桓溫字元子，是宣城太守桓彝的兒子。未滿周歲時(shí)太原人溫嶠見了他說：“此兒骨骼不凡，請?jiān)僮屗抟幌?。”等到聽了他的哭聲，又說：“真是英才降世！”桓彝因?yàn)榇藘簽闇貚p識，所以給他取名叫溫。溫嶠笑著說：“果然如此，將來也要改作和我一姓。”桓彝被韓晁害死，涇縣縣令江播參與了此事。當(dāng)時(shí)桓溫十五歲，頭枕戈矛，眼流血淚，立志報(bào)仇。到十八歲，碰上江播已死，他的兒子江彪兄弟三人居喪，把刀放進(jìn)手杖，用來防備桓溫。桓溫謊稱吊喪客人，得以進(jìn)入，在守墓的廬屋里殺了江彪，然后又追殺了他的兩個(gè)弟弟。時(shí)人為之稱嘆。
桓溫為人豪邁爽朗，有雄風(fēng)高節(jié)，姿貌奇?zhèn)?，臉上有七顆星印。年少時(shí)同沛國劉忄炎友善，劉忄炎曾稱贊他說：“桓溫眼睛像紫石棱，須發(fā)如刺猬毛，是僅次于孫仲謀、晉宣王一類的人物?！北贿x為南康長公主的夫婿，拜為附馬都尉，襲萬寧男爵位，授瑯王牙太守，屢遷至徐州刺史。
桓溫同庾翼友善，經(jīng)常在一起相約要安定天下，匡國濟(jì)民。庾翼曾經(jīng)對晉明帝推薦說：“桓溫從小就有雄才大略，希望陛下不要把他當(dāng)作平常人看待，也不要當(dāng)作平常的女婿，應(yīng)當(dāng)像周宣王對方叔、召伯那樣，委以復(fù)興重任，讓他弘揚(yáng)大道、匡濟(jì)時(shí)局，完成艱難事業(yè)。”庾翼死后，明帝便提拔桓溫為都督荊梁四州諸軍事、安西將軍、荊州刺史、領(lǐng)護(hù)南蠻校尉、假節(jié)。
當(dāng)時(shí)蜀主李勢已經(jīng)衰微，桓溫立志滅蜀建立功勛。永和二年(346)，率軍西征。當(dāng)時(shí)康獻(xiàn)太后臨朝聽政，桓溫準(zhǔn)備完畢后，呈上奏疏就出發(fā)了。朝廷因?yàn)槭竦仉U(xiǎn)遠(yuǎn)，而桓溫的兵馬又少，加之深入敵境，都很擔(dān)憂。從前，諸葛亮在魚腹平沙上造有八陣圖，把石頭壘成八行，每行之間距離二丈?；笢乜匆姾?，說：“這是常山蛇的形狀?！避娭形奈浒俟偃颊J(rèn)不出來。等到大軍駐扎彭模后，便命參軍周楚、孫盛守輜重，自己帶領(lǐng)步兵直逼成都。李勢派叔父李福和從兄李權(quán)等進(jìn)攻彭模，周楚等人抵御他們，李福敗退逃走。桓溫再次進(jìn)攻李權(quán)，三戰(zhàn)三捷，賊眾潰散，從小路逃回成都。李勢于是全軍出動同桓溫在笮橋決戰(zhàn)，參軍龔護(hù)戰(zhàn)死，軍心恐懼，打算后退，可是鼓吏卻把撤退鼓敲成了進(jìn)攻鼓，于是又進(jìn)攻，李勢全軍大敗。桓溫乘勝追擊，火燒了小城，李勢連夜后退九十里，到了晉壽葭萌城。李勢的部將鄧嵩、昝堅(jiān)勸他投降，于是李勢就雙手反綁，抬著棺材前來投降請罪?；笢卦谑竦赝Ａ粢辉?，推舉賢才，獎勵(lì)善行，偽尚書仆射王誓、中書監(jiān)王瑜、鎮(zhèn)東將軍鄧定、散騎常侍常琚等，都是蜀地的良才，一起任命他們?yōu)閰④?，百姓都心悅誠服。大軍還未撤回，王誓、鄧定、隗文等又反叛，桓溫又討伐平定了他們。整軍旅回到江陵，晉升為征西大將軍、開府，封為臨賀郡公。
石季龍死后，桓溫想率軍北征，首先上書提請朝廷討論水路、陸路誰更宜適，很久沒有回音?；笢禺?dāng)時(shí)已知道朝廷倚仗著殷浩等人與自己抗衡，他很氣憤，但素來又與殷浩相知，所以并不害怕他們。因?yàn)閲覜]有其他禍亂，他們之間才僵持了一年多，雖然有君臣之禮，實(shí)際上也只不過是相互敷衍羈絆而已，八州士眾財(cái)物賦稅，幾乎不為朝廷所用。桓溫申明要北伐，上表剛奏朝廷，大軍就出發(fā)了。順流而下，進(jìn)到武昌，軍隊(duì)有四、五萬之多。殷浩擔(dān)心被桓溫廢除，準(zhǔn)備謀劃回避，卻又想打著騶虞幡讓桓溫停止進(jìn)軍。一時(shí)間朝廷內(nèi)外議論紛紛，人情震驚。簡文帝當(dāng)時(shí)做撫軍，寫信給桓溫申明社稷大計(jì)，解釋互相懷疑的原因，桓溫當(dāng)即回軍還鎮(zhèn)，向皇帝上疏說：
“我近期親自率領(lǐng)所統(tǒng)轄的部隊(duì)，想北上掃平趙魏，軍隊(duì)到達(dá)武昌，得到了撫軍大將軍、會稽王司馬昱的書信，說是目前社會上是非紛紜，疑惑叢生，信中談到形勢危急，令人憂及社稷的安危。靜心思索，讓人驚愕不已，不解懷疑產(chǎn)生的原因。孤獨(dú)無助，如沉深淵。我以魯鈍之材，肩負(fù)重任，雖然無與此相稱的才能，但職責(zé)是平定禍亂。如今，國恥未雪，寇仇未滅，幸好遇上開明泰世，敵人又有機(jī)可乘，就是有志匹夫，尚且心懷憤慨，我又如何忍心而坐觀國家的禍敗呢！所以，揮戈奔馳，不敢安歇，先后上表陳情，到今天已一年多了。坦蕩忠誠，公私可察，哪里又有絲毫差錯(cuò)，竟招來如此猜忌？這不正是奸佞之徒心懷恐懼、搬弄是非、惑亂朝政的伎倆嗎？
“從前樂毅竭誠事燕，結(jié)果垂涕出奔；霍光盡忠于漢，結(jié)果受上官桀的誣告。諂言詆毀高行，奸邪敗壞美德，這是歷代關(guān)系社稷存亡的禍患。如今天子年輕，太后陛下以圣明賢淑之德，謙恭任賢，將國家大事托付給群臣，朝中群賢畢集，德信布于遠(yuǎn)方。再說，我家世代蒙受殊恩，服侍三朝，既不是來自異邦的客卿，又不像韓信、彭越有稱王裂土的野心，可是，離間讒毀我們的流言卻流布人口，傳遍四方，這就是古代圣賢蒙冤悲嘆于從前、而我也憂懼于眼前的原因。如今寇賊冰消云散，大事接近完成，晉朝的北方遺民正鵠立南望，效忠王室的人都慷慨奔赴道路，元兇的末日近在旦夕，而一些人橫加指責(zé)，無中生有，羅織罪名，使行將滅亡的賊寇得以蘇生喘息，這是最讓人痛心疾首、悲傷感嘆的。我雖然心中所想的只有公眾，所盡忠的是國家，可是外敵還未消滅，內(nèi)弊卻接連產(chǎn)生，這便是我原本想致力國家、有所抱負(fù)的真正原因。”
