桓玄字敬道，又名靈寶，是大司馬桓溫的庶子。他的母親馬氏曾經(jīng)與同輩人夜坐，在月光下看見一顆流星墜落進(jìn)銅盆的水中，突然又像二寸大小的火珠，晶瑩明亮，于是便爭(zhēng)著上前去用瓢舀起，馬氏撈著了并吞進(jìn)肚中，像是有感應(yīng)，不久便懷孕了。等到生產(chǎn)桓玄時(shí)，室中有光芒照射，占卜的人認(rèn)為他是奇人，所以便取名叫靈寶。他的奶媽每次把他抱到桓溫面前，常常要替換相抱才能到達(dá)。奶媽說他的重量有一般兒童的兩倍?；笢胤浅Ｆ髦厮圩o(hù)他。臨終時(shí)，任命他為繼承人，襲領(lǐng)南郡公的爵位。
桓玄七歲時(shí)，服桓溫喪已終，府中文武臣僚向他叔父告辭，叔父桓沖撫摸著桓玄的頭說：“都是你家從前的長(zhǎng)吏?！被感虼藴I流滿面，大家見了很驚奇。等他長(zhǎng)大成人，形貌瑰奇，風(fēng)神疏朗，博通各種技藝，善于作文。經(jīng)常自負(fù)其才，以英雄豪杰自居。眾人都敬畏他，朝廷也因?yàn)橐杉啥鴽]用他。二十三歲時(shí)，才拜為太子洗馬，當(dāng)時(shí)朝中有人議論桓溫曾有叛逆之心，因此朝廷又貶抑桓玄兄弟只做一般的官。
太元末年(396)，桓玄出京都補(bǔ)任義興太守的空缺，心中頗郁郁不得志。曾經(jīng)登高遙望震澤，嘆息說：“父作九州伯，兒做五湖長(zhǎng)?！庇谑潜銞壒倩氐椒鈬?guó)。他以為自己是元?jiǎng)组T第，不應(yīng)該在世間受到誹謗，于是便上疏說：
“我聽說周公是大圣，可是天下到處都有關(guān)于他的流言。樂毅輔佐燕國(guó)有功，卻被騎劫詆毀，因此，《詩(shī)·小雅·巷伯》中才有‘取彼譖人，投畀豺虎’的慨嘆，蘇公也才會(huì)感嘆飄風(fēng)之刺。厭惡剛烈，丑化正直，哪一代沒有這類人呢？先父蒙受主上的殊恩，并和皇室聯(lián)姻，常念以身報(bào)國(guó)，尋找機(jī)會(huì)捐軀赴難。西方平定巴蜀，北邊肅清伊洛，使竊號(hào)偽稱的逆臣被捕而獻(xiàn)于北闕，并使皇帝園陵得以修復(fù)，以雪國(guó)家大恥，飲馬灞氵產(chǎn)之濱，在趙魏之地插上朝廷的旗幟，保國(guó)勤王，屢建功勛。太和末年(370)，皇權(quán)有被篡轉(zhuǎn)移的危難，這才順天應(yīng)人，暫時(shí)主持朝政，是非已經(jīng)弄清，兇賊全部鏟除。假使沒有這個(gè)功績(jī)，鏟除頑兇之事不成，那么，今天的宗廟社稷又從何談起呢？從前，商朝太甲雖然迷惑，但伊尹輔政，使商朝基業(yè)得以保存；昌邑王劉賀雖然淫亂，可并未危及漢室的穩(wěn)固。就此而論，晉室的危機(jī)比商、漢更嚴(yán)重，而先父的功績(jī)遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過伊尹、霍光?？墒牵雀敢酝?fù)國(guó)家重任而在清平之世蒙受誹謗。聽說圣世明君獎(jiǎng)懲分明，升降有道，卻沒有聽說過圣世明君會(huì)忽視赫赫大功，甚至傷害安眠于九泉之下的功臣亡靈，而給誹謗之人開道，讓奸邪小人得意一時(shí)。先父勤王護(hù)國(guó)的艱勞，匡復(fù)攻戰(zhàn)的功勛，朝廷如果真的遺忘了，我也不會(huì)計(jì)較什么。只是請(qǐng)主上略微想想，先帝登至尊之位，陛下又在南面繼位，此局面是從何而來，又是誰的功德？我桓姓一門豈只使晉室永安、永久享國(guó)？對(duì)朝廷和陛下一家來說，實(shí)在是立有奇功。
“近來權(quán)門勢(shì)力日增，弊政越來越多。都宣稱符合上面的旨意，互相煽動(dòng)糾合，以為我和我的兄弟都是晉朝的罪人，這樣，我們還有什么理由可以茍活在世上呢？又有什么臉面可以尸位素餐、白白地享用俸祿呢？若陛下忘記我們先人的大造之功，相信小人的無端邪說，我們就只有奉還各項(xiàng)封賜，受戮市朝，然后追隨先父于黃泉，到玄宮歸附先帝這一條路可走了。若陛下還遵守先帝的遺旨，追念先父的舊勛，那么，我們就懇請(qǐng)圣上對(duì)我們兄弟稍加垂憐關(guān)護(hù)。”
奏疏呈報(bào)上去，一直沒有批復(fù)。
桓玄在荊楚多年，優(yōu)游無事，荊州刺史殷仲堪很敬畏他。等中書令王國(guó)寶掌權(quán)時(shí)，謀求削弱地方政權(quán)勢(shì)力，使得朝廷內(nèi)外騷動(dòng)，桓玄知道王恭有憂國(guó)之心，私下里便也有意于建立功業(yè)，便勸說殷仲堪說：“王國(guó)寶與各位素來是對(duì)頭，他所擔(dān)心的恐怕只是不能快速加害各位。如今，他大權(quán)在握，同王緒互為表里，他所要升遷撤換何人，沒有不如愿的。王恭處于國(guó)舅的地位，正為朝野所器重，王國(guó)寶必定不便先動(dòng)他，最可能的就是拿您開刀。你是先帝所提拔的，超拔為一方之長(zhǎng)，在世人的心目中，總以為不甚妥當(dāng)，都說您雖有思想智慧，但不是鎮(zhèn)守一方的合適人選。如果朝廷發(fā)詔書征召您作中書令，而派殷豈頁做荊州刺史，您又將怎么辦呢？”殷仲堪說：“我已憂慮很久了，您說對(duì)此該如何對(duì)待？”桓玄說：“王國(guó)寶奸詐兇頑，天下共知。王恭痛恨厭惡他的感情日日累積，步步加深，根據(jù)今天的情勢(shì)推論，可能已超過任何人。您若秘密派遣一人，寫信去勸說聯(lián)合王恭，讓他調(diào)動(dòng)晉陽大軍，來匡扶朝廷，而您則親自率領(lǐng)荊州軍隊(duì)順流而下，推舉王恭為盟主，我們大家也都將奮發(fā)而起，沒有人不響應(yīng)的。這事如果成功，便如同當(dāng)初齊桓公、晉文公開創(chuàng)的功業(yè)一樣偉大。”殷仲堪猶豫不決。不久，王恭的信便到了，招會(huì)殷仲堪和桓玄一同匡扶朝廷。王國(guó)寶死后，討伐之兵也就罷了?；感?qǐng)求作廣州刺史，會(huì)稽王司馬道子也害怕他，不想讓他留在荊楚，所以順合了他的心愿。
隆安初年(397)，朝廷下詔任命桓玄督轄廣、交二州，并任建威將軍、平越中郎將、廣州刺史、假節(jié)，桓玄受命之后未動(dòng)身前往。當(dāng)年，王恭又與庾楷起兵討伐江州刺史王愉和譙王司馬尚之兄弟?；感⒁笾倏耙詾橥豕Т藨?zhàn)必勝，一時(shí)便起兵響應(yīng)。殷仲堪分五千人給桓玄，與楊亻全期一起同為先鋒。到達(dá)湓口，王愉便奔逃到臨川，桓玄派偏將捕俘了他?；感钬槿诘竭_(dá)石頭城，殷仲堪到了蕪湖。王恭的部將劉牢之背叛王恭歸順了朝廷。王恭死后，庾楷戰(zhàn)敗了，也投奔了桓玄的軍隊(duì)。不久，朝廷下詔，任命桓玄為江州刺史，殷仲堪等人都被撤換改任他處。于是便各自掉轉(zhuǎn)船頭，向西駐軍在當(dāng)陽，互相結(jié)約，共推桓玄為盟主?；感傄坏弥荆吐?lián)名上疏為王恭申訴，請(qǐng)求誅殺司馬尚之和劉牢之等人。朝廷也畏懼桓玄，便免掉了桓修，并讓殷仲堪復(fù)職來相和解。
起初，桓玄在荊州豪縱一方，士庶害怕他，超過了害怕州牧。殷仲堪的親朋黨羽勸殷仲堪殺了他，殷仲堪沒有聽從。等回到當(dāng)陽，桓玄憑著自己的聲望，所以被推為盟主，于是也就愈發(fā)驕縱矜持。楊亻全期為人驕悍，常常自以為是豪門之后，江東無人可比，可桓玄每每把他放到寒士一類去品鑒，因此楊亻全期很遺憾，就想在祭壇附近襲擊桓玄。殷仲堪討厭楊亻全期兄弟的驍勇，擔(dān)心他們打敗了桓玄之后危害自己，便苦苦勸阻楊亻全期。于是便各自奉詔令退還鎮(zhèn)守地。桓玄也知道楊亻全期有異心，暗生吞并楊亻全期的計(jì)劃，于是便駐軍夏口。
