猶豫不決。朱燮元集合將士討論說：“水西一帶深險而多叢林，雨霧茫茫，不分白天和黑夜，深入其地難以出來。目前應(yīng)當控制交通要道，從四面不停地攻擊，敵人沒有糧食，將會被困死在里面?！庇谑菄チ艘话俣嗵欤瑪厥滓蝗f多級。劉養(yǎng)鯤又派人進入大方，燒了他的房屋。安位非常害怕，崇禎三年(1629)春天，派使者來乞求投降。朱燮元跟他約定了四件事：一、貶除官級，二、將水外六目的土地劃歸朝廷，三、交出殺死王巡撫的人的首級，四、開通畢節(jié)等九座驛站。安位全都同意了，率領(lǐng)四十八人出來投降。朱燮元受降，貴州也平定了。于是上善后疏說：“水西從河以外，全都納入國家版圖。沿河要害地帶，微臣筑城三十六所，近控蠻苗，遠聯(lián)滇、蜀，都建立旅館，修好郵亭，修建了倉庫，賊人一定不敢冒犯進攻的，鴨池、安莊靠近河邊可以耕種的土地，不下二千頃，人們耕種土地可以自給，土地出產(chǎn)鹽、乳酪、牛羊、菱茭等物產(chǎn)。各將士身經(jīng)數(shù)百戰(zhàn)，都希望得一點土地來撫養(yǎng)自己的子孫，請求皇帝割取新占領(lǐng)土地封給他們，讓他們知道報答皇帝的恩典?！被实弁饬恕?br />
當初，奢崇明、安邦彥的死，實際是四川將領(lǐng)的功勞，而貴州將領(lǐng)卻爭功。朱燮元很有些袒護貴州將領(lǐng)，多次向朝廷報告，被四川巡撫御史馬如蛟彈劾了。朱燮元極力請求辭職，皇帝安慰挽留他。這年冬天討平定番、鎮(zhèn)寧叛亂的苗民，于是開通了威清等上六衛(wèi)和平越、清平、偏橋、鎮(zhèn)遠、四衛(wèi)的道路，總共一千六百多里，修繕亭障，設(shè)置游動的巡察。貴陽東北有洪邊十二馬頭，是原宣慰使宋嗣殷的領(lǐng)地。宋嗣殷因協(xié)助安邦彥而被剿滅，于是在他的領(lǐng)地設(shè)置開州，又奏請恢復(fù)原施秉縣，招集流民充實它。
崇禎四年(1631)，阿迷州土官普名聲叛亂，攻陷彌勒州曲江所，又進攻臨安和寧州，遠近震動。巡撫王伉、總兵官沐天波抵抗不住，王伉被抓獲。朱燮元派部隊進攻，于是投降了。
龍場壩鄰近大方，安邦彥把它送給奢崇明。奢崇明被消滅后，總兵侯良柱想派部隊屯守來擴大自己的地盤。而安位認為原是自己的土地，多次發(fā)動軍隊爭奪，朱燮元不禁止他們。正好朱燮元彈劾侯良柱不稱職，侯良柱也攻擊朱燮元有意庇護安位，接受他的重禮。疏章交給四川巡按御史劉宗祥。劉宗祥也揭發(fā)朱燮元受賄，還認為龍場、永寧不設(shè)置城邑、衛(wèi)所是欺騙行為?；实垡源素?zé)備朱燮元。朱燮元于是上疏說：“駕馭土著的辦法，來降就安撫他們，不一定要用武力解決。現(xiàn)在水西已向國家求和，我們的任務(wù)只是劃定他們的疆界，讓他們自己種田放牧，來繳納國家賦稅，假若派官屯兵，這一帶地方四面懸隔，中間被河水限制，對相互呼應(yīng)支援不利，筑城邑防守渡口，運費煩多。況且這樣一來對內(nèi)會激發(fā)藺州的死斗，對外又挑起扼制水西咽喉要道的嫌疑，戰(zhàn)爭一旦發(fā)生，不能夠輕易停止，這不是國家的長遠打算?！被实圻€沒有同意。后來勘查那一帶地方，果然跟朱燮元說的一樣。討論桃紅壩的功勞，提升為少師，世代蔭封錦衣指揮使。一品官六年滿朝，加封左柱國。再次討論平定叛亂的功勞，世代蔭封錦衣指揮僉事。