朝廷升遷他做太尉，執(zhí)意推讓不受。
當(dāng)時(shí)殷浩到洛陽修復(fù)皇室陵園，時(shí)過數(shù)年，屢戰(zhàn)屢敗，器械都耗費(fèi)殆盡?；笢赜诌M(jìn)督司州，借著朝野怨情，奏請廢除殷浩。從此，內(nèi)外大權(quán)集于桓溫一身?；笢赜谑墙y(tǒng)領(lǐng)步兵騎兵四萬，從江陵出發(fā)，水軍從襄陽進(jìn)入均口，到南鄉(xiāng)，步行到淅川，再向關(guān)中征討，命令梁州刺史司馬勛從子午道出兵。另一支軍隊(duì)進(jìn)攻上洛，俘獲了苻健、荊州刺史郭敬，又攻破了青泥。苻健派兒子苻生、兄弟苻雄率屬下數(shù)萬人，屯兵..柳、愁思土追抵抗桓溫，不久就發(fā)生大戰(zhàn)，苻生親自沖鋒陷陣，殺死桓溫部將應(yīng)誕、劉泓，士卒死傷數(shù)千?；笢剀妸^力作戰(zhàn)，苻生軍才潰敗。苻雄又同將軍桓沖在白鹿原交戰(zhàn)，又被桓沖打敗。苻雄于是奔襲司馬勛，司馬勛退駐女媧堡。桓溫進(jìn)軍到霸上，苻雄率五千人挖深溝自衛(wèi)。當(dāng)?shù)鼐用穸及簿尤绯２煌Ｗ鳂I(yè)，拿著牛肉和酒在大路上迎接桓溫的十有八九，年邁的老人感動得流著熱淚說：“沒料到今日又見到了官軍！”起初，桓溫想依靠麥子成熟，取來作為軍糧，可苻健割除麥苗，實(shí)行清野，軍糧沒有著落，便帶著三千多名百姓撤回。明帝派侍中黃門在襄陽慰勞了大軍。
起初，桓溫以為自己的雄姿氣概和宣帝、劉琨屬于一類，有人拿他同王敦相比，他很是憤憤不平。等到這次北征回來，在北方尋到了一個(gè)手腳靈巧的老婢女，走訪她，說是劉琨的婢女，一見到桓溫，便潸然流淚。桓溫問她緣故，回答說：“主公很像劉司空?！被笢卮笙?。到外面整理衣冠后，又叫來老婢女問，老婢女說：“臉很像，可惜太??；眼睛很像，可惜太??；胡須很像，可惜太紅；形體很像，可惜太短；聲音很像，可惜太柔弱?！被笢赜谑侨∶苯鈳Вㄈ换杷?，不高興了好幾天。
母親孔氏死了，他上疏請求解除官職，想到宛陵送葬，詔令不準(zhǔn)。朝廷贈他母親為臨賀太夫人印綬，謚號敬，并派侍中吊祭，讓謁者監(jiān)護(hù)喪事，不到一月時(shí)間，使者到達(dá)八次，華麗的官車在路上前后相望?；笢卦崃T母親后開始視事，想修復(fù)園陵，移都到洛陽，奏表上了十余次，朝廷不許。晉升桓溫為征討大將軍，都督司、冀二州諸軍事，專門負(fù)責(zé)征討事宜。
桓溫派督護(hù)高武占據(jù)魯陽，輔國將軍戴施屯兵黃河上，率領(lǐng)水軍逼近洛陽許昌，認(rèn)為譙梁水道已通，請徐、豫二州兵馬順著淮水、泗水進(jìn)入黃河?；笢貜慕瓯狈?，行經(jīng)金城，看見自己年輕時(shí)栽種的柳樹都已十圍了，感嘆地說：“樹尚且如此，人哪能不老！”手握枝條，淚流滿面。于是渡過淮河、泗水，踏入北方境內(nèi)。同諸僚屬登上平乘樓，放眼遠(yuǎn)眺中原，感慨地說：“致使神州淪陷，百年間變成廢墟，王夷甫等人不能不負(fù)責(zé)任！”袁宏說：“天運(yùn)有興有廢，哪里就是諸人的過失！”桓溫變色動容對四座說：“聽說劉景升有條千斤重的大牛，咀嚼豆子多于常牛十倍，可負(fù)重行遠(yuǎn)，卻不如一條瘦牛，魏武帝進(jìn)入荊州后，把它殺了犒勞軍士。”話的意思是以大牛比況袁宏的，座中諸人聽了都大驚失色。大軍駐扎伊水，姚襄在伊水北屯兵，據(jù)水而戰(zhàn)?；笢刈屲婈?duì)結(jié)隊(duì)向前，親自披甲，督促其弟桓沖和諸將奮勇進(jìn)擊，姚襄大敗，自相殘殺，死者數(shù)千人，越過北芒向西逃走，沒被追上，這才得以逃奔到平陽?；笢卮筌婑v扎在過去的太極殿前，不久又轉(zhuǎn)移到金墉城，并拜祭了諸先帝陵墓，修復(fù)了被毀壞的陵墓，同時(shí)設(shè)置了陵園令。隨即班師回朝，帶著降賊周城，并把歸附的三千戶人家安置在長江漢水之間。派遣西陽太守黃..從黃城出擊，討伐蠻賊文廬等部，又派遣江夏相劉岵、義陽太守胡驥討伐妖賊李弘，都大獲全勝，把敵賊的首級傳到了京都?；笢鼗貛熤?，司、豫、青、兗各州又陷入敵手。升平年間(357～362)，改封為南郡公，降臨賀郡公為縣公，把臨賀郡公封給次子桓濟(jì)。
隆和初年(362)，敵寇進(jìn)逼河南，太守戴施出奔，冠軍將軍陳..告急，桓溫派竟陵太守鄧遐率三千人援助陳..，并想還都洛陽，向皇帝上疏請求(疏文略)，朝廷詔令說：“從前的喪亂，恍惚間已經(jīng)歷了六十余年，如今戎狄蠻族繼續(xù)肆意施暴，眷戀西望，滿懷悲嘆！得知你想親率三軍，掃蕩敵寇，收回中原，光復(fù)舊京，假若不是舍身忘我報(bào)國，誰能這樣作呢！各方面的指揮謀劃，一并托付給你了。只是北方一處荒蕪破敗，處處都得辛苦經(jīng)營，尤其在開始時(shí)，更是舉步維艱，這都是值得憂慮的?！庇谑歉氖诨笢囟级剿?、并、冀三州，因?yàn)榻恢?、廣州遼遠(yuǎn)，撤消了都督，桓溫上表推辭。朝廷又加封他侍中、大司馬、都督中外諸軍事和假黃鉞。