隆安年間(397～401)，朝廷詔令桓玄都督荊州四郡，讓其兄桓?jìng)プ鲚o國(guó)將軍、南蠻校尉。殷仲堪憂慮桓玄驕橫跋扈，于是便與楊亻全期結(jié)為婚姻，互相為援。起初，桓玄和殷仲堪、楊亻全期有矛盾，經(jīng)常擔(dān)心受到突然襲擊，便請(qǐng)求朝廷擴(kuò)大自己的轄區(qū)。朝廷也想加劇他們的矛盾，所以把楊亻全期轄治的四郡分給桓玄，楊亻全期非常氣憤。正好碰上姚興侵?jǐn)_洛陽，楊亻全期便打起旗號(hào)，聲明援助洛陽，暗地里卻與殷仲堪聯(lián)兵，襲擊桓玄。殷仲堪雖表面上與楊亻全期聯(lián)合，但內(nèi)心卻充滿疑惑，于是，便拒絕聯(lián)兵，并且還考慮到不能阻止楊亻全期。楊亻全期既不能單獨(dú)成事，又不知殷仲堪的本意，于是罷兵。南蠻校尉楊廣，是楊亻全期的兄長(zhǎng)，他想抵抗桓?jìng)?，殷仲堪不許，卻讓楊廣出任宜都建、平二郡太守，并加封征虜將軍。楊亻全期的弟弟楊孜敬起先做江夏相，桓玄派兵襲擊之后征召他。到了軍營(yíng)之后，任命楊孜敬做諮議參軍。桓玄于是興兵西征，也聲言救援洛陽，并寫信給殷仲堪說：楊亻全期蒙受國(guó)恩，卻拋棄衛(wèi)護(hù)祖陵的責(zé)任，應(yīng)該共同去誅討懲罰。如今自己親率大軍，直逼金墉，讓殷仲堪收捕楊廣，如果不這樣作，便無法互相信任。殷仲堪本想求得兩全，收到桓玄的信后，料知?jiǎng)菰陔y免，便說：“請(qǐng)你從沔水行軍，不能有一人經(jīng)過我所駐扎的江段?！被感o計(jì)可圖，便息兵了。
后來荊州發(fā)生大水災(zāi)，殷仲堪開倉(cāng)賑濟(jì)饑民，使得府庫(kù)空虛?；感颂撚懛ニ紫扰杀u擊巴陵。梁州刺史郭銓正要赴任，路經(jīng)夏口，桓玄聲言朝廷派郭銓做自己的先鋒，便將江夏軍隊(duì)授權(quán)交他指揮，派他督促各軍齊頭并進(jìn)，同時(shí)報(bào)密信給他兄長(zhǎng)桓?jìng)?，讓他做?nèi)應(yīng)?；?jìng)セ袒滩恢耄銓⑿庞H自送給殷仲堪看。殷仲堪便逮捕桓?jìng)?，讓他作為人質(zhì)，并命他寫信給桓玄，信中言語甚是凄苦。桓玄說：“殷仲堪為人不能專斷果決，常常為成敗反復(fù)計(jì)議，又為他兒子考慮，我的兄長(zhǎng)必定會(huì)沒有危險(xiǎn)?！?br />
桓玄大軍進(jìn)到巴陵，殷仲堪派部隊(duì)來抵抗，被桓玄打敗?；感智斑M(jìn)到楊口，又打敗了殷仲堪的弟弟殷道護(hù)，再乘勝攻到零口，距離江陵只有二十里，殷仲堪派出數(shù)支軍隊(duì)來抵抗，楊亻全期從襄陽赴援，同他兄長(zhǎng)楊廣一道進(jìn)擊桓玄，桓玄畏懼他們的銳勢(shì)，退軍到馬頭。楊亻全期等追擊桓玄苦戰(zhàn)，被桓玄打敗，逃回襄陽，殷仲堪逃到贊阝城，桓玄派將軍馮該追擊楊亻全期，捕捉了他。楊廣也被人綁縛，送交桓玄，同楊亻全期一起被殺了。殷仲堪聽說楊亻全期已死，便帶領(lǐng)數(shù)百人投奔姚興處，到達(dá)冠軍城時(shí)，卻被馮該捕獲，桓玄命令斬殺他。
從此，桓玄便平定了荊、雍二州，于是就上表朝廷，請(qǐng)求擔(dān)任江、荊二州刺史。朝廷則下詔讓桓玄為都督，荊、司、雍、秦、梁、益、寧七州都督后將軍、荊州刺史、假節(jié)，封桓修為江州刺史。桓玄上疏，執(zhí)意爭(zhēng)做江州刺史，于是又增加為八州，外加揚(yáng)州、豫州八郡，又領(lǐng)江州刺史?；感肿嗾?qǐng)命桓?jìng)楣谲妼④?、雍州刺史。?dāng)時(shí)賊寇未平，朝廷難違他的意志，便答應(yīng)下來?；感拇吮闩囵B(yǎng)心腹，兵馬日盛，屢次上疏請(qǐng)求討伐孫恩，朝廷降詔不許。后來，孫恩威逼京都，桓玄乘機(jī)豎起將旗，召集部眾，對(duì)外托口勤王，實(shí)際上卻是妄圖乘機(jī)進(jìn)軍京師，所以又上書請(qǐng)求討伐孫恩。碰上孫恩已逃走，桓玄又只得奉詔解散集結(jié)的大軍。他又派桓?jìng)プ鼋荽淌?，?zhèn)守夏口；司馬刁暢為輔國(guó)將軍，督轄八郡，鎮(zhèn)守襄陽；派遣桓振、皇甫敷、馮該等人防守湓口。把沮漳兩地二千戶蠻民遷徙到江南，并設(shè)立武寧郡，又召集流亡的百姓，設(shè)立綏安郡，同時(shí)設(shè)置了各郡的郡丞。朝廷詔令征調(diào)廣州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，桓玄都強(qiáng)留而不派遣。認(rèn)為天下三分，自己擁有二分，料想也是天運(yùn)所致，所以屢次上報(bào)吉祥物來顯示自己的瑞兆。
起初，庾楷投歸到桓玄處，桓玄討伐孫恩時(shí)，派他做右將軍?；感T兵之后，庾楷也解除了任職。庾楷以為桓玄正在與朝廷結(jié)怨，恐怕事情不成功，必將株連自己，于是，便暗中與后將軍司馬元顯聯(lián)絡(luò)，答應(yīng)做為司馬元顯的內(nèi)應(yīng)。元興初年(402)，司馬元顯自稱奉詔討伐桓玄，桓玄從弟桓石生當(dāng)時(shí)正做太傅長(zhǎng)史，便秘密報(bào)告桓玄。桓玄原本以為揚(yáng)州遍地饑荒，加之孫恩未被消滅，朝廷一定沒有精力討伐自己，自己可以乘機(jī)積蓄力量，聚集人眾，靜觀時(shí)變。一聽說司馬元顯將討伐自己，非常擔(dān)憂恐懼，只想保住江陵。長(zhǎng)史卞范之勸桓玄說：“主公英明威猛揚(yáng)名天下，而司馬元顯口中乳臭未干，劉牢之又沒有威望，如果我們大軍逼近京都，并示以威賞，那么，京都土崩瓦解之勢(shì)可翹首立待，哪里有讓敵人深入境內(nèi)自取削弱的道理呢？”桓玄大喜，便派兄長(zhǎng)桓?jìng)ユ?zhèn)守江陵，上表嚴(yán)辭指斥司馬元顯，自己親率大軍，沿江而下，直到當(dāng)陽，轉(zhuǎn)交檄文，歷訴司馬元顯罪狀。檄文傳到京師，司馬元顯恐懼異常，親自下到戰(zhàn)船而不令進(jìn)軍?；感仁诵?，又是興師犯上，擔(dān)憂部眾不會(huì)為他效力，便不時(shí)有回師撤軍的想法。已過當(dāng)陽，仍不見王師，桓玄和部眾頓時(shí)軍心大振。庾楷陰謀敗露，被收捕。到姑孰，桓玄派部將馮該、苻宏、皇甫敷、索元等先行進(jìn)攻譙王司馬尚之，司馬尚之軍敗。劉牢之派遣他的兒子劉敬宣投降歸附桓玄。
桓玄到新亭，司馬元顯不攻自潰。桓玄進(jìn)入京師，假傳詔命說：“天下義旗云集，罪在司馬元顯。太傅另有懲處，立即解除戒嚴(yán)，停止戰(zhàn)火，以此寬慰天下義心?！庇旨賯髟t命，加封自己為總百揆，侍中、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚(yáng)州牧，領(lǐng)徐州刺史，又加賜假黃鉞、羽葆鼓吹、班劍二十人，置左右長(zhǎng)史、司馬、從事中郎四人，帶著二百人的儀仗隊(duì)上朝?；感斜砩吓e太傅司馬道子和司馬元顯的罪惡，然后把司馬道子放逐到安成郡，在大街上殺了司馬元顯。于是，桓玄入居太傅府，殺害了太傅中郎毛泰、毛泰的弟弟游擊將軍毛邃、太傅參軍荀遜、前豫州刺史庾楷父子、吏部郎袁遵、譙王司馬尚之等，并把司馬尚之的弟弟丹楊尹司馬恢之、廣晉伯司馬允之、驃騎長(zhǎng)史王誕、太傅主簿毛遁等流放到交州、廣州各郡，不久，在路上追殺了司馬恢之和司馬允之。讓兄長(zhǎng)桓?jìng)プ霭参鲗④?、荊州刺史、領(lǐng)南蠻校尉，堂兄桓謙為左仆射、加中軍將軍、領(lǐng)選，堂兄桓修為右將軍、徐兗二州刺史，長(zhǎng)史卞范之為建武將軍、丹楊尹，王謐為中書令、領(lǐng)軍將軍。大赦天下，改元為大亨。桓玄讓出丞相一職，自封為太尉、領(lǐng)平西將軍、豫州刺史。又加賜兗冕之服，綠綬帶，增加班劍為六十人，佩劍穿履上殿，入朝不行拜見之禮，奏請(qǐng)時(shí)也不必申報(bào)姓名。
桓玄準(zhǔn)備出居姑孰，向眾人征詢意見，王謐對(duì)答說：“《公羊傳》上說，周公為什么不到魯國(guó)？是因?yàn)橐S護(hù)周朝的統(tǒng)一。希望您也能以國(guó)家太平為本，以周公的心愿為心愿。”桓玄贊賞他的對(duì)答，卻不能接受。于是便在姑孰大筑城府，樓臺(tái)山池莫不壯麗，完工以后，便出鎮(zhèn)居守在那里。到了姑孰，堅(jiān)意辭去錄尚書事，詔令準(zhǔn)許，但大政方針都還征詢他的意見，小政則讓桓謙、卞范之定奪。