崇禎十年(1637)，安位死，沒有后代，同族的人爭著襲位。朝廷議論又想在那里設(shè)置郡縣收歸國有，朱燮元極力爭論。于是傳令土著首領(lǐng)，宣布皇上的威德。各土著爭相交納土地，獻出重器。朱燮元于是劃分土地，分封給各蠻民。又上疏說：
“水西有宣慰使的土地，有各頭人的土地。宣慰使所有的公有土地，應(yīng)該交還國家，各頭人的私有土地。應(yīng)該交給他們分別把守，登記他們的戶口，征收他們的賦稅，風(fēng)俗不同但心向朝廷，等于是國家登記在冊的人民。大方、西溪、谷城、北那險要的地方。筑城派兵把守，足以制止叛亂。西南邊境，都是荒服，楊氏在播州造反，奢氏在藺州造反，安氏在水西造反。云南的定番，是一個小州。有十七個長官司，數(shù)百年來沒有人造反。并不是其他苗民喜歡叛亂，而是定番人性情忠順，土地太大成了土著飛揚跋扈的資本，勢力弱小就只有保全自己了。現(xiàn)在微臣分割水西的土地，將它分封給土著首領(lǐng)和有功的漢人，讓他們世世代代守住土地。廢除所有的苛捐雜稅和殘暴政治，參照統(tǒng)治漢人的辦法，可以使這里長治久安?！?br />
于是陳述這樣做的九種好處：
“不設(shè)郡縣設(shè)置軍衛(wèi)，順應(yīng)當?shù)氐牧?xí)俗，土著漢人平安相處，是好處之一。土地得到進一步開墾，部落日益繁盛，疆界已經(jīng)劃定，土著頭目不能隨便侵吞百姓的土地，是好處之二。貴州土地荒涼貧瘠，仰給于外省?，F(xiàn)在自食其地，減免了運輸糧食的勞苦，是好處之三。有功勞的將士，賞賜給金錢則國庫會空虛，賞賜給官爵則貶低了爵稱，賞賜給土著的田地，對國家并無損害，是好處之四。既然世襲他們的封土，各自為他們的子孫做長遠打算，就不會發(fā)生叛亂，是好處之五。讓他們大小相維持，輕重相制約，沒有事情時便和平相處，一旦出現(xiàn)事變就派兵制止，是好處之六。訓(xùn)練民兵，在河上顯示武力，使賊人的殘余分子不敢有非份之想，是好處之七。軍民愿意耕田的就給他田地，一邊耕田一邊防守，衛(wèi)所自食其力，沒有勾結(jié)軍隊的弊病，是好處之八。軍隊耕田作為軍餉，農(nóng)民耕田交納賦稅，用屯田來督促農(nóng)耕，不局限他們的籍貫身份，用農(nóng)耕來聚積人民，不讓他們做世襲的軍人，是好處之九?！?br />
皇帝都同意了。不久，招撫的土著頭人有的反叛了，各將領(lǐng)方國安等部被打敗，朱燮元被貶了一級官職。此后，最終還是消滅了叛亂者，崇禎十一年(1638)春天死在任上，終年七十三歲。
朱燮元身長八尺，肚大十圍，有二十個人的飯量。長期鎮(zhèn)守西南，軍費贖金，每年不下數(shù)十萬，全都交給官府。辦事明智，來往軍事信件，不需要幕僚幫忙。在軍事上老成持重，計劃安排好了然后作戰(zhàn)，尤其善長使用離間之計。使用人才都能發(fā)揮他們的長處。犯法了，即使是自己親近的人也一定要受罰；有了功勞，即使是奴仆也不會忘記賞賜他們。用忠誠和信義管理土著民族，不隨便濫殺無辜，苗民懷念他。當初在陜西做官時，遇到一位老翁，跟他一同乘車回家，老翁將風(fēng)角、占候、遁甲的技術(shù)全都傳給了他。將要分別時，對朱燮元說：“希望愛惜自己，將來西南有事，恩公能主持它。”內(nèi)江牟康民是一位奇士，戰(zhàn)爭還沒有發(fā)生時，對別人說：“四川將要出現(xiàn)大動亂，平定動亂的莫不是朱公么？”后來真是這樣的。
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