桓溫以已經(jīng)都督朝廷內(nèi)外，不宜遠(yuǎn)出為理由，又上疏陳請應(yīng)該立即執(zhí)行的七件事：其一，當(dāng)前朋黨興盛、私議沸騰，應(yīng)該杜絕抑制浮言讒語，鏟除它得以滋生的土壤。其二，人口稀少，趕不上漢朝的一郡，應(yīng)該并官減職，使官吏長期穩(wěn)定。其三，國家的行政機(jī)制不能停止和廢除，常務(wù)文書案件的落實(shí)，要限制時(shí)日。其四，應(yīng)該明確長幼之禮，獎勵(lì)忠實(shí)、公正的官吏。其五，褒獎懲罰，應(yīng)該和事實(shí)相稱。其六，應(yīng)該繼承遵守古制，弘揚(yáng)學(xué)業(yè)。其七，應(yīng)該選拔設(shè)置官吏，編纂。有司都一一奏報(bào)并分頭施行。不久，又加封溫桓羽葆鼓吹，并替他設(shè)置左右長史、司馬、從事中郎四人。他接受了羽葆鼓吹，其余的都推辭了。不久，又率水軍進(jìn)駐合肥。朝中又加封他揚(yáng)州牧、錄尚書事，派侍中顏旄去宣讀圣旨，召他回京參與政事。桓溫上疏陳說，以四方未定為理由，不愿回京，請求容他在外鎮(zhèn)守，積儲力量，待機(jī)北伐，成就光復(fù)大事(疏文略)。朝廷詔令不許，并再次征召他?；笢氐搅唆髹?，朝廷下詔讓尚書車灌制止他，桓溫于是駐軍赭圻，執(zhí)意推讓朝廷任職，遙領(lǐng)揚(yáng)州牧。時(shí)值鮮卑進(jìn)攻洛陽，陳..出奔，當(dāng)時(shí)簡文帝輔政，到洌州同桓溫相會，商議征討事宜，桓溫移兵鎮(zhèn)守姑孰。碰上哀帝駕崩，事情便不了了之。
桓溫生性儉樸，每頓只吃七枚干茶果而已?？墒菂s憑恃雄豪在朝廷專權(quán)，窺伺皇位，有非分之想。有一次他躺著對親信說：“這樣寂寞無為，將被文帝司馬昭、景帝司馬師所笑?！北娙硕疾桓覍Υ?。一會兒又撫著枕頭坐起來說：“既然不能流芳后世，難道就不能遺臭萬年嗎？”一次經(jīng)過王敦的墓邊，他望著墓說：“真是能干的人！真是能干的人！”他的心跡就是這樣。當(dāng)時(shí)有個(gè)遠(yuǎn)道而來的比丘尼，傳說很有道術(shù)，她在另外的房間洗澡，桓溫偷看她。只見比丘尼全身赤裸，先用刀剖腹，再砍斷雙腳。洗罷出來，桓溫向她問吉兇，比丘尼說：“主公如果作天子，也像剛看到的一樣?！?br />
太和四年(370)，又上疏請求舉國北伐。平北將軍郗忄音因?yàn)榧膊∶夤?，又派桓溫以平北將軍、徐兗二州刺史的身份，率領(lǐng)兄弟南中郎桓沖、西中郎袁真和步兵、騎兵五萬人，再次北伐。文武百官都到南州餞行，京師傾城而出。北伐大軍進(jìn)駐湖陸，進(jìn)攻并活捉了慕容日韋的部將慕容忠，再進(jìn)駐到金鄉(xiāng)。當(dāng)時(shí)天大旱，水道不通，就在鉅野開鑿三百余里的水道來通船運(yùn)輸，船程從清水通到黃河。慕容日韋的部將慕容垂、傅末波等率軍八萬抵抗桓溫，在林渚大戰(zhàn)?；笢卮驍×怂麄儯S之到達(dá)枋頭。先派袁真討伐譙、梁，并開通石門來通船運(yùn)輸。袁真討伐譙、梁都成功了，但不能開通石門，于是軍糧竭盡?；笢?zé)讲匠吠?，從東燕出倉垣，經(jīng)過陳留，途中鑿井而飲，行軍七百余里。慕容垂帶八千騎兵追擊，在襄邑大戰(zhàn)，桓溫軍被打敗，戰(zhàn)死三萬余人?；笢厣钜詾閻u，歸罪于袁真，并上表廢袁真為庶人。袁真怨恨桓溫誣陷自己，便占據(jù)壽陽以求自保，并暗地里與苻堅(jiān)、慕容日韋勾結(jié)。
簡文帝派侍中羅含在山陽拿牛肉和酒犒勞桓溫將士，派會稽王司馬昱在涂中與桓溫相會，下詔封桓溫世子給事桓熙為征虜將軍、豫州刺史、假節(jié)。南康公主死時(shí)，又下詔贈布千匹、錢百萬，桓溫推謝不受?；笢赜株愓堊尰肝跬９偃辏一肝跄晟俨灰耸顾胃甭?，朝廷下詔不許。征調(diào)揚(yáng)州人筑廣陵城，然后移鎮(zhèn)廣陵。當(dāng)時(shí)，桓溫大興徭役為時(shí)已久，加之疾疫流行，死人幾乎過半，百姓怨嘆不已。袁真病死，部將朱輔擁立他的兒子袁瑾襲位。慕容日韋、苻堅(jiān)都派軍支援袁瑾，桓溫派督護(hù)竺瑤、矯陽之等聯(lián)合水軍，一齊迎擊他們。當(dāng)時(shí)，慕容日韋的援軍已到，竺瑤等在武丘同他接戰(zhàn)，打敗了援軍。桓溫率二萬人又從廣陵到達(dá)，袁瑾環(huán)城固守，桓溫筑長圍墻實(shí)施包圍。苻堅(jiān)便派部將王鑒、張蠔等率軍來援救，屯兵在洛澗，先派出五千精銳騎兵駐軍在淝水北岸?；笢嘏尚值芑敢烈约暗茏邮扔瓝?，大敗王鑒等，袁瑾部隊(duì)也隨之崩潰?；笢鼗钭搅嗽退谧鍞?shù)十人以及朱輔，一起送往京師斬首，袁瑾所侍養(yǎng)的數(shù)百流民全被活埋，并把他的妻子兒女賞給了將士?；笢匾?yàn)橛袘?zhàn)功，詔令加班劍十人。在路旁駐地犒勞三軍，文武官員論功行賞，各有差別。
桓溫自負(fù)才力超群，早就心懷不軌，企圖先在北方立功，歸來后再受九錫之賞。不料遭受挫折，名聲實(shí)力陡然大減，于是參軍郗超進(jìn)獻(xiàn)廢立之計(jì)，桓溫便廢掉哀帝擁立簡文帝。簡文帝詔令桓溫依諸葛亮的例子，帶著百人儀仗隊(duì)入殿，賞錢五千萬、絹兩萬匹、布十萬匹?；笢卮笏翉U除、改調(diào)朝官，殺了庾倩、殷涓、曹秀等。當(dāng)時(shí)，桓溫威勢顯赫，侍中謝安見了老遠(yuǎn)就拜揖?；笢爻泽@地說：“安石，你何苦這樣？”謝安說：“從來沒有君拜于前，臣拜于后的?！碑?dāng)時(shí)桓溫生有腳疾，簡文帝詔令乘車上朝，見面之后，想陳述自己進(jìn)行廢立的本意，簡文帝淚流滿面，桓溫驚恐得沒說成一句話就出來了。