自從禍亂屢興，干戈不停，百姓渴盼太平，天下思?xì)w一統(tǒng)。當(dāng)桓玄初到京師時(shí)，罷黜庸凡小人，提拔賢俊豪杰，君子之道初成規(guī)模，京師上下群情振奮。后來卻凌侮朝廷，私自撤換放逐國(guó)家重臣，豪奢縱欲，役使百姓，于是朝野失望，人不安業(yè)。當(dāng)時(shí)會(huì)稽饑荒，桓玄下令救濟(jì)。百姓流散在江湖以采木呂充饑，內(nèi)史王愉召令他們?nèi)炕剜l(xiāng)。請(qǐng)求發(fā)米，米卻不多，官吏又不及時(shí)發(fā)放，饑民餓死道路的十有八九?；感謿⒑桥d太守高素、輔國(guó)將軍竺謙之，以及竺謙之的堂兄高平相竺郎之、輔國(guó)將軍劉襲以及劉襲的弟弟彭城內(nèi)史劉季武、冠軍將軍孫無終等，這些人都是劉牢之的同黨，北府軍的舊將。劉襲的兄長(zhǎng)冀州刺史劉軌及寧朔將軍高雅之、劉牢之的兒子劉敬宣，同時(shí)投奔慕容德?；感凳境⒁云椒抉R元顯的功勞，封自己為豫章公，食安成郡方圓二百二十五里的土地，封邑七千五百戶；因?yàn)槠蕉ㄒ笾倏?、楊亻全期的功勞，又封為桂陽郡公，食土地方圓七十五里，封邑二千五百戶，原來的封地南郡不動(dòng)?；感言フ鹿姆饨o兒子桓升，把桂陽郡公賜給兄長(zhǎng)的兒子桓..，降為西道縣公。朝中又發(fā)詔為桓溫避諱，有姓名與桓溫相同的，一律改掉，賜他母親為豫章公太夫人。
元興二年(403)，桓玄假意上表請(qǐng)求平伏姚興，又暗示朝廷下詔，不許。桓玄原本缺乏資質(zhì)能力，卻好說大話，既辦不了這大事，卻說朝廷不允許。開始想作作北伐的樣子，沒有什么好安排，便讓先作輕舟，滿載衣服玩好，以及書畫等物。有人勸止他，桓玄說：“書畫玩好本來就應(yīng)該經(jīng)常帶在身邊，再說，兵荒馬亂，一旦稍有不測(cè)，便可輕便易運(yùn)?！北娙硕夹λ?。
這年(404)，桓玄的兄長(zhǎng)桓?jìng)ニ溃①n號(hào)開府、驃騎將軍等職，并讓桓修代替桓?jìng)?。從事中郎曹靖之勸諫桓玄說，桓修兄弟職居朝廷內(nèi)外，恐怕權(quán)傾天下，桓玄接納了這個(gè)意見，便讓南郡相桓石康為西中郎將、荊州刺史?；?jìng)ブ畣室蚬?，桓玄便開始作樂。開始奏樂時(shí)，桓玄撫節(jié)慟哭，一會(huì)兒之后便盡情歡樂。桓玄所親近和依仗的只有桓?jìng)?，桓?jìng)ヒ凰?，桓玄便陷入了孤危之境。可不臣的篡?quán)野心已經(jīng)暴露，自知怨?jié)M天下，便想盡快造成篡逆的現(xiàn)實(shí)，而殷仲文、卞范之之輩又共同催促他，于是先從改授群司開始。解除瑯王牙王司徒之職，遷太宰，加殊禮，以桓謙為侍中、衛(wèi)將軍、開府、錄尚書事，王謐為散騎常侍、中書監(jiān)、領(lǐng)司徒，桓胤為中書令，加封桓修為散騎常侍、撫軍大將軍。置學(xué)官，教授二品子弟數(shù)百人。又假傳詔命加封自己為相國(guó)、總百揆，封南郡、南平、宜都、天門、零陵、營(yíng)陽、桂陽、衡陽、義陽、建平十郡為楚王，先前揚(yáng)州牧領(lǐng)平西將軍、豫州刺史如故，加九錫大禮，楚國(guó)設(shè)置百官，丞相以下，全遵舊典。又暗示天子親自駕臨前殿去策授。桓玄屢次辭讓，天子詔令百官勸請(qǐng)，桓玄又說：“只有天子親降車輦才受命。”假傳詔命賜父親桓溫為楚王，南康公主為楚王后。讓平西長(zhǎng)史劉瑾為尚書，刁逵為中領(lǐng)軍，王嘏為太常，殷叔文為左衛(wèi)，皇甫敷為右衛(wèi)，眾官總共六十余人，為楚王屬官?；感馊テ轿鲗④?、豫州刺史二職，把平西將軍的文武官員充配給相國(guó)府。
新野人庾仄聽說桓玄接受了九錫之禮，便帶領(lǐng)義兵在襄陽襲擊馮該，并趕走了馮該。庾仄有士卒七千，在城南設(shè)祭壇，祭祖宗七廟。南蠻參軍庚彬，安西參軍楊道護(hù)、江安令鄧襄子謀劃聯(lián)盟作為內(nèi)應(yīng)。庾仄本來是殷仲堪的同黨，桓?jìng)偹?，而桓石康又未到，所以乘機(jī)發(fā)難，一時(shí)間江陵震動(dòng)。桓濟(jì)的兒子在羅縣起兵，自號(hào)平南將軍、汀州刺史，以討伐庾仄為名。南蠻校尉羊僧壽與桓石康共同進(jìn)攻襄陽。庾仄之眾逃散，投奔了姚興，庾彬等人都遇害，長(zhǎng)沙相陶延壽看到桓亮乘亂起兵，派人制伏了他。桓玄將桓亮遠(yuǎn)遣到衡陽，殺了同謀桓奧等人。
桓玄假意上表請(qǐng)求歸藩國(guó)，然后又自己下詔書挽留自己，派“使者”宣讀“圣旨”，桓玄又上表執(zhí)意請(qǐng)求，同時(shí)暗示天子親手作詔書堅(jiān)決挽留他?；感矚g上呈偽辭，褻瀆了簡(jiǎn)牘，都類似這些。他以為朝代更替之際應(yīng)該有吉兆出現(xiàn)，密令所在地方官上奏臨平湖突然變得清澈明朗，命眾官集賀。假傳圣詔說：“靈瑞之事我是不敢接受的，這的確是相國(guó)至上賢明，所以才有此應(yīng)驗(yàn)。太平盛世，從此開始；四方同慶，其喜無窮?！庇衷p言江州地方甘露降在王成基家的竹上?；感J(rèn)為歷代都有隱士，可偏偏此世獨(dú)無，便征皇甫謐六世孫皇甫希之為著作郎，并供給其資用，但全都讓他辭讓而不接受，號(hào)稱高士，時(shí)人叫做“充隱”。議論恢復(fù)肉刑，杜絕商賈，反復(fù)改革，改來改去，沒有定規(guī)，但條制森嚴(yán)，危害國(guó)家正常的政紀(jì)法規(guī)?；感载澅?，愛好奇珍異物，珠寶美玉從不離手。時(shí)人若有大家手筆好書好畫以及佳園美宅，都想歸于自己。如果難以威逼奪得，便以游戲賭博的方式獲取。經(jīng)常派遣屬下和左右四出，挖掘果樹，遷移美竹，不遠(yuǎn)數(shù)千里去搜尋，百姓佳果美竹沒有能保存下來的。相信吹捧諂媚自己的人，討好奉承名高的人，厭惡剛正直言的人，有時(shí)甚至把憎惡的人的東西奪來送給所喜愛的人。
十一月，桓玄假傳詔令為自己冠冕上加上十二旒，樹起天子旌旗，進(jìn)出清道戒嚴(yán)，乘坐黃金作軸的車子，六匹馬駕轅，置備五對(duì)副車和旄頭云罕的儀仗，享受帝王音樂八佾之舞，設(shè)置四面懸掛的鐘罄樂器，以妃子為王后，以長(zhǎng)子為太子，他的女兒及孫子封爵命名都以宮中舊制為準(zhǔn)。桓玄把朝臣大多貶斥為太宰的僚屬，又假傳詔令讓王謐兼職太保，領(lǐng)司徒，捧著皇帝玉璽，把皇位禪讓給自己。暗示皇帝把禪位的事在朝廟中告訴祖先，再搬出朝殿，出居永安宮，把晉朝各位神主移入瑯王牙廟。
起初，桓玄擔(dān)心皇帝不肯親手寫詔書，又擔(dān)憂玉璽不能到手，便逼臨川王司馬寶請(qǐng)皇帝親自作詔書，并乘機(jī)奪取玉璽。等司馬寶來到朝殿，玉璽早已傳出，桓玄高興之極。百官到姑孰勸請(qǐng)桓玄代帝自立，桓玄假意辭讓，朝臣執(zhí)意請(qǐng)求，桓玄這才在城郊外七里處建郊祭之壇，登壇篡位，并殺黑公牛禱告上天，百官陪列兩旁，可祭天程序不齊全，忘了高呼萬歲，也忘了改變帝諱。張榜呈文昭示皇天后土說：“晉帝賢德如同太陽運(yùn)行，敬順天意，把國(guó)家的命運(yùn)交給我桓玄，上天意愿由人代行，帝王這才得以產(chǎn)生；不是君子便不能治國(guó)，只有高德才能統(tǒng)治人民，所以，只有順合天意民心，四海才能歸于一統(tǒng)。同是圣人但不能同時(shí)為君王，而德行低賤的人們也不能一日無主，所以，五帝互代，三代相接，一直到漢魏，帝位總是歸于大功大德之人。晉朝自中葉開始，世事多變，海西之亂，國(guó)運(yùn)幾乎危亡，九代帝王開辟天下，平定四海的業(yè)績(jī)，任用賢良、斥逐奸邪的功勛，如果沒有大禹式的功臣，我們就成為胡虜之民了。太元末年(396)，世風(fēng)日下，天下大亂。隆安年間(397～401)，禍及士庶，理絕人倫?；感m然身在草澤，不為時(shí)人所重，但感于情理，又怎能無慷慨之志！奮身克敵、廓清國(guó)難的功勞，主持政務(wù)、撥亂反正的業(yè)績(jī)，都是仰賴先父遺德，我桓玄又有何功可言！正值時(shí)運(yùn)轉(zhuǎn)變之機(jī)，我上應(yīng)天地運(yùn)數(shù)，以不才之身擔(dān)當(dāng)繼承先圣的重任，開革新之始，托于王公之上，仰承基業(yè)，重振明德，敬業(yè)謹(jǐn)慎，不計(jì)較以后的憂患。但國(guó)君之位不能久虛，人神不可以長(zhǎng)時(shí)間沒有供奉，因此，敢不敬奉皇上的禪讓大禮。敬選吉日良辰登壇受禪，禱告上帝，以順?biāo)毂娙酥f邦之愿。惟明靈的上天是饗?！庇窒略t書說：“天、地、人三才相助，天和人得以各成其功，國(guó)家理應(yīng)歸于一統(tǒng)，正直的人之所以能掌握興亡的契機(jī)，帝王的興起其根由是源遠(yuǎn)的。