震旦大學(xué)借地于耶穌會(huì)在徐家匯的天文臺(tái)內(nèi)，師資也由教會(huì)支援?！罢鸬笔侵袊?guó)的古稱，來(lái)自梵文，中文字面上又有“日出東方”的含義，借這個(gè)生機(jī)勃勃的名字，馬相伯此時(shí)此刻找到了自己的使命。馬相伯所設(shè)計(jì)的震旦不是英美式學(xué)院（College），而是歐洲文藝復(fù)興以來(lái)研究學(xué)問(wèn)的學(xué)者團(tuán)體、學(xué)院（Academy），或者是更古典式的柏拉圖式“學(xué)園”（Academy），提倡學(xué)生在辯論中發(fā)展獨(dú)立思考能力和表達(dá)能力。馬相伯所理解的歐洲Academy與中國(guó)傳統(tǒng)書(shū)院有某種相似性。在震旦，教，注重指導(dǎo)門徑；學(xué)，力求啟發(fā)學(xué)生獨(dú)立研究問(wèn)題的能力。所以，馬相伯本人在震旦的角色可謂“柏拉圖”，亦可謂書(shū)院的“山長(zhǎng)”。
震旦的行政管理由學(xué)生選出代表承擔(dān)，學(xué)校的所有成員享有自治、自主的權(quán)利。當(dāng)時(shí)幫助馬相伯辦學(xué)的學(xué)生邵力子、于右任等，均成為中國(guó)近代史中可圈可點(diǎn)的人物。
震旦學(xué)院宣布成立，當(dāng)時(shí)流亡日本的梁?jiǎn)⒊⒓粗姆Q善：“吾今乃始見(jiàn)我國(guó)得一完備有條理之私立學(xué)院，吾喜欲狂?！瘪R相伯為學(xué)校規(guī)定三條原則：崇尚科學(xué)，注重文藝，不談教理?！坝锩葒?guó)，必自研究近代科學(xué)始；欲研究近代科學(xué)，必自通其語(yǔ)言文學(xué)始。有欲通其外國(guó)語(yǔ)言文學(xué)，以研究近代科學(xué)，而為革命救國(guó)之準(zhǔn)備，請(qǐng)歸我?！?/p>
馬相伯有很多的創(chuàng)造，比如他主張文理并重，主張要打好語(yǔ)言的基礎(chǔ)，主張必須訓(xùn)練嚴(yán)格的邏輯思維?，F(xiàn)在中國(guó)最早的形式邏輯的教科書(shū)是馬相伯編的。我們今天說(shuō)，中國(guó)學(xué)生原創(chuàng)力不夠，其實(shí)這個(gè)問(wèn)題馬相伯當(dāng)時(shí)就已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了，他所設(shè)計(jì)的課程、教育方法，都有助于提高學(xué)生的原創(chuàng)力。還有一條，他認(rèn)為教育要自立，希望學(xué)術(shù)獨(dú)立，思想自由。
在震旦學(xué)院，馬相伯是非常愛(ài)護(hù)學(xué)生的，他重建了孔子以來(lái)“有教無(wú)類”的傳統(tǒng)，只要有才華的人、愿意學(xué)的人，他一律收入門下。于右任就是非常典型的例子。1904年，于右任因作詩(shī)諷刺慈禧太后賣國(guó)，遭到通緝，逃到了上海。馬相伯將他收入門下，免學(xué)雜費(fèi)，以化名“劉學(xué)?！保础傲魍鰧W(xué)生于”諧音）入讀震旦，并對(duì)他諄諄教誨：不以空言抒憤，救國(guó)必先科學(xué)。后來(lái)于右任曾有聯(lián)：生我者父母，育我者先生。
學(xué)術(shù)獨(dú)立，不談教理
“不談教理”的辦學(xué)理念，使馬相伯和作為主辦方的耶穌會(huì)有著不可調(diào)和的矛盾。耶穌會(huì)希望震旦是法國(guó)式的教會(huì)學(xué)校，學(xué)生要遵從教規(guī)。這和馬相伯的辦學(xué)初衷相違背，他為震旦制定的辦學(xué)原則是：崇尚科學(xué)、注重文藝、不談教理。法國(guó)傳教士認(rèn)為學(xué)生既然到了教會(huì)的學(xué)校，就應(yīng)該把宗教課變成必修課，這等于強(qiáng)迫信仰，這是馬相伯最反對(duì)的。
1905年年初，沖突演變的結(jié)果是耶穌會(huì)出手驅(qū)逐馬相伯，讓他“無(wú)病而入病院”，欲奪回震旦的控制權(quán)。但神甫們忘記了，震旦的首批學(xué)生，部分來(lái)自堪稱學(xué)生運(yùn)動(dòng)策源地的南洋公學(xué)，豈是唯唯諾諾之輩。在校務(wù)行政上，震旦是實(shí)行學(xué)生自治制度的，學(xué)生遂推舉沈步洲為會(huì)議主席，決議退學(xué)。沈步洲取出信箋兩卷，放在講臺(tái)兩端，一為簽留，一為簽去，結(jié)果全校132名學(xué)生中有130名簽名退學(xué)。
退學(xué)學(xué)生推舉邵力子、于右任等7名學(xué)生代表，事后找到馬相伯，說(shuō)：“馬院長(zhǎng)，我們已經(jīng)退學(xué)了，但是我們還要讀書(shū)?！瘪R相伯看到退學(xué)學(xué)生簽名簿時(shí)老淚縱橫，他冒著再次和教會(huì)決裂的風(fēng)險(xiǎn)，決定站在學(xué)生一邊，另辦新校。
1905年9月，經(jīng)過(guò)馬相伯、嚴(yán)復(fù)和退學(xué)學(xué)生領(lǐng)袖葉仲裕、于右任等人數(shù)月的奔波籌劃，復(fù)旦公學(xué)在吳淞成立?！皬?fù)旦”一詞，取自《尚書(shū)大傳》中虞舜傳位給夏禹時(shí)所唱的青云歌“日月光華，旦復(fù)旦兮”，可以釋義為“明天太陽(yáng)照常升起”，既寓意新學(xué)校像朝陽(yáng)一樣，也有光復(fù)震旦的意思。
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