起初，元、明二帝時(shí)期，郭璞預(yù)言說：“國君不是沒有后代，而是兄弟禪位?！闭f是成帝有兒子，卻將把皇位傳給弟弟。又說：“有人姓李，兒專征戰(zhàn)。譬如車軸，脫在一面。”“兒”者，“子”也；“李”字去掉“子”便是“木”字；“車”字去軸“|”便是“亙”字，這兩個(gè)字相合就是“桓”字。又說：“爾來，爾來，河內(nèi)大縣?！薄盃杹怼闭f是自爾以來為元始之意，桓溫的字便是元子；“河內(nèi)大縣”是指“溫”。成、康二帝駕崩之后，桓姓勢力開始擴(kuò)大，所以連作兩次預(yù)言。又說：“賴子之薨，延我國祚。痛子之損，皇運(yùn)其暮?！边@里的二子，指的便是元子、司馬道子。桓溫志在篡位，大事未成就死了，這是國家的幸運(yùn)。會稽王司馬道子雖然是首先擾亂晉國，但是他的死是晉國衰亡的根由之一，所以說讓人哀痛。
桓溫又回到白石，上疏請求歸姑孰。詔令說：“天地結(jié)合，生成萬物；二人同心，便無需考慮各自的利益。古代圣王全仰仗忠臣輔佐，姬旦德布四方，周朝便因此興隆；伊尹師法皇天，商朝便得到文明教化。大司馬賢德圣明，光大深遠(yuǎn)，上合天意，才華橫溢，肩負(fù)國家重任，忠心輔助我一人，功德超過霍光，道德永存后世?，F(xiàn)在晉封你做丞相，保留原大司馬一職，請你留在京都，鎮(zhèn)守社稷?！被笢貨Q意推辭，仍然請求回歸姑孰。簡文帝又派侍中王坦之征召桓溫入朝為相，并增封邑萬戶，又被拒辭。下詔因西府經(jīng)袁真軍敗事故，軍用不足，撥給世子桓熙布三萬匹、米六萬斛，再封桓弟為給事中。
后來簡文帝病重，詔令桓溫說：“我將不久于人世，足下速來，希望能夠相見。快來，快來！”于是一天一夜，連發(fā)四道詔書?；笢厣鲜枵f：“圣上身體不和，已經(jīng)有多日了，我得知以后誠惶誠恐，無所寄托衷情。生死盛衰是人生常理，提前防備才不會產(chǎn)生遺害，因此，漢高祖臥床后，呂后便前去探問誰可作相，孝武帝病重，霍光便去詢問誰可繼位。不顧傷心嗚咽去詢問身后大事，這是不顧小節(jié)、心存大局的表現(xiàn)?，F(xiàn)在皇子幼稚，可是朝賢們賞識贊嘆的只是謝安、王坦之，他們的才識智能也都為圣上賞識。內(nèi)輔幼君，外御強(qiáng)寇，這是當(dāng)前面臨的嚴(yán)峻的問題，也是群臣所憂懼的，然而事情也只能這樣。陛下應(yīng)該明確授意，讓群臣知道自己寄望何人，這樣，謝安等人就會奉命竭力效忠，于公于私都有好處，至于老臣桓溫，身兼大將軍和宰相，更蒙受圣上垂恩，但老邁疾病，怕也不會長久，值不得您托以重任?！笔璞磉€未等到奏上，簡文帝便駕崩了，遺詔把家事、國事一并轉(zhuǎn)托給桓溫，依諸葛武侯、王丞相輔佐幼主的舊制。桓溫起初希望簡文帝臨終把帝位禪讓給自己，不日就能像周公旦一樣臨朝攝政。事情不符合他的愿望，因此很是怨憤，給兄弟桓沖寫信說：“遺詔只不過讓我依武侯、王公輔佐幼主的舊例罷了。王、謝二家身居要位，每天讓人憤憤難平?！?br />
到孝武帝繼位時(shí)，下詔說：“先帝敕命說，‘侍大將軍如侍吾’，在下命令答表時(shí)，用語要恭敬。”又詔令說：“大司馬是社稷的希望所在，先帝把家事、國事托付給他，以后內(nèi)外大事就由桓公決斷。”又派謝安征召桓溫入朝輔國，加賜前部羽葆鼓吹，帶劍武士六十人，桓溫執(zhí)意不受。等到桓溫入朝拜祭先帝陵時(shí)，又下詔說：“桓公功高望重，教誨保護(hù)朕身，因身染風(fēng)寒疾病，在陵墓不必行敬拜之禮?！庇置钌袝x安等人在新亭迎接，朝中百官在大道兩側(cè)拜迎。當(dāng)時(shí)已享有聲望的人都恐懼失色，有人說桓溫要乘此機(jī)會殺王、謝二家，因此朝廷內(nèi)外恐懼?；笢氐胶?，帶著盧悚入宮，把尚書陸始逮捕后交給廷尉，責(zé)罰他怠慢的罪過。于是，去拜祭高平陵，左右親信發(fā)覺他神色異常，上車之后，他對隨從說：“先帝剛才顯靈了?！眳s不說先帝說過什么，所以眾人無人知道究竟，只見到他將要拜揖時(shí)連說“臣不敢”而已。又向左右問起殷涓的形狀，回答的人說身體肥短，桓溫說：“剛才也看見他在先帝身邊?！逼鸪酰蠛票换笢貜U除而死，殷涓很有骨氣節(jié)操，再不拜訪攀附桓溫，卻同武陵王司馬..交游，因此引起了桓溫疑心而被殺，但桓溫始終不認(rèn)識其人。至此，也見殷涓變成鬼祟，一驚而病?？偣苍诰┩Ａ羰奶?，然后回到姑孰，隨之臥病不起。暗示朝廷給自己加九錫，并多次催促。謝安、王坦之聽說他病加重了，便秘密拖延這事。九錫詔書還未寫成，人已死去，終年六十二歲?；侍蠛突实塾H臨朝堂三天，下詔賜九命兗冕之服，又賜一套朝服，衣一襲，還有：東園秘器，錢二百萬，布二千匹，蠟五百斤，以供喪事之用。等到下葬時(shí)，又以太宰安平獻(xiàn)王司馬孚、漢大將軍霍光當(dāng)年的舊制，賜九旒鸞輅，黃屋左毒縣，鍂車京車，挽歌二部，羽葆鼓吹，帶劍武士百人，又在前郡公封邑的基礎(chǔ)上增封七千五百戶，土地方圓三百里，賜錢五千萬，絹兩萬匹，布十萬匹，并追贈丞相。
起初，桓沖詢問桓溫拿謝安、王坦之怎么辦，桓溫說：“你們處理不了他們。”桓溫知道自己在時(shí)他們不敢亂來，殺害他們又于桓沖等人無益，同時(shí)更失民望，所以停止了謀害謝、王的事。
桓溫有六個(gè)兒子：桓熙、桓濟(jì)、桓歆、桓..、桓偉、桓玄。桓熙字伯道，初為世子，后來因?yàn)椴拍艿拖拢阕屖甯富笡_領(lǐng)導(dǎo)眾人。等到桓溫病重，桓熙與叔父桓礻必陰謀殺死桓沖，桓沖知道后，將他們遷徙到長沙?；笣?jì)字仲道，與桓熙是同黨，一起遷往長沙?；胳ё质宓?，賜爵臨賀公?；?.最愚蠢，分不清小麥、大豆?；競プ钟椎?，平厚篤實(shí)，居守藩鎮(zhèn)時(shí)深受人民愛戴懷念。多次持節(jié)出使，督秦、益、荊、寧、梁五州諸軍事，安西將軍，領(lǐng)南蠻校尉、荊州刺史、西昌侯，贈驃騎將軍、開府儀同三司?；感^承了桓溫的爵位，另外有傳。