自三皇五帝以來，世代各有長(zhǎng)短，雖然原因不同，但結(jié)果都是一樣。朕皇考宣武帝圣德高遠(yuǎn)，奠定下鴻業(yè)的基礎(chǔ)，天命所歸，理應(yīng)由他開始。中間幾經(jīng)險(xiǎn)厄，不堪負(fù)荷，仰瞻宏業(yè)，幾乎弱柔如綴旒。惡運(yùn)過去，否極泰來，我被國(guó)家重用，除奸救溺，拯救人倫。晉朝司馬氏因?yàn)槎嚯y而岌岌可危，命數(shù)已經(jīng)完結(jié)，而效法唐堯虞舜的準(zhǔn)則，遵循漢魏的成規(guī)，天命集于朕一身。自己本來才微德淺，屢次堅(jiān)辭，得不到允許，查閱前代典章，于是在南郊登壇祭天，受命于文祖。深思此慶，愿與萬民一起，開創(chuàng)新紀(jì)元?！庇谑?，大赦天下，改元永始，賜天下人爵位二級(jí)，恪守孝悌、勉力耕田者爵位三級(jí)，鰥夫寡婦、老而無子、幼而喪親不能自存者每人賜谷五斛。他的賞賜令，只是徒設(shè)空文，不能兌現(xiàn)。初出偽詔，改元為建始，右丞相王悠之說：“建始，是趙王司馬倫的偽號(hào)?！边@才又改元為永始。永始是王莽篡位時(shí)的年號(hào)，可見其兆不祥。冥冥之中叛逆的人竟如此相同。又下詔說：“封前代三朝帝族子孫作陪襯，自古如此。漢魏以來都為他們安排封地，晉朝歷數(shù)已盡，禪位于我，我依照古老的法則，也授予他們封土：以南康郡的平固縣封給晉帝，封他為平固王，所用車騎年號(hào)，一如舊典?！比缓笠罆x武帝遷魏陳留王居鄴宮的例子，把晉帝遷到尋陽。降永安皇后為零陵君，瑯王牙王為石陽縣公，武陵王司馬遵為彭澤縣侯。追封他的父親為宣武皇帝，其廟稱為太廟，南康公主為宣皇后。封兒子桓升為豫章王，叔父的孫子桓放之為寧都縣王，桓豁的孫子桓稚玉為臨沅縣王，桓豁的次子桓石康為右將軍、武陵郡王，桓礻必的兒子桓蔚為醴陵縣王，贈(zèng)桓沖太傅、宣城郡王的謚號(hào)，加殊禮，依照晉朝安平王的例子，讓他的孫子桓胤世襲爵位，為吏部尚書；桓沖的次子桓謙為揚(yáng)州刺史、新安郡王，桓謙的弟弟桓修為撫軍大將軍、安成郡王，桓玄的兄長(zhǎng)桓歆為臨賀縣王，桓礻韋為富陽縣王，贈(zèng)桓?jìng)ナ讨?、大將軍、義興郡王的謚號(hào)，讓他的兒子桓氵睿世襲爵位，為輔國(guó)將軍，桓玄的兄弟桓邈為西昌縣公，封王謐為武昌公，班劍二十人，卞范之為臨汝公，殷仲文為東興公，馮該為魚復(fù)侯。又降始安郡公為縣公，長(zhǎng)沙郡公為臨汀縣公，廣陵郡公為巴丘縣公，各處封邑千戶。其他郡公如康樂、武昌、南昌、望蔡、建興、永修、觀陽的封邑都降至百戶，公侯的封號(hào)一如從前。又普遍晉升各路征伐軍和鎮(zhèn)軍首領(lǐng)的封號(hào)，各有不同。讓相國(guó)左長(zhǎng)史王綏為中書令。尊崇桓謙的母親庾氏為宣城太妃，加殊禮并配給輦乘。稱桓溫墓為“永崇陵”，設(shè)置守衛(wèi)四十人。
桓玄進(jìn)入建康宮時(shí)，狂風(fēng)迎面呼嘯而至，儀仗旌旗全被吹倒。后來在西堂小會(huì)，設(shè)置女樂歌舞，殿上掛著絳色綾帳，正面染成金黃色，四個(gè)邊角作四條金龍，嘴里含著五色羽葆旒蘇，群臣私下互相議論道：“這很像喪車，又像王莽當(dāng)年仙蓋的模樣。龍角，就是人們所說的‘亢龍有悔’的意思。”又造金軸車，駕六馬。這月，桓玄親臨聽訟觀視察囚徒，無論罪惡輕重，多被釋放。有攔他車輦行乞的，時(shí)不時(shí)給以施舍。他就是這樣好行小恩小惠。自以為是大德。壬辰之日，臘祭于祖廟。改尚書都官郎為賊曹，又增置五校、三將及強(qiáng)弩、積射武衛(wèi)官等。元興三年(404)，是桓玄的永始二年，尚書誤把“春..”答為“春菟”，凡與此事有關(guān)涉的全被罷官或降職?；感焕碇螄?guó)大綱，而糾纏細(xì)枝末節(jié)，都類似此事。以其妻劉氏為皇后，準(zhǔn)備修造殿宇，然后正式移入東宮。又開啟東掖、平昌、廣莫及宮殿諸門，全都分為三股道。又造大輦，可容三十人坐，用二百人去抬。生性喜歡打獵游樂，因?yàn)樯眢w肥大不能乘馬，又造徘徊輿，安置旋轉(zhuǎn)機(jī)關(guān)，轉(zhuǎn)動(dòng)回旋自如。沒有追尊祖父和曾祖父，又怕于禮儀不合，便向群臣詢問。散騎常侍徐廣據(jù)晉典說，應(yīng)該追立七廟，理由是：尊敬他的父親，兒子必然高興，居位越高的人，他的情理愿望越應(yīng)該得到申張，得道越廣泛的人，受到的尊敬就越普遍?；感f：“《禮記》上說三昭、三穆，加上太祖共是七人，可是太祖是廟中之主，昭穆諸人則列在下位，這哪里是世俗庸人所能知道的呢？禮儀規(guī)定，太祖牌位向東，左邊是三昭，右邊是三穆。就像晉朝皇廟，晉宣帝在昭穆之列，不能處在太祖之位。昭穆一錯(cuò)亂，太祖便無位可尊了，那么，失誤就遠(yuǎn)了?！被感嬉陨厦徊伙@，所以便不想將他們列入序列，又因?yàn)橥趺Я⒕艔R而被前代史書譏嘲，就以立一廟的做法去矯正它，郊廟齋戒兩天后便停止了祭祀活動(dòng)。秘書監(jiān)卞承之說：“祭禮不祭祖先，可預(yù)知楚的命數(shù)不會(huì)太長(zhǎng)?！庇植饸x室小廟來擴(kuò)建臺(tái)榭。其庶母的祭祈，沒有固定的場(chǎng)所，在忌日看見賓客游宴之歡，便加入其中，只有到庶母死的時(shí)辰一哭了事。在喪服周年之內(nèi)，不廢音樂?；感鲇嗡T，旋風(fēng)刮走車蓋。入夜，洪水沖入石頭城，浮橋被毀，死人很多。狂風(fēng)猛吹朱雀門城門樓，頂上一層墜地。
桓玄自從篡國(guó)竊位之后，驕奢荒侈，游獵無度，有時(shí)甚至不分日夜。兄長(zhǎng)桓?jìng)ハ略崮翘?，早晨痛哭，晚上就又去游獵，有時(shí)一天之中幾次出獵，放馬馳騁。性情急燥暴烈，呼召傳喚緊急，屬官全都勒馬殿前，禁宮之內(nèi)喧鬧吵雜，全失朝廷威嚴(yán)。于是百姓勞苦，朝野疲憊，怨怒思亂者十家之中有八、九。于是劉裕、劉毅、何無忌等共謀復(fù)興。劉裕等人在京口斬了桓修，在廣陵斬殺了桓弘，河內(nèi)太守辛扈興、弘農(nóng)太守王元德、振威將軍童厚之、竟陵太守劉邁密謀聯(lián)盟，作為內(nèi)應(yīng)。到約定日期，劉裕派周安穆報(bào)告劉邁，劉邁驚恐，就報(bào)告了桓玄。桓玄震駭不已，立即捕殺了辛扈興等人，周安穆放馬逃走，得以免死。封劉邁為重安侯，過了一夜又將他殺了。
劉裕率義軍到竹里，桓玄移還上宮，百官步行跟從，詔令侍官全都進(jìn)入停留在宮中。大赦揚(yáng)、豫、徐、兗、青、冀六州，加封桓謙為征討都督、假節(jié)，用殷仲文代替桓修，遣頓丘太守吳甫之、右衛(wèi)將軍皇甫敷北據(jù)義軍。劉裕等人在江乘與他們交戰(zhàn)，陣前斬殺了吳甫之，前進(jìn)到羅落橋，又同皇甫敷交戰(zhàn)，又?jǐn)貧⒘怂??；感動(dòng)嵈篌@，便召集一些會(huì)道術(shù)的人推算術(shù)數(shù)以為厭勝之法，問眾人說：“我真的會(huì)失敗嗎？”曹靖之回答說：“神人共怒，我實(shí)在害怕之極?！被感f：“人怨還有由可說，神怒從何怒起？”回答說：“遷移晉室宗廟，使其祖宗飄泊失所，像大楚的祭祀，祭父不祭祖先，這就是神怒的緣由?！被感f：“卿為何不勸諫？”回答說：“歷代帝王都以為自己所治是堯舜盛世，臣哪里敢說一字？”桓玄越發(fā)恐懼憤怒，派桓謙、何澹之駐軍東陵，卞范之屯兵覆舟山西面，兵馬總計(jì)二萬來抵抗義軍。劉裕到達(dá)蔣山，讓軍中病弱者身披油布雨披登山，搖旗吶喊，數(shù)路同時(shí)前進(jìn)?；感膫刹毂貋韴?bào)告說：“劉裕大軍遍布四周，不知多少?！被感討n慮驚惶，派遣武衛(wèi)將軍庾臣頁之率領(lǐng)精銳士卒，馳援各軍。當(dāng)時(shí)，東北風(fēng)猛吹，義軍放火，煙塵漫天，鼓聲喊聲震駭京邑。劉裕手握長(zhǎng)鉞戰(zhàn)旗，揮軍而進(jìn)，桓謙等諸軍一時(shí)奔潰而逃?；感蕯?shù)千親兵聲言赴戰(zhàn)，但暗中卻領(lǐng)著兒子桓升、兄長(zhǎng)的兒子桓氵睿出南掖門，向西逃入石頭城，派殷仲文準(zhǔn)備船只，相繼向南奔逃。
