真正負(fù)責(zé)馬來亞新加坡華僑事務(wù)的是軍政部副部長渡邊（Watanabe），副手是高瀨。渡邊對于華人并不生疏，他曾以特務(wù)機關(guān)人員身份在華北和滿洲渡過了十年的光陰。渡邊很快就了解到了馬來亞華人的潛在力量，對于他們的內(nèi)聚力、獨立性和生存意志印象深刻，這種強烈的感覺中混淆著贊賞和恐懼。另一方面，渡邊也堅信馬來亞的華人和大陸的華人一樣不可信賴，這大概是由于華人的間諜和游擊隊活動引起的。他對華僑的反叛滿懷戒心。他在大陸和馬來亞兩地的經(jīng)驗告訴他：應(yīng)該以堅決的壓制措施對待華僑。渡邊在他的回憶錄里這樣解釋他的思想脈絡(luò)：“為了贏得民心而同情華僑是會損害我們的利益的。他們必須對過去的罪行負(fù)責(zé)。本人的政策是要使他們改過自新，我們將準(zhǔn)許他們生活下去，并將交還他們的財產(chǎn)，但得先看他們的悔悟程度而定。挽救一個死囚的生命將是最受賞激之舉。這就是我所說的‘必要時作最低程度的綏靖’一語的意思。由于這個緣故，本人策劃向華僑征稅，強迫他們捐輸，切斷他們和中國的聯(lián)系，拒絕委派他們擔(dān)任行政職務(wù)，不給予他們平等的地位。”
渡邊所持的看法獲得越來越多高層官員認(rèn)同，中央最高司令部在新加坡陷落前一天，終于對華僑的立場作了最終的決定，主張軍方切斷華僑同中國國民黨政府的聯(lián)系，有必要時不惜加以鎮(zhèn)壓。于是軍方主張對華僑采取強硬手段的人便可以一意孤行了。
英軍投降之后，日本人把新加坡改名為昭南。第二野戰(zhàn)憲兵隊在大石正行的指揮下，立刻進(jìn)城確立治安，肅清敵對的華僑。在往后的幾天里，有數(shù)萬華僑包括婦孺被殺害，原因僅僅因為他們是華人。山下奉文下令搜捕敵對華僑起先是基于軍事行動而非出乎憎恨。兩個月的馬來亞戰(zhàn)役，加上他的部分部隊被調(diào)到緬甸、蘇門答臘作戰(zhàn)，使得二十五軍的實力削弱不少，所以山下很擔(dān)憂他麾下實力不夠的軍隊是否有能力維持昭南和馬來亞的局勢。此時在馬來亞的叢林里，許多抗日分子繼續(xù)活動妨礙日軍的行動。山下曾經(jīng)在中國看到抗日游擊隊怎樣殲滅小支的日本駐防軍。在山下的心靈深處，這種夢魘般的想法一定讓他很煩惱。華人接連不斷的間諜活動、義勇軍在新加坡最后守衛(wèi)戰(zhàn)中給日軍造成的傷亡引起了山下奉文部下官兵的憤怒，何況山下奉文的士兵前來馬來亞之前在中國有過同樣的經(jīng)驗。于是，這種郁積在內(nèi)心的情緒在戰(zhàn)爭的壓力下變得更加嚴(yán)重。一旦征服成功，便一發(fā)不可收拾了。
山下奉文的參謀長鈴木宗作中將向昭南警備軍司令河村三郎少將傳達(dá)了“嚴(yán)厲懲治敵對的華僑”的命令。河村把命令轉(zhuǎn)達(dá)給大石上校，并訓(xùn)令他根據(jù)軍令的文字和精神去執(zhí)行。“嚴(yán)厲懲治”一詞可作不同的解釋，許多憎恨華僑的士兵解釋為可以就地處決華僑，因而濫行該令干下許多暴行。
在河村和大石的指揮下，一項有系統(tǒng)的肅清行動于1942年2月21日開始，憲兵隊把以下各種人士解釋為不良分子。
曾經(jīng)在南洋華僑籌賑會中積極活動之人士。
曾經(jīng)慷慨地捐輸給籌賑會之富裕人士。
南洋華僑救國運動領(lǐng)袖陳嘉庚之追隨者，以及校長、律師。
海南人，根據(jù)日本人的看法，所有的海南人均屬共產(chǎn)分子。
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