桓溫為人豪邁爽朗，有雄風(fēng)高節(jié)，姿貌奇?zhèn)?，臉上有七顆星印。年少時(shí)同沛國劉忄炎友善，劉忄炎曾稱贊他說：“桓溫眼睛像紫石棱，須發(fā)如刺猬毛，是僅次于孫仲謀、晉宣王一類的人物?！北贿x為南康長公主的夫婿，拜為附馬都尉，襲萬寧男爵位，授瑯王牙太守，屢遷至徐州刺史。
桓溫同庾翼友善，經(jīng)常在一起相約要安定天下，匡國濟(jì)民。庾翼曾經(jīng)對晉明帝推薦說：“桓溫從小就有雄才大略，希望陛下不要把他當(dāng)作平常人看待，也不要當(dāng)作平常的女婿，應(yīng)當(dāng)像周宣王對方叔、召伯那樣，委以復(fù)興重任，讓他弘揚(yáng)大道、匡濟(jì)時(shí)局，完成艱難事業(yè)。”庾翼死后，明帝便提拔桓溫為都督荊梁四州諸軍事、安西將軍、荊州刺史、領(lǐng)護(hù)南蠻校尉、假節(jié)。
當(dāng)時(shí)蜀主李勢已經(jīng)衰微，桓溫立志滅蜀建立功勛。永和二年(346)，率軍西征。當(dāng)時(shí)康獻(xiàn)太后臨朝聽政，桓溫準(zhǔn)備完畢后，呈上奏疏就出發(fā)了。朝廷因?yàn)槭竦仉U(xiǎn)遠(yuǎn)，而桓溫的兵馬又少，加之深入敵境，都很擔(dān)憂。從前，諸葛亮在魚腹平沙上造有八陣圖，把石頭壘成八行，每行之間距離二丈?；笢乜匆姾?，說：“這是常山蛇的形狀?！避娭形奈浒俟偃颊J(rèn)不出來。等到大軍駐扎彭模后，便命參軍周楚、孫盛守輜重，自己帶領(lǐng)步兵直逼成都。李勢派叔父李福和從兄李權(quán)等進(jìn)攻彭模，周楚等人抵御他們，李福敗退逃走。桓溫再次進(jìn)攻李權(quán)，三戰(zhàn)三捷，賊眾潰散，從小路逃回成都。李勢于是全軍出動同桓溫在笮橋決戰(zhàn)，參軍龔護(hù)戰(zhàn)死，軍心恐懼，打算后退，可是鼓吏卻把撤退鼓敲成了進(jìn)攻鼓，于是又進(jìn)攻，李勢全軍大敗。桓溫乘勝追擊，火燒了小城，李勢連夜后退九十里，到了晉壽葭萌城。李勢的部將鄧嵩、昝堅(jiān)勸他投降，于是李勢就雙手反綁，抬著棺材前來投降請罪?；笢卦谑竦赝Ａ粢辉?，推舉賢才，獎勵(lì)善行，偽尚書仆射王誓、中書監(jiān)王瑜、鎮(zhèn)東將軍鄧定、散騎常侍常琚等，都是蜀地的良才，一起任命他們?yōu)閰④?，百姓都心悅誠服。大軍還未撤回，王誓、鄧定、隗文等又反叛，桓溫又討伐平定了他們。整軍旅回到江陵，晉升為征西大將軍、開府，封為臨賀郡公。
石季龍死后，桓溫想率軍北征，首先上書提請朝廷討論水路、陸路誰更宜適，很久沒有回音?；笢禺?dāng)時(shí)已知道朝廷倚仗著殷浩等人與自己抗衡，他很氣憤，但素來又與殷浩相知，所以并不害怕他們。因?yàn)閲覜]有其他禍亂，他們之間才僵持了一年多，雖然有君臣之禮，實(shí)際上也只不過是相互敷衍羈絆而已，八州士眾財(cái)物賦稅，幾乎不為朝廷所用。桓溫申明要北伐，上表剛奏朝廷，大軍就出發(fā)了。順流而下，進(jìn)到武昌，軍隊(duì)有四、五萬之多。殷浩擔(dān)心被桓溫廢除，準(zhǔn)備謀劃回避，卻又想打著騶虞幡讓桓溫停止進(jìn)軍。一時(shí)間朝廷內(nèi)外議論紛紛，人情震驚。簡文帝當(dāng)時(shí)做撫軍，寫信給桓溫申明社稷大計(jì)，解釋互相懷疑的原因，桓溫當(dāng)即回軍還鎮(zhèn)，向皇帝上疏說：
“我近期親自率領(lǐng)所統(tǒng)轄的部隊(duì)，想北上掃平趙魏，軍隊(duì)到達(dá)武昌，得到了撫軍大將軍、會稽王司馬昱的書信，說是目前社會上是非紛紜，疑惑叢生，信中談到形勢危急，令人憂及社稷的安危。靜心思索，讓人驚愕不已，不解懷疑產(chǎn)生的原因。孤獨(dú)無助，如沉深淵。我以魯鈍之材，肩負(fù)重任，雖然無與此相稱的才能，但職責(zé)是平定禍亂。如今，國恥未雪，寇仇未滅，幸好遇上開明泰世，敵人又有機(jī)可乘，就是有志匹夫，尚且心懷憤慨，我又如何忍心而坐觀國家的禍敗呢！所以，揮戈奔馳，不敢安歇，先后上表陳情，到今天已一年多了。坦蕩忠誠，公私可察，哪里又有絲毫差錯(cuò)，竟招來如此猜忌？這不正是奸佞之徒心懷恐懼、搬弄是非、惑亂朝政的伎倆嗎？
“從前樂毅竭誠事燕，結(jié)果垂涕出奔；霍光盡忠于漢，結(jié)果受上官桀的誣告。諂言詆毀高行，奸邪敗壞美德，這是歷代關(guān)系社稷存亡的禍患。如今天子年輕，太后陛下以圣明賢淑之德，謙恭任賢，將國家大事托付給群臣，朝中群賢畢集，德信布于遠(yuǎn)方。再說，我家世代蒙受殊恩，服侍三朝，既不是來自異邦的客卿，又不像韓信、彭越有稱王裂土的野心，可是，離間讒毀我們的流言卻流布人口，傳遍四方，這就是古代圣賢蒙冤悲嘆于從前、而我也憂懼于眼前的原因。如今寇賊冰消云散，大事接近完成，晉朝的北方遺民正鵠立南望，效忠王室的人都慷慨奔赴道路，元兇的末日近在旦夕，而一些人橫加指責(zé)，無中生有，羅織罪名，使行將滅亡的賊寇得以蘇生喘息，這是最讓人痛心疾首、悲傷感嘆的。我雖然心中所想的只有公眾，所盡忠的是國家，可是外敵還未消滅，內(nèi)弊卻接連產(chǎn)生，這便是我原本想致力國家、有所抱負(fù)的真正原因。”
朝廷升遷他做太尉，執(zhí)意推讓不受。