起初，桓玄在姑蘇時(shí)，將相的星位屢有變化。篡位的那天傍晚，月亮靠近太白星，不久，又隱入羽林星，桓玄非常討厭這件事。等到向南敗逃時(shí)，他的心腹勸他一戰(zhàn)，他顧不得回答，只是以馬鞭指著蒼天。好幾天無法弄到吃的，左右用粗食進(jìn)奉，卻不能下咽。桓升當(dāng)時(shí)只有幾歲，桓玄將他抱在胸前，撫摸安慰他，桓玄悲不自勝。
劉裕以武陵王司馬遵總理萬機(jī)，設(shè)置行臺(tái)，總領(lǐng)百官。派遣劉毅、劉道規(guī)追捕桓玄，誅殺了桓玄各位兄長(zhǎng)的兒子及桓石康的兄長(zhǎng)桓權(quán)、桓振的兄長(zhǎng)桓洪等。
桓玄到達(dá)氵尋陽，江州刺史郭昶之供給他器械物用和兵力。殷仲文從后到達(dá)，遙遙望見桓玄的乘船，旌旗車輦、服飾、裝備都是帝王的儀仗，嘆息說：“敗中復(fù)振，所以還有希望。”桓玄于是又逼迫晉安帝隨車輦西上。桓歆聚集黨徒向歷陽進(jìn)攻，宣城內(nèi)史諸葛長(zhǎng)民打敗了他?；感谔与x路上作起居日記，敘述他抗據(jù)義軍的事跡，自稱籌劃指揮，百無一失，只是諸將違抗命令，以致虧喪失敗，不是戰(zhàn)略戰(zhàn)術(shù)失誤的罪過。于是顧不上與部下商議戰(zhàn)事，只是沉思或誦讀起居文章，并以起居注昭示左右?；感浇?，桓石康接納了他，在城南設(shè)帳幔營(yíng)地，安置百官，讓卞范之擔(dān)任仆射，其余官職多用位卑資淺的人補(bǔ)充。于是大修戰(zhàn)船，組建水師，不到三十天，聚眾將近三萬，戰(zhàn)船器械不計(jì)其數(shù)。于是對(duì)他的同黨說：“卿等跟隨我奮力除道清宮，都城中的竊位者正應(yīng)來軍門謝罪，等卿等再度攻入石頭城，你們都是身居高位的貴人了。”
桓玄敗逃之后，因?yàn)閾?dān)心法紀(jì)不整，所以輕怒妄殺，眾人多有埋怨和離心。殷仲文進(jìn)諫說：“陛下從少年起就英名遠(yuǎn)播，遠(yuǎn)近欽服，終于掃平荊雍，匡扶京室，聲威遠(yuǎn)布四面八方。登上皇位之后，遭遇如此厄運(yùn)，不是皇上威猛不足以服眾，百姓仰慕，想得到皇恩澤沐，所以應(yīng)該博施仁義，以期得到民心擁戴?！被感l(fā)怒說：“漢高祖、魏武帝幾次遭遇失敗，都因?yàn)橹T將的失利。因?yàn)樘煜蟛患覀冞@才被迫還都舊楚，可是群小愚昧迷惑，妄生是非，正應(yīng)當(dāng)以威猛加以匡正，而不宜施之恩澤?！被感笥曳Q桓玄為“桓詔”，桓胤進(jìn)諫說：“詔者，是只用于辭令，而不用來作稱謂。漢魏君王都沒有這些說法，只聽說過北虜用‘苻詔’來稱呼苻堅(jiān)。希望陛下追步上古圣帝的法則，使萬世可作楷模?！被感f：“此事已經(jīng)實(shí)施，現(xiàn)在宣布命令取消，更為不吉祥。一定要改革，可以等到大事平定之后?！鼻G州郡守因?yàn)榛感诹魇幹校汕彩拐咄ū?，表中有說國(guó)朝不寧的話，桓玄都不接受，再令當(dāng)?shù)毓賳T上表祝賀遷都。
桓玄派游擊將軍何澹之、武衛(wèi)將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭等聯(lián)合郭銓，帶領(lǐng)數(shù)千人守溢口。又派輔國(guó)將軍桓振往義陽聚集士眾，到弋陽，為龍?bào)J將軍胡讠華所破，桓振單槍匹馬逃回。何無忌、劉道規(guī)等在桑落洲打敗了郭銓、何澹之、郭昶之，進(jìn)軍尋陽?；感暑I(lǐng)戰(zhàn)船二百只從江陵出發(fā)，派苻宏、羊僧壽作先鋒。以鄱陽太守徐放為散騎常侍，想說服義軍遣散，桓玄對(duì)徐放說：“諸人不知天命，才致有如此膽大妄行，后來又恐禍相互扭結(jié)、屯集，不能拔足自返。卿信譽(yù)滿三州，希望能向諸人代為表白朕心，如果退軍散甲，我理當(dāng)讓他們重新開始，各處授予職任，讓他們才盡所用。江水在此作證，朕絕不食言。”徐放回答說：“劉裕是發(fā)起事變的主犯，劉毅兄長(zhǎng)被陛下殺害，他們都是不能說服的。應(yīng)當(dāng)立即向何無忌宣布大赦無罪的圣旨?！被感f：“卿出使說服如果有功效，當(dāng)以吳興地方封邑給你?！毙旆庞谑墙邮苁姑鍪购螣o忌軍營(yíng)。
魏讠永之在歷陽大破桓歆，諸葛長(zhǎng)民又在芍陂大敗桓歆，桓歆單槍匹馬，渡過淮水逃回。劉毅率劉道規(guī)及下邳太守孟懷玉在崢嶸洲與桓玄大戰(zhàn)。當(dāng)時(shí)義軍只有數(shù)千，桓玄軍多勢(shì)眾，但桓玄擔(dān)心出現(xiàn)敗局，常把輕舟系在戰(zhàn)船旁邊，以防不測(cè)，所以戰(zhàn)士沒有斗志。義軍順風(fēng)放火，人人爭(zhēng)先恐后，桓玄全軍崩潰，燒了輜重器械連夜逃走，郭銓投降?；感那暗牟繉⒔y(tǒng)、馮稚等聚集黨徒四百人，出奇兵襲擊攻破了氵尋陽城，劉毅派建威將軍劉懷肅討伐平定了他們?；感⒂腊不屎蠹盎屎罅粼诎土辍Ｒ笾傥漠?dāng)時(shí)和桓玄同在桓玄的指揮船上，請(qǐng)求派他出去收集流散軍士，乘機(jī)背叛了桓玄，帶著兩位皇后出逃到夏口。桓玄進(jìn)入江陵城，馮該勸他再次決戰(zhàn)，沒有被采納，卻想經(jīng)漢川，投奔梁州刺史桓希，但是人情乖戾，眾叛親離，命令無法實(shí)行?；感笋R出城，到城門口時(shí)，左右近臣在城門洞暗處砍殺他，沒有砍中，前后砍殺交錯(cuò)，桓玄勉強(qiáng)才到達(dá)船上。于是荊州別駕王康產(chǎn)保護(hù)晉帝進(jìn)入南郡府舍，太守王騰之率文武官員護(hù)衛(wèi)。
當(dāng)時(shí)益州刺史毛璩派他的從孫毛礻右之、參軍費(fèi)恬，護(hù)送弟弟毛王番靈柩喪葬到江陵，有士卒二百，毛琚弟弟的兒子毛修之當(dāng)桓玄的屯騎校尉，他們聯(lián)合引誘桓玄進(jìn)入蜀郡，桓玄聽從了。到達(dá)枚回洲時(shí)，費(fèi)恬與毛..之迎頭射擊桓玄，箭下如雨。桓玄的貼身侍從丁仙期、萬蓋等用身體遮蔽桓玄，都中數(shù)十箭而死?；感脖患渲?，他的兒子桓升就立即替他拔掉。益州都護(hù)馮遷抽刀上前，桓玄拔下頭上的玉導(dǎo)給他，嘴里仍然說：“你是什么人呀？敢殺天子！”馮遷說：“我要?dú)⒌氖翘熳又\?！闭f罷，就殺了他，當(dāng)時(shí)只有三十六歲。然后又揮刀斬殺了桓石康、桓氵睿等五人首級(jí)，庾臣頁之戰(zhàn)死。桓升說：“我是豫章王，諸君不要?dú)⑽?。”他被送到江陵在街市上斬首了?br />
起初，桓玄在宮中，經(jīng)常覺得神魂不安，好像受到了鬼神的騷擾，告訴他的親人說：“恐怕我命該當(dāng)死，所以才要同時(shí)間和命運(yùn)較量?！痹d年間(402～404)，衡陽有一只母雞變成了公雞，八十天后雞冠就枯萎了?；感诔▏?guó)，衡陽屬他領(lǐng)轄，從篡國(guó)到失敗，時(shí)間總共八十天。當(dāng)時(shí)有童謠說：“長(zhǎng)干巷，巷長(zhǎng)干，今年殺郎君，后年斬諸桓?！眱凑拙故侨绱宋呛?！郎君，就是指的司馬元顯。
這月，王騰之護(hù)衛(wèi)晉皇帝入居太府。桓謙也在沮中聚集人眾，為桓玄舉哀，設(shè)置喪庭，偽謚桓玄為武悼皇帝。劉毅等傳送桓玄首級(jí)，掛在城樓大梁上示眾，前來觀看的百姓莫不歡喜慶幸。
桓玄七歲時(shí)，服桓溫喪已終，府中文武臣僚向他叔父告辭，叔父桓沖撫摸著桓玄的頭說：“都是你家從前的長(zhǎng)吏?！被感虼藴I流滿面，大家見了很驚奇。等他長(zhǎng)大成人，形貌瑰奇，風(fēng)神疏朗，博通各種技藝，善于作文。經(jīng)常自負(fù)其才，以英雄豪杰自居。眾人都敬畏他，朝廷也因?yàn)橐杉啥鴽]用他。二十三歲時(shí)，才拜為太子洗馬，當(dāng)時(shí)朝中有人議論桓溫曾有叛逆之心，因此朝廷又貶抑桓玄兄弟只做一般的官。
太元末年(396)，桓玄出京都補(bǔ)任義興太守的空缺，心中頗郁郁不得志。曾經(jīng)登高遙望震澤，嘆息說：“父作九州伯，兒做五湖長(zhǎng)?！庇谑潜銞壒倩氐椒鈬?guó)。他以為自己是元?jiǎng)组T第，不應(yīng)該在世間受到誹謗，于是便上疏說：