當(dāng)時(shí)殷浩到洛陽修復(fù)皇室陵園，時(shí)過數(shù)年，屢戰(zhàn)屢敗，器械都耗費(fèi)殆盡?；笢赜诌M(jìn)督司州，借著朝野怨情，奏請廢除殷浩。從此，內(nèi)外大權(quán)集于桓溫一身?；笢赜谑墙y(tǒng)領(lǐng)步兵騎兵四萬，從江陵出發(fā)，水軍從襄陽進(jìn)入均口，到南鄉(xiāng)，步行到淅川，再向關(guān)中征討，命令梁州刺史司馬勛從子午道出兵。另一支軍隊(duì)進(jìn)攻上洛，俘獲了苻健、荊州刺史郭敬，又攻破了青泥。苻健派兒子苻生、兄弟苻雄率屬下數(shù)萬人，屯兵..柳、愁思土追抵抗桓溫，不久就發(fā)生大戰(zhàn)，苻生親自沖鋒陷陣，殺死桓溫部將應(yīng)誕、劉泓，士卒死傷數(shù)千?；笢剀妸^力作戰(zhàn)，苻生軍才潰敗。苻雄又同將軍桓沖在白鹿原交戰(zhàn)，又被桓沖打敗。苻雄于是奔襲司馬勛，司馬勛退駐女媧堡。桓溫進(jìn)軍到霸上，苻雄率五千人挖深溝自衛(wèi)。當(dāng)?shù)鼐用穸及簿尤绯２煌Ｗ鳂I(yè)，拿著牛肉和酒在大路上迎接桓溫的十有八九，年邁的老人感動得流著熱淚說：“沒料到今日又見到了官軍！”起初，桓溫想依靠麥子成熟，取來作為軍糧，可苻健割除麥苗，實(shí)行清野，軍糧沒有著落，便帶著三千多名百姓撤回。明帝派侍中黃門在襄陽慰勞了大軍。
起初，桓溫以為自己的雄姿氣概和宣帝、劉琨屬于一類，有人拿他同王敦相比，他很是憤憤不平。等到這次北征回來，在北方尋到了一個(gè)手腳靈巧的老婢女，走訪她，說是劉琨的婢女，一見到桓溫，便潸然流淚。桓溫問她緣故，回答說：“主公很像劉司空?！被笢卮笙?。到外面整理衣冠后，又叫來老婢女問，老婢女說：“臉很像，可惜太??；眼睛很像，可惜太??；胡須很像，可惜太紅；形體很像，可惜太短；聲音很像，可惜太柔弱?！被笢赜谑侨∶苯鈳Вㄈ换杷?，不高興了好幾天。
母親孔氏死了，他上疏請求解除官職，想到宛陵送葬，詔令不準(zhǔn)。朝廷贈他母親為臨賀太夫人印綬，謚號敬，并派侍中吊祭，讓謁者監(jiān)護(hù)喪事，不到一月時(shí)間，使者到達(dá)八次，華麗的官車在路上前后相望?；笢卦崃T母親后開始視事，想修復(fù)園陵，移都到洛陽，奏表上了十余次，朝廷不許。晉升桓溫為征討大將軍，都督司、冀二州諸軍事，專門負(fù)責(zé)征討事宜。
桓溫派督護(hù)高武占據(jù)魯陽，輔國將軍戴施屯兵黃河上，率領(lǐng)水軍逼近洛陽許昌，認(rèn)為譙梁水道已通，請徐、豫二州兵馬順著淮水、泗水進(jìn)入黃河?；笢貜慕瓯狈?，行經(jīng)金城，看見自己年輕時(shí)栽種的柳樹都已十圍了，感嘆地說：“樹尚且如此，人哪能不老！”手握枝條，淚流滿面。于是渡過淮河、泗水，踏入北方境內(nèi)。同諸僚屬登上平乘樓，放眼遠(yuǎn)眺中原，感慨地說：“致使神州淪陷，百年間變成廢墟，王夷甫等人不能不負(fù)責(zé)任！”袁宏說：“天運(yùn)有興有廢，哪里就是諸人的過失！”桓溫變色動容對四座說：“聽說劉景升有條千斤重的大牛，咀嚼豆子多于常牛十倍，可負(fù)重行遠(yuǎn)，卻不如一條瘦牛，魏武帝進(jìn)入荊州后，把它殺了犒勞軍士。”話的意思是以大牛比況袁宏的，座中諸人聽了都大驚失色。大軍駐扎伊水，姚襄在伊水北屯兵，據(jù)水而戰(zhàn)?；笢刈屲婈?duì)結(jié)隊(duì)向前，親自披甲，督促其弟桓沖和諸將奮勇進(jìn)擊，姚襄大敗，自相殘殺，死者數(shù)千人，越過北芒向西逃走，沒被追上，這才得以逃奔到平陽?；笢卮筌婑v扎在過去的太極殿前，不久又轉(zhuǎn)移到金墉城，并拜祭了諸先帝陵墓，修復(fù)了被毀壞的陵墓，同時(shí)設(shè)置了陵園令。隨即班師回朝，帶著降賊周城，并把歸附的三千戶人家安置在長江漢水之間。派遣西陽太守黃..從黃城出擊，討伐蠻賊文廬等部，又派遣江夏相劉岵、義陽太守胡驥討伐妖賊李弘，都大獲全勝，把敵賊的首級傳到了京都?；笢鼗貛熤?，司、豫、青、兗各州又陷入敵手。升平年間(357～362)，改封為南郡公，降臨賀郡公為縣公，把臨賀郡公封給次子桓濟(jì)。
隆和初年(362)，敵寇進(jìn)逼河南，太守戴施出奔，冠軍將軍陳..告急，桓溫派竟陵太守鄧遐率三千人援助陳..，并想還都洛陽，向皇帝上疏請求(疏文略)，朝廷詔令說：“從前的喪亂，恍惚間已經(jīng)歷了六十余年，如今戎狄蠻族繼續(xù)肆意施暴，眷戀西望，滿懷悲嘆！得知你想親率三軍，掃蕩敵寇，收回中原，光復(fù)舊京，假若不是舍身忘我報(bào)國，誰能這樣作呢！各方面的指揮謀劃，一并托付給你了。只是北方一處荒蕪破敗，處處都得辛苦經(jīng)營，尤其在開始時(shí)，更是舉步維艱，這都是值得憂慮的?！庇谑歉氖诨笢囟级剿?、并、冀三州，因?yàn)榻恢?、廣州遼遠(yuǎn)，撤消了都督，桓溫上表推辭。朝廷又加封他侍中、大司馬、都督中外諸軍事和假黃鉞。
桓溫以已經(jīng)都督朝廷內(nèi)外，不宜遠(yuǎn)出為理由，又上疏陳請應(yīng)該立即執(zhí)行的七件事：其一，當(dāng)前朋黨興盛、私議沸騰，應(yīng)該杜絕抑制浮言讒語，鏟除它得以滋生的土壤。其二，人口稀少，趕不上漢朝的一郡，應(yīng)該并官減職，使官吏長期穩(wěn)定。其三，國家的行政機(jī)制不能停止和廢除，常務(wù)文書案件的落實(shí)，要限制時(shí)日。其四，應(yīng)該明確長幼之禮，獎勵(lì)忠實(shí)、公正的官吏。其五，褒獎懲罰，應(yīng)該和事實(shí)相稱。其六，應(yīng)該繼承遵守古制，弘揚(yáng)學(xué)業(yè)。其七，應(yīng)該選拔設(shè)置官吏，編纂。有司都一一奏報(bào)并分頭施行。不久，又加封溫桓羽葆鼓吹，并替他設(shè)置左右長史、司馬、從事中郎四人。他接受了羽葆鼓吹，其余的都推辭了。不久，又率水軍進(jìn)駐合肥。朝中又加封他揚(yáng)州牧、錄尚書事，派侍中顏旄去宣讀圣旨，召他回京參與政事。桓溫上疏陳說，以四方未定為理由，不愿回京，請求容他在外鎮(zhèn)守，積儲力量，待機(jī)北伐，成就光復(fù)大事(疏文略)。朝廷詔令不許，并再次征召他?；笢氐搅唆髹?，朝廷下詔讓尚書車灌制止他，桓溫于是駐軍赭圻，執(zhí)意推讓朝廷任職，遙領(lǐng)揚(yáng)州牧。時(shí)值鮮卑進(jìn)攻洛陽，陳..出奔，當(dāng)時(shí)簡文帝輔政，到洌州同桓溫相會，商議征討事宜，桓溫移兵鎮(zhèn)守姑孰。碰上哀帝駕崩，事情便不了了之。
桓溫生性儉樸，每頓只吃七枚干茶果而已?？墒菂s憑恃雄豪在朝廷專權(quán)，窺伺皇位，有非分之想。有一次他躺著對親信說：“這樣寂寞無為，將被文帝司馬昭、景帝司馬師所笑?！北娙硕疾桓覍Υ?。一會兒又撫著枕頭坐起來說：“既然不能流芳后世，難道就不能遺臭萬年嗎？”一次經(jīng)過王敦的墓邊，他望著墓說：“真是能干的人！真是能干的人！”他的心跡就是這樣。當(dāng)時(shí)有個(gè)遠(yuǎn)道而來的比丘尼，傳說很有道術(shù)，她在另外的房間洗澡，桓溫偷看她。只見比丘尼全身赤裸，先用刀剖腹，再砍斷雙腳。洗罷出來，桓溫向她問吉兇，比丘尼說：“主公如果作天子，也像剛看到的一樣?！?br />
太和四年(370)，又上疏請求舉國北伐。平北將軍郗忄音因?yàn)榧膊∶夤?，又派桓溫以平北將軍、徐兗二州刺史的身份，率領(lǐng)兄弟南中郎桓沖、西中郎袁真和步兵、騎兵五萬人，再次北伐。文武百官都到南州餞行，京師傾城而出。北伐大軍進(jìn)駐湖陸，進(jìn)攻并活捉了慕容日韋的部將慕容忠，再進(jìn)駐到金鄉(xiāng)。當(dāng)時(shí)天大旱，水道不通，就在鉅野開鑿三百余里的水道來通船運(yùn)輸，船程從清水通到黃河。慕容日韋的部將慕容垂、傅末波等率軍八萬抵抗桓溫，在林渚大戰(zhàn)?；笢卮驍×怂麄儯S之到達(dá)枋頭。先派袁真討伐譙、梁，并開通石門來通船運(yùn)輸。袁真討伐譙、梁都成功了，但不能開通石門，于是軍糧竭盡?；笢?zé)讲匠吠?，從東燕出倉垣，經(jīng)過陳留，途中鑿井而飲，行軍七百余里。慕容垂帶八千騎兵追擊，在襄邑大戰(zhàn)，桓溫軍被打敗，戰(zhàn)死三萬余人?；笢厣钜詾閻u，歸罪于袁真，并上表廢袁真為庶人。袁真怨恨桓溫誣陷自己，便占據(jù)壽陽以求自保，并暗地里與苻堅(jiān)、慕容日韋勾結(jié)。
簡文帝派侍中羅含在山陽拿牛肉和酒犒勞桓溫將士，派會稽王司馬昱在涂中與桓溫相會，下詔封桓溫世子給事桓熙為征虜將軍、豫州刺史、假節(jié)。南康公主死時(shí)，又下詔贈布千匹、錢百萬，桓溫推謝不受?；笢赜株愓堊尰肝跬９偃辏一肝跄晟俨灰耸顾胃甭?，朝廷下詔不許。征調(diào)揚(yáng)州人筑廣陵城，然后移鎮(zhèn)廣陵。當(dāng)時(shí)，桓溫大興徭役為時(shí)已久，加之疾疫流行，死人幾乎過半，百姓怨嘆不已。袁真病死，部將朱輔擁立他的兒子袁瑾襲位。慕容日韋、苻堅(jiān)都派軍支援袁瑾，桓溫派督護(hù)竺瑤、矯陽之等聯(lián)合水軍，一齊迎擊他們。當(dāng)時(shí)，慕容日韋的援軍已到，竺瑤等在武丘同他接戰(zhàn)，打敗了援軍。桓溫率二萬人又從廣陵到達(dá)，袁瑾環(huán)城固守，桓溫筑長圍墻實(shí)施包圍。苻堅(jiān)便派部將王鑒、張蠔等率軍來援救，屯兵在洛澗，先派出五千精銳騎兵駐軍在淝水北岸?；笢嘏尚值芑敢烈约暗茏邮扔瓝?，大敗王鑒等，袁瑾部隊(duì)也隨之崩潰?；笢鼗钭搅嗽退谧鍞?shù)十人以及朱輔，一起送往京師斬首，袁瑾所侍養(yǎng)的數(shù)百流民全被活埋，并把他的妻子兒女賞給了將士?；笢匾?yàn)橛袘?zhàn)功，詔令加班劍十人。在路旁駐地犒勞三軍，文武官員論功行賞，各有差別。
桓溫自負(fù)才力超群，早就心懷不軌，企圖先在北方立功，歸來后再受九錫之賞。不料遭受挫折，名聲實(shí)力陡然大減，于是參軍郗超進(jìn)獻(xiàn)廢立之計(jì)，桓溫便廢掉哀帝擁立簡文帝。簡文帝詔令桓溫依諸葛亮的例子，帶著百人儀仗隊(duì)入殿，賞錢五千萬、絹兩萬匹、布十萬匹?；笢卮笏翉U除、改調(diào)朝官，殺了庾倩、殷涓、曹秀等。當(dāng)時(shí)，桓溫威勢顯赫，侍中謝安見了老遠(yuǎn)就拜揖?；笢爻泽@地說：“安石，你何苦這樣？”謝安說：“從來沒有君拜于前，臣拜于后的?！碑?dāng)時(shí)桓溫生有腳疾，簡文帝詔令乘車上朝，見面之后，想陳述自己進(jìn)行廢立的本意，簡文帝淚流滿面，桓溫驚恐得沒說成一句話就出來了。
起初，元、明二帝時(shí)期，郭璞預(yù)言說：“國君不是沒有后代，而是兄弟禪位?！闭f是成帝有兒子，卻將把皇位傳給弟弟。又說：“有人姓李，兒專征戰(zhàn)。譬如車軸，脫在一面。”“兒”者，“子”也；“李”字去掉“子”便是“木”字；“車”字去軸“|”便是“亙”字，這兩個(gè)字相合就是“桓”字。又說：“爾來，爾來，河內(nèi)大縣?！薄盃杹怼闭f是自爾以來為元始之意，桓溫的字便是元子；“河內(nèi)大縣”是指“溫”。成、康二帝駕崩之后，桓姓勢力開始擴(kuò)大，所以連作兩次預(yù)言。又說：“賴子之薨，延我國祚。痛子之損，皇運(yùn)其暮?！边@里的二子，指的便是元子、司馬道子。桓溫志在篡位，大事未成就死了，這是國家的幸運(yùn)。會稽王司馬道子雖然是首先擾亂晉國，但是他的死是晉國衰亡的根由之一，所以說讓人哀痛。