“我聽說周公是大圣，可是天下到處都有關(guān)于他的流言。樂毅輔佐燕國(guó)有功，卻被騎劫詆毀，因此，《詩(shī)·小雅·巷伯》中才有‘取彼譖人，投畀豺虎’的慨嘆，蘇公也才會(huì)感嘆飄風(fēng)之刺。厭惡剛烈，丑化正直，哪一代沒有這類人呢？先父蒙受主上的殊恩，并和皇室聯(lián)姻，常念以身報(bào)國(guó)，尋找機(jī)會(huì)捐軀赴難。西方平定巴蜀，北邊肅清伊洛，使竊號(hào)偽稱的逆臣被捕而獻(xiàn)于北闕，并使皇帝園陵得以修復(fù)，以雪國(guó)家大恥，飲馬灞氵產(chǎn)之濱，在趙魏之地插上朝廷的旗幟，保國(guó)勤王，屢建功勛。太和末年(370)，皇權(quán)有被篡轉(zhuǎn)移的危難，這才順天應(yīng)人，暫時(shí)主持朝政，是非已經(jīng)弄清，兇賊全部鏟除。假使沒有這個(gè)功績(jī)，鏟除頑兇之事不成，那么，今天的宗廟社稷又從何談起呢？從前，商朝太甲雖然迷惑，但伊尹輔政，使商朝基業(yè)得以保存；昌邑王劉賀雖然淫亂，可并未危及漢室的穩(wěn)固。就此而論，晉室的危機(jī)比商、漢更嚴(yán)重，而先父的功績(jī)遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過伊尹、霍光?？墒牵雀敢酝?fù)國(guó)家重任而在清平之世蒙受誹謗。聽說圣世明君獎(jiǎng)懲分明，升降有道，卻沒有聽說過圣世明君會(huì)忽視赫赫大功，甚至傷害安眠于九泉之下的功臣亡靈，而給誹謗之人開道，讓奸邪小人得意一時(shí)。先父勤王護(hù)國(guó)的艱勞，匡復(fù)攻戰(zhàn)的功勛，朝廷如果真的遺忘了，我也不會(huì)計(jì)較什么。只是請(qǐng)主上略微想想，先帝登至尊之位，陛下又在南面繼位，此局面是從何而來，又是誰的功德？我桓姓一門豈只使晉室永安、永久享國(guó)？對(duì)朝廷和陛下一家來說，實(shí)在是立有奇功。
“近來權(quán)門勢(shì)力日增，弊政越來越多。都宣稱符合上面的旨意，互相煽動(dòng)糾合，以為我和我的兄弟都是晉朝的罪人，這樣，我們還有什么理由可以茍活在世上呢？又有什么臉面可以尸位素餐、白白地享用俸祿呢？若陛下忘記我們先人的大造之功，相信小人的無端邪說，我們就只有奉還各項(xiàng)封賜，受戮市朝，然后追隨先父于黃泉，到玄宮歸附先帝這一條路可走了。若陛下還遵守先帝的遺旨，追念先父的舊勛，那么，我們就懇請(qǐng)圣上對(duì)我們兄弟稍加垂憐關(guān)護(hù)。”
奏疏呈報(bào)上去，一直沒有批復(fù)。
桓玄在荊楚多年，優(yōu)游無事，荊州刺史殷仲堪很敬畏他。等中書令王國(guó)寶掌權(quán)時(shí)，謀求削弱地方政權(quán)勢(shì)力，使得朝廷內(nèi)外騷動(dòng)，桓玄知道王恭有憂國(guó)之心，私下里便也有意于建立功業(yè)，便勸說殷仲堪說：“王國(guó)寶與各位素來是對(duì)頭，他所擔(dān)心的恐怕只是不能快速加害各位。如今，他大權(quán)在握，同王緒互為表里，他所要升遷撤換何人，沒有不如愿的。王恭處于國(guó)舅的地位，正為朝野所器重，王國(guó)寶必定不便先動(dòng)他，最可能的就是拿您開刀。你是先帝所提拔的，超拔為一方之長(zhǎng)，在世人的心目中，總以為不甚妥當(dāng)，都說您雖有思想智慧，但不是鎮(zhèn)守一方的合適人選。如果朝廷發(fā)詔書征召您作中書令，而派殷豈頁做荊州刺史，您又將怎么辦呢？”殷仲堪說：“我已憂慮很久了，您說對(duì)此該如何對(duì)待？”桓玄說：“王國(guó)寶奸詐兇頑，天下共知。王恭痛恨厭惡他的感情日日累積，步步加深，根據(jù)今天的情勢(shì)推論，可能已超過任何人。您若秘密派遣一人，寫信去勸說聯(lián)合王恭，讓他調(diào)動(dòng)晉陽大軍，來匡扶朝廷，而您則親自率領(lǐng)荊州軍隊(duì)順流而下，推舉王恭為盟主，我們大家也都將奮發(fā)而起，沒有人不響應(yīng)的。這事如果成功，便如同當(dāng)初齊桓公、晉文公開創(chuàng)的功業(yè)一樣偉大。”殷仲堪猶豫不決。不久，王恭的信便到了，招會(huì)殷仲堪和桓玄一同匡扶朝廷。王國(guó)寶死后，討伐之兵也就罷了?；感?qǐng)求作廣州刺史，會(huì)稽王司馬道子也害怕他，不想讓他留在荊楚，所以順合了他的心愿。
隆安初年(397)，朝廷下詔任命桓玄督轄廣、交二州，并任建威將軍、平越中郎將、廣州刺史、假節(jié)，桓玄受命之后未動(dòng)身前往。當(dāng)年，王恭又與庾楷起兵討伐江州刺史王愉和譙王司馬尚之兄弟?；感⒁笾倏耙詾橥豕Т藨?zhàn)必勝，一時(shí)便起兵響應(yīng)。殷仲堪分五千人給桓玄，與楊亻全期一起同為先鋒。到達(dá)湓口，王愉便奔逃到臨川，桓玄派偏將捕俘了他?；感钬槿诘竭_(dá)石頭城，殷仲堪到了蕪湖。王恭的部將劉牢之背叛王恭歸順了朝廷。王恭死后，庾楷戰(zhàn)敗了，也投奔了桓玄的軍隊(duì)。不久，朝廷下詔，任命桓玄為江州刺史，殷仲堪等人都被撤換改任他處。于是便各自掉轉(zhuǎn)船頭，向西駐軍在當(dāng)陽，互相結(jié)約，共推桓玄為盟主?；感傄坏弥荆吐?lián)名上疏為王恭申訴，請(qǐng)求誅殺司馬尚之和劉牢之等人。朝廷也畏懼桓玄，便免掉了桓修，并讓殷仲堪復(fù)職來相和解。
起初，桓玄在荊州豪縱一方，士庶害怕他，超過了害怕州牧。殷仲堪的親朋黨羽勸殷仲堪殺了他，殷仲堪沒有聽從。等回到當(dāng)陽，桓玄憑著自己的聲望，所以被推為盟主，于是也就愈發(fā)驕縱矜持。楊亻全期為人驕悍，常常自以為是豪門之后，江東無人可比，可桓玄每每把他放到寒士一類去品鑒，因此楊亻全期很遺憾，就想在祭壇附近襲擊桓玄。殷仲堪討厭楊亻全期兄弟的驍勇，擔(dān)心他們打敗了桓玄之后危害自己，便苦苦勸阻楊亻全期。于是便各自奉詔令退還鎮(zhèn)守地。桓玄也知道楊亻全期有異心，暗生吞并楊亻全期的計(jì)劃，于是便駐軍夏口。
隆安年間(397～401)，朝廷詔令桓玄都督荊州四郡，讓其兄桓?jìng)プ鲚o國(guó)將軍、南蠻校尉。殷仲堪憂慮桓玄驕橫跋扈，于是便與楊亻全期結(jié)為婚姻，互相為援。起初，桓玄和殷仲堪、楊亻全期有矛盾，經(jīng)常擔(dān)心受到突然襲擊，便請(qǐng)求朝廷擴(kuò)大自己的轄區(qū)。朝廷也想加劇他們的矛盾，所以把楊亻全期轄治的四郡分給桓玄，楊亻全期非常氣憤。正好碰上姚興侵?jǐn)_洛陽，楊亻全期便打起旗號(hào)，聲明援助洛陽，暗地里卻與殷仲堪聯(lián)兵，襲擊桓玄。殷仲堪雖表面上與楊亻全期聯(lián)合，但內(nèi)心卻充滿疑惑，于是，便拒絕聯(lián)兵，并且還考慮到不能阻止楊亻全期。楊亻全期既不能單獨(dú)成事，又不知殷仲堪的本意，于是罷兵。南蠻校尉楊廣，是楊亻全期的兄長(zhǎng)，他想抵抗桓?jìng)?，殷仲堪不許，卻讓楊廣出任宜都建、平二郡太守，并加封征虜將軍。楊亻全期的弟弟楊孜敬起先做江夏相，桓玄派兵襲擊之后征召他。到了軍營(yíng)之后，任命楊孜敬做諮議參軍。桓玄于是興兵西征，也聲言救援洛陽，并寫信給殷仲堪說：楊亻全期蒙受國(guó)恩，卻拋棄衛(wèi)護(hù)祖陵的責(zé)任，應(yīng)該共同去誅討懲罰。如今自己親率大軍，直逼金墉，讓殷仲堪收捕楊廣，如果不這樣作，便無法互相信任。殷仲堪本想求得兩全，收到桓玄的信后，料知?jiǎng)菰陔y免，便說：“請(qǐng)你從沔水行軍，不能有一人經(jīng)過我所駐扎的江段?！被感o計(jì)可圖，便息兵了。
后來荊州發(fā)生大水災(zāi)，殷仲堪開倉(cāng)賑濟(jì)饑民，使得府庫(kù)空虛?；感颂撚懛ニ紫扰杀u擊巴陵。梁州刺史郭銓正要赴任，路經(jīng)夏口，桓玄聲言朝廷派郭銓做自己的先鋒，便將江夏軍隊(duì)授權(quán)交他指揮，派他督促各軍齊頭并進(jìn)，同時(shí)報(bào)密信給他兄長(zhǎng)桓?jìng)?，讓他做?nèi)應(yīng)?；?jìng)セ袒滩恢耄銓⑿庞H自送給殷仲堪看。殷仲堪便逮捕桓?jìng)?，讓他作為人質(zhì)，并命他寫信給桓玄，信中言語甚是凄苦。桓玄說：“殷仲堪為人不能專斷果決，常常為成敗反復(fù)計(jì)議，又為他兒子考慮，我的兄長(zhǎng)必定會(huì)沒有危險(xiǎn)?！?br />
桓玄大軍進(jìn)到巴陵，殷仲堪派部隊(duì)來抵抗，被桓玄打敗?；感智斑M(jìn)到楊口，又打敗了殷仲堪的弟弟殷道護(hù)，再乘勝攻到零口，距離江陵只有二十里，殷仲堪派出數(shù)支軍隊(duì)來抵抗，楊亻全期從襄陽赴援，同他兄長(zhǎng)楊廣一道進(jìn)擊桓玄，桓玄畏懼他們的銳勢(shì)，退軍到馬頭。楊亻全期等追擊桓玄苦戰(zhàn)，被桓玄打敗，逃回襄陽，殷仲堪逃到贊阝城，桓玄派將軍馮該追擊楊亻全期，捕捉了他。楊廣也被人綁縛，送交桓玄，同楊亻全期一起被殺了。殷仲堪聽說楊亻全期已死，便帶領(lǐng)數(shù)百人投奔姚興處，到達(dá)冠軍城時(shí)，卻被馮該捕獲，桓玄命令斬殺他。
從此，桓玄便平定了荊、雍二州，于是就上表朝廷，請(qǐng)求擔(dān)任江、荊二州刺史。朝廷則下詔讓桓玄為都督，荊、司、雍、秦、梁、益、寧七州都督后將軍、荊州刺史、假節(jié)，封桓修為江州刺史。桓玄上疏，執(zhí)意爭(zhēng)做江州刺史，于是又增加為八州，外加揚(yáng)州、豫州八郡，又領(lǐng)江州刺史?；感肿嗾?qǐng)命桓?jìng)楣谲妼④?、雍州刺史。?dāng)時(shí)賊寇未平，朝廷難違他的意志，便答應(yīng)下來?；感拇吮闩囵B(yǎng)心腹，兵馬日盛，屢次上疏請(qǐng)求討伐孫恩，朝廷降詔不許。后來，孫恩威逼京都，桓玄乘機(jī)豎起將旗，召集部眾，對(duì)外托口勤王，實(shí)際上卻是妄圖乘機(jī)進(jìn)軍京師，所以又上書請(qǐng)求討伐孫恩。碰上孫恩已逃走，桓玄又只得奉詔解散集結(jié)的大軍。他又派桓?jìng)プ鼋荽淌?，?zhèn)守夏口；司馬刁暢為輔國(guó)將軍，督轄八郡，鎮(zhèn)守襄陽；派遣桓振、皇甫敷、馮該等人防守湓口。把沮漳兩地二千戶蠻民遷徙到江南，并設(shè)立武寧郡，又召集流亡的百姓，設(shè)立綏安郡，同時(shí)設(shè)置了各郡的郡丞。朝廷詔令征調(diào)廣州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，桓玄都強(qiáng)留而不派遣。認(rèn)為天下三分，自己擁有二分，料想也是天運(yùn)所致，所以屢次上報(bào)吉祥物來顯示自己的瑞兆。
起初，庾楷投歸到桓玄處，桓玄討伐孫恩時(shí)，派他做右將軍?；感T兵之后，庾楷也解除了任職。庾楷以為桓玄正在與朝廷結(jié)怨，恐怕事情不成功，必將株連自己，于是，便暗中與后將軍司馬元顯聯(lián)絡(luò)，答應(yīng)做為司馬元顯的內(nèi)應(yīng)。元興初年(402)，司馬元顯自稱奉詔討伐桓玄，桓玄從弟桓石生當(dāng)時(shí)正做太傅長(zhǎng)史，便秘密報(bào)告桓玄。桓玄原本以為揚(yáng)州遍地饑荒，加之孫恩未被消滅，朝廷一定沒有精力討伐自己，自己可以乘機(jī)積蓄力量，聚集人眾，靜觀時(shí)變。一聽說司馬元顯將討伐自己，非常擔(dān)憂恐懼，只想保住江陵。長(zhǎng)史卞范之勸桓玄說：“主公英明威猛揚(yáng)名天下，而司馬元顯口中乳臭未干，劉牢之又沒有威望，如果我們大軍逼近京都，并示以威賞，那么，京都土崩瓦解之勢(shì)可翹首立待，哪里有讓敵人深入境內(nèi)自取削弱的道理呢？”桓玄大喜，便派兄長(zhǎng)桓?jìng)ユ?zhèn)守江陵，上表嚴(yán)辭指斥司馬元顯，自己親率大軍，沿江而下，直到當(dāng)陽，轉(zhuǎn)交檄文，歷訴司馬元顯罪狀。檄文傳到京師，司馬元顯恐懼異常，親自下到戰(zhàn)船而不令進(jìn)軍?；感仁诵?，又是興師犯上，擔(dān)憂部眾不會(huì)為他效力，便不時(shí)有回師撤軍的想法。已過當(dāng)陽，仍不見王師，桓玄和部眾頓時(shí)軍心大振。庾楷陰謀敗露，被收捕。到姑孰，桓玄派部將馮該、苻宏、皇甫敷、索元等先行進(jìn)攻譙王司馬尚之，司馬尚之軍敗。劉牢之派遣他的兒子劉敬宣投降歸附桓玄。
桓玄到新亭，司馬元顯不攻自潰。桓玄進(jìn)入京師，假傳詔命說：“天下義旗云集，罪在司馬元顯。太傅另有懲處，立即解除戒嚴(yán)，停止戰(zhàn)火，以此寬慰天下義心?！庇旨賯髟t命，加封自己為總百揆，侍中、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚(yáng)州牧，領(lǐng)徐州刺史，又加賜假黃鉞、羽葆鼓吹、班劍二十人，置左右長(zhǎng)史、司馬、從事中郎四人，帶著二百人的儀仗隊(duì)上朝?；感斜砩吓e太傅司馬道子和司馬元顯的罪惡，然后把司馬道子放逐到安成郡，在大街上殺了司馬元顯。于是，桓玄入居太傅府，殺害了太傅中郎毛泰、毛泰的弟弟游擊將軍毛邃、太傅參軍荀遜、前豫州刺史庾楷父子、吏部郎袁遵、譙王司馬尚之等，并把司馬尚之的弟弟丹楊尹司馬恢之、廣晉伯司馬允之、驃騎長(zhǎng)史王誕、太傅主簿毛遁等流放到交州、廣州各郡，不久，在路上追殺了司馬恢之和司馬允之。讓兄長(zhǎng)桓?jìng)プ霭参鲗④?、荊州刺史、領(lǐng)南蠻校尉，堂兄桓謙為左仆射、加中軍將軍、領(lǐng)選，堂兄桓修為右將軍、徐兗二州刺史，長(zhǎng)史卞范之為建武將軍、丹楊尹，王謐為中書令、領(lǐng)軍將軍。大赦天下，改元為大亨。桓玄讓出丞相一職，自封為太尉、領(lǐng)平西將軍、豫州刺史。又加賜兗冕之服，綠綬帶，增加班劍為六十人，佩劍穿履上殿，入朝不行拜見之禮，奏請(qǐng)時(shí)也不必申報(bào)姓名。
桓玄準(zhǔn)備出居姑孰，向眾人征詢意見，王謐對(duì)答說：“《公羊傳》上說，周公為什么不到魯國(guó)？是因?yàn)橐S護(hù)周朝的統(tǒng)一。希望您也能以國(guó)家太平為本，以周公的心愿為心愿。”桓玄贊賞他的對(duì)答，卻不能接受。于是便在姑孰大筑城府，樓臺(tái)山池莫不壯麗，完工以后，便出鎮(zhèn)居守在那里。到了姑孰，堅(jiān)意辭去錄尚書事，詔令準(zhǔn)許，但大政方針都還征詢他的意見，小政則讓桓謙、卞范之定奪。
自從禍亂屢興，干戈不停，百姓渴盼太平，天下思?xì)w一統(tǒng)。當(dāng)桓玄初到京師時(shí)，罷黜庸凡小人，提拔賢俊豪杰，君子之道初成規(guī)模，京師上下群情振奮。后來卻凌侮朝廷，私自撤換放逐國(guó)家重臣，豪奢縱欲，役使百姓，于是朝野失望，人不安業(yè)。當(dāng)時(shí)會(huì)稽饑荒，桓玄下令救濟(jì)。百姓流散在江湖以采木呂充饑，內(nèi)史王愉召令他們?nèi)炕剜l(xiāng)。請(qǐng)求發(fā)米，米卻不多，官吏又不及時(shí)發(fā)放，饑民餓死道路的十有八九?；感謿⒑桥d太守高素、輔國(guó)將軍竺謙之，以及竺謙之的堂兄高平相竺郎之、輔國(guó)將軍劉襲以及劉襲的弟弟彭城內(nèi)史劉季武、冠軍將軍孫無終等，這些人都是劉牢之的同黨，北府軍的舊將。劉襲的兄長(zhǎng)冀州刺史劉軌及寧朔將軍高雅之、劉牢之的兒子劉敬宣，同時(shí)投奔慕容德?；感凳境⒁云椒抉R元顯的功勞，封自己為豫章公，食安成郡方圓二百二十五里的土地，封邑七千五百戶；因?yàn)槠蕉ㄒ笾倏?、楊亻全期的功勞，又封為桂陽郡公，食土地方圓七十五里，封邑二千五百戶，原來的封地南郡不動(dòng)?；感言フ鹿姆饨o兒子桓升，把桂陽郡公賜給兄長(zhǎng)的兒子桓..，降為西道縣公。朝中又發(fā)詔為桓溫避諱，有姓名與桓溫相同的，一律改掉，賜他母親為豫章公太夫人。
元興二年(403)，桓玄假意上表請(qǐng)求平伏姚興，又暗示朝廷下詔，不許。桓玄原本缺乏資質(zhì)能力，卻好說大話，既辦不了這大事，卻說朝廷不允許。開始想作作北伐的樣子，沒有什么好安排，便讓先作輕舟，滿載衣服玩好，以及書畫等物。有人勸止他，桓玄說：“書畫玩好本來就應(yīng)該經(jīng)常帶在身邊，再說，兵荒馬亂，一旦稍有不測(cè)，便可輕便易運(yùn)?！北娙硕夹λ?。