桓溫又回到白石，上疏請求歸姑孰。詔令說：“天地結(jié)合，生成萬物；二人同心，便無需考慮各自的利益。古代圣王全仰仗忠臣輔佐，姬旦德布四方，周朝便因此興隆；伊尹師法皇天，商朝便得到文明教化。大司馬賢德圣明，光大深遠(yuǎn)，上合天意，才華橫溢，肩負(fù)國家重任，忠心輔助我一人，功德超過霍光，道德永存后世?，F(xiàn)在晉封你做丞相，保留原大司馬一職，請你留在京都，鎮(zhèn)守社稷?！被笢貨Q意推辭，仍然請求回歸姑孰。簡文帝又派侍中王坦之征召桓溫入朝為相，并增封邑萬戶，又被拒辭。下詔因西府經(jīng)袁真軍敗事故，軍用不足，撥給世子桓熙布三萬匹、米六萬斛，再封桓弟為給事中。
后來簡文帝病重，詔令桓溫說：“我將不久于人世，足下速來，希望能夠相見。快來，快來！”于是一天一夜，連發(fā)四道詔書?；笢厣鲜枵f：“圣上身體不和，已經(jīng)有多日了，我得知以后誠惶誠恐，無所寄托衷情。生死盛衰是人生常理，提前防備才不會產(chǎn)生遺害，因此，漢高祖臥床后，呂后便前去探問誰可作相，孝武帝病重，霍光便去詢問誰可繼位。不顧傷心嗚咽去詢問身后大事，這是不顧小節(jié)、心存大局的表現(xiàn)?，F(xiàn)在皇子幼稚，可是朝賢們賞識贊嘆的只是謝安、王坦之，他們的才識智能也都為圣上賞識。內(nèi)輔幼君，外御強(qiáng)寇，這是當(dāng)前面臨的嚴(yán)峻的問題，也是群臣所憂懼的，然而事情也只能這樣。陛下應(yīng)該明確授意，讓群臣知道自己寄望何人，這樣，謝安等人就會奉命竭力效忠，于公于私都有好處，至于老臣桓溫，身兼大將軍和宰相，更蒙受圣上垂恩，但老邁疾病，怕也不會長久，值不得您托以重任?！笔璞磉€未等到奏上，簡文帝便駕崩了，遺詔把家事、國事一并轉(zhuǎn)托給桓溫，依諸葛武侯、王丞相輔佐幼主的舊制。桓溫起初希望簡文帝臨終把帝位禪讓給自己，不日就能像周公旦一樣臨朝攝政。事情不符合他的愿望，因此很是怨憤，給兄弟桓沖寫信說：“遺詔只不過讓我依武侯、王公輔佐幼主的舊例罷了。王、謝二家身居要位，每天讓人憤憤難平?！?br />
到孝武帝繼位時(shí)，下詔說：“先帝敕命說，‘侍大將軍如侍吾’，在下命令答表時(shí)，用語要恭敬。”又詔令說：“大司馬是社稷的希望所在，先帝把家事、國事托付給他，以后內(nèi)外大事就由桓公決斷。”又派謝安征召桓溫入朝輔國，加賜前部羽葆鼓吹，帶劍武士六十人，桓溫執(zhí)意不受。等到桓溫入朝拜祭先帝陵時(shí)，又下詔說：“桓公功高望重，教誨保護(hù)朕身，因身染風(fēng)寒疾病，在陵墓不必行敬拜之禮?！庇置钌袝x安等人在新亭迎接，朝中百官在大道兩側(cè)拜迎。當(dāng)時(shí)已享有聲望的人都恐懼失色，有人說桓溫要乘此機(jī)會殺王、謝二家，因此朝廷內(nèi)外恐懼?；笢氐胶?，帶著盧悚入宮，把尚書陸始逮捕后交給廷尉，責(zé)罰他怠慢的罪過。于是，去拜祭高平陵，左右親信發(fā)覺他神色異常，上車之后，他對隨從說：“先帝剛才顯靈了?！眳s不說先帝說過什么，所以眾人無人知道究竟，只見到他將要拜揖時(shí)連說“臣不敢”而已。又向左右問起殷涓的形狀，回答的人說身體肥短，桓溫說：“剛才也看見他在先帝身邊?！逼鸪酰蠛票换笢貜U除而死，殷涓很有骨氣節(jié)操，再不拜訪攀附桓溫，卻同武陵王司馬..交游，因此引起了桓溫疑心而被殺，但桓溫始終不認(rèn)識其人。至此，也見殷涓變成鬼祟，一驚而病?？偣苍诰┩Ａ羰奶?，然后回到姑孰，隨之臥病不起。暗示朝廷給自己加九錫，并多次催促。謝安、王坦之聽說他病加重了，便秘密拖延這事。九錫詔書還未寫成，人已死去，終年六十二歲?；侍蠛突实塾H臨朝堂三天，下詔賜九命兗冕之服，又賜一套朝服，衣一襲，還有：東園秘器，錢二百萬，布二千匹，蠟五百斤，以供喪事之用。等到下葬時(shí)，又以太宰安平獻(xiàn)王司馬孚、漢大將軍霍光當(dāng)年的舊制，賜九旒鸞輅，黃屋左毒縣，鍂車京車，挽歌二部，羽葆鼓吹，帶劍武士百人，又在前郡公封邑的基礎(chǔ)上增封七千五百戶，土地方圓三百里，賜錢五千萬，絹兩萬匹，布十萬匹，并追贈丞相。
起初，桓沖詢問桓溫拿謝安、王坦之怎么辦，桓溫說：“你們處理不了他們。”桓溫知道自己在時(shí)他們不敢亂來，殺害他們又于桓沖等人無益，同時(shí)更失民望，所以停止了謀害謝、王的事。
桓溫有六個(gè)兒子：桓熙、桓濟(jì)、桓歆、桓..、桓偉、桓玄。桓熙字伯道，初為世子，后來因?yàn)椴拍艿拖拢阕屖甯富笡_領(lǐng)導(dǎo)眾人。等到桓溫病重，桓熙與叔父桓礻必陰謀殺死桓沖，桓沖知道后，將他們遷徙到長沙?；笣?jì)字仲道，與桓熙是同黨，一起遷往長沙?；胳ё质宓?，賜爵臨賀公?；?.最愚蠢，分不清小麥、大豆?；競プ钟椎?，平厚篤實(shí)，居守藩鎮(zhèn)時(shí)深受人民愛戴懷念。多次持節(jié)出使，督秦、益、荊、寧、梁五州諸軍事，安西將軍，領(lǐng)南蠻校尉、荊州刺史、西昌侯，贈驃騎將軍、開府儀同三司?；感^承了桓溫的爵位，另外有傳。
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