這年(404)，桓玄的兄長(zhǎng)桓?jìng)ニ溃①n號(hào)開府、驃騎將軍等職，并讓桓修代替桓?jìng)?。從事中郎曹靖之勸諫桓玄說，桓修兄弟職居朝廷內(nèi)外，恐怕權(quán)傾天下，桓玄接納了這個(gè)意見，便讓南郡相桓石康為西中郎將、荊州刺史?；?jìng)ブ畣室蚬?，桓玄便開始作樂。開始奏樂時(shí)，桓玄撫節(jié)慟哭，一會(huì)兒之后便盡情歡樂。桓玄所親近和依仗的只有桓?jìng)?，桓?jìng)ヒ凰?，桓玄便陷入了孤危之境。可不臣的篡?quán)野心已經(jīng)暴露，自知怨?jié)M天下，便想盡快造成篡逆的現(xiàn)實(shí)，而殷仲文、卞范之之輩又共同催促他，于是先從改授群司開始。解除瑯王牙王司徒之職，遷太宰，加殊禮，以桓謙為侍中、衛(wèi)將軍、開府、錄尚書事，王謐為散騎常侍、中書監(jiān)、領(lǐng)司徒，桓胤為中書令，加封桓修為散騎常侍、撫軍大將軍。置學(xué)官，教授二品子弟數(shù)百人。又假傳詔命加封自己為相國(guó)、總百揆，封南郡、南平、宜都、天門、零陵、營(yíng)陽、桂陽、衡陽、義陽、建平十郡為楚王，先前揚(yáng)州牧領(lǐng)平西將軍、豫州刺史如故，加九錫大禮，楚國(guó)設(shè)置百官，丞相以下，全遵舊典。又暗示天子親自駕臨前殿去策授。桓玄屢次辭讓，天子詔令百官勸請(qǐng)，桓玄又說：“只有天子親降車輦才受命。”假傳詔命賜父親桓溫為楚王，南康公主為楚王后。讓平西長(zhǎng)史劉瑾為尚書，刁逵為中領(lǐng)軍，王嘏為太常，殷叔文為左衛(wèi)，皇甫敷為右衛(wèi)，眾官總共六十余人，為楚王屬官?；感馊テ轿鲗④?、豫州刺史二職，把平西將軍的文武官員充配給相國(guó)府。
新野人庾仄聽說桓玄接受了九錫之禮，便帶領(lǐng)義兵在襄陽襲擊馮該，并趕走了馮該。庾仄有士卒七千，在城南設(shè)祭壇，祭祖宗七廟。南蠻參軍庚彬，安西參軍楊道護(hù)、江安令鄧襄子謀劃聯(lián)盟作為內(nèi)應(yīng)。庾仄本來是殷仲堪的同黨，桓?jìng)偹?，而桓石康又未到，所以乘機(jī)發(fā)難，一時(shí)間江陵震動(dòng)。桓濟(jì)的兒子在羅縣起兵，自號(hào)平南將軍、汀州刺史，以討伐庾仄為名。南蠻校尉羊僧壽與桓石康共同進(jìn)攻襄陽。庾仄之眾逃散，投奔了姚興，庾彬等人都遇害，長(zhǎng)沙相陶延壽看到桓亮乘亂起兵，派人制伏了他。桓玄將桓亮遠(yuǎn)遣到衡陽，殺了同謀桓奧等人。
桓玄假意上表請(qǐng)求歸藩國(guó)，然后又自己下詔書挽留自己，派“使者”宣讀“圣旨”，桓玄又上表執(zhí)意請(qǐng)求，同時(shí)暗示天子親手作詔書堅(jiān)決挽留他?；感矚g上呈偽辭，褻瀆了簡(jiǎn)牘，都類似這些。他以為朝代更替之際應(yīng)該有吉兆出現(xiàn)，密令所在地方官上奏臨平湖突然變得清澈明朗，命眾官集賀。假傳圣詔說：“靈瑞之事我是不敢接受的，這的確是相國(guó)至上賢明，所以才有此應(yīng)驗(yàn)。太平盛世，從此開始；四方同慶，其喜無窮?！庇衷p言江州地方甘露降在王成基家的竹上?；感J(rèn)為歷代都有隱士，可偏偏此世獨(dú)無，便征皇甫謐六世孫皇甫希之為著作郎，并供給其資用，但全都讓他辭讓而不接受，號(hào)稱高士，時(shí)人叫做“充隱”。議論恢復(fù)肉刑，杜絕商賈，反復(fù)改革，改來改去，沒有定規(guī)，但條制森嚴(yán)，危害國(guó)家正常的政紀(jì)法規(guī)?；感载澅?，愛好奇珍異物，珠寶美玉從不離手。時(shí)人若有大家手筆好書好畫以及佳園美宅，都想歸于自己。如果難以威逼奪得，便以游戲賭博的方式獲取。經(jīng)常派遣屬下和左右四出，挖掘果樹，遷移美竹，不遠(yuǎn)數(shù)千里去搜尋，百姓佳果美竹沒有能保存下來的。相信吹捧諂媚自己的人，討好奉承名高的人，厭惡剛正直言的人，有時(shí)甚至把憎惡的人的東西奪來送給所喜愛的人。
十一月，桓玄假傳詔令為自己冠冕上加上十二旒，樹起天子旌旗，進(jìn)出清道戒嚴(yán)，乘坐黃金作軸的車子，六匹馬駕轅，置備五對(duì)副車和旄頭云罕的儀仗，享受帝王音樂八佾之舞，設(shè)置四面懸掛的鐘罄樂器，以妃子為王后，以長(zhǎng)子為太子，他的女兒及孫子封爵命名都以宮中舊制為準(zhǔn)。桓玄把朝臣大多貶斥為太宰的僚屬，又假傳詔令讓王謐兼職太保，領(lǐng)司徒，捧著皇帝玉璽，把皇位禪讓給自己。暗示皇帝把禪位的事在朝廟中告訴祖先，再搬出朝殿，出居永安宮，把晉朝各位神主移入瑯王牙廟。
起初，桓玄擔(dān)心皇帝不肯親手寫詔書，又擔(dān)憂玉璽不能到手，便逼臨川王司馬寶請(qǐng)皇帝親自作詔書，并乘機(jī)奪取玉璽。等司馬寶來到朝殿，玉璽早已傳出，桓玄高興之極。百官到姑孰勸請(qǐng)桓玄代帝自立，桓玄假意辭讓，朝臣執(zhí)意請(qǐng)求，桓玄這才在城郊外七里處建郊祭之壇，登壇篡位，并殺黑公牛禱告上天，百官陪列兩旁，可祭天程序不齊全，忘了高呼萬歲，也忘了改變帝諱。張榜呈文昭示皇天后土說：“晉帝賢德如同太陽運(yùn)行，敬順天意，把國(guó)家的命運(yùn)交給我桓玄，上天意愿由人代行，帝王這才得以產(chǎn)生；不是君子便不能治國(guó)，只有高德才能統(tǒng)治人民，所以，只有順合天意民心，四海才能歸于一統(tǒng)。同是圣人但不能同時(shí)為君王，而德行低賤的人們也不能一日無主，所以，五帝互代，三代相接，一直到漢魏，帝位總是歸于大功大德之人。晉朝自中葉開始，世事多變，海西之亂，國(guó)運(yùn)幾乎危亡，九代帝王開辟天下，平定四海的業(yè)績(jī)，任用賢良、斥逐奸邪的功勛，如果沒有大禹式的功臣，我們就成為胡虜之民了。太元末年(396)，世風(fēng)日下，天下大亂。隆安年間(397～401)，禍及士庶，理絕人倫?；感m然身在草澤，不為時(shí)人所重，但感于情理，又怎能無慷慨之志！奮身克敵、廓清國(guó)難的功勞，主持政務(wù)、撥亂反正的業(yè)績(jī)，都是仰賴先父遺德，我桓玄又有何功可言！正值時(shí)運(yùn)轉(zhuǎn)變之機(jī)，我上應(yīng)天地運(yùn)數(shù)，以不才之身擔(dān)當(dāng)繼承先圣的重任，開革新之始，托于王公之上，仰承基業(yè)，重振明德，敬業(yè)謹(jǐn)慎，不計(jì)較以后的憂患。但國(guó)君之位不能久虛，人神不可以長(zhǎng)時(shí)間沒有供奉，因此，敢不敬奉皇上的禪讓大禮。敬選吉日良辰登壇受禪，禱告上帝，以順?biāo)毂娙酥f邦之愿。惟明靈的上天是饗?！庇窒略t書說：“天、地、人三才相助，天和人得以各成其功，國(guó)家理應(yīng)歸于一統(tǒng)，正直的人之所以能掌握興亡的契機(jī)，帝王的興起其根由是源遠(yuǎn)的。自三皇五帝以來，世代各有長(zhǎng)短，雖然原因不同，但結(jié)果都是一樣。朕皇考宣武帝圣德高遠(yuǎn)，奠定下鴻業(yè)的基礎(chǔ)，天命所歸，理應(yīng)由他開始。中間幾經(jīng)險(xiǎn)厄，不堪負(fù)荷，仰瞻宏業(yè)，幾乎弱柔如綴旒。惡運(yùn)過去，否極泰來，我被國(guó)家重用，除奸救溺，拯救人倫。晉朝司馬氏因?yàn)槎嚯y而岌岌可危，命數(shù)已經(jīng)完結(jié)，而效法唐堯虞舜的準(zhǔn)則，遵循漢魏的成規(guī)，天命集于朕一身。自己本來才微德淺，屢次堅(jiān)辭，得不到允許，查閱前代典章，于是在南郊登壇祭天，受命于文祖。深思此慶，愿與萬民一起，開創(chuàng)新紀(jì)元?！庇谑?，大赦天下，改元永始，賜天下人爵位二級(jí)，恪守孝悌、勉力耕田者爵位三級(jí)，鰥夫寡婦、老而無子、幼而喪親不能自存者每人賜谷五斛。他的賞賜令，只是徒設(shè)空文，不能兌現(xiàn)。初出偽詔，改元為建始，右丞相王悠之說：“建始，是趙王司馬倫的偽號(hào)?！边@才又改元為永始。永始是王莽篡位時(shí)的年號(hào)，可見其兆不祥。冥冥之中叛逆的人竟如此相同。又下詔說：“封前代三朝帝族子孫作陪襯，自古如此。漢魏以來都為他們安排封地，晉朝歷數(shù)已盡，禪位于我，我依照古老的法則，也授予他們封土：以南康郡的平固縣封給晉帝，封他為平固王，所用車騎年號(hào)，一如舊典?！比缓笠罆x武帝遷魏陳留王居鄴宮的例子，把晉帝遷到尋陽。降永安皇后為零陵君，瑯王牙王為石陽縣公，武陵王司馬遵為彭澤縣侯。追封他的父親為宣武皇帝，其廟稱為太廟，南康公主為宣皇后。封兒子桓升為豫章王，叔父的孫子桓放之為寧都縣王，桓豁的孫子桓稚玉為臨沅縣王，桓豁的次子桓石康為右將軍、武陵郡王，桓礻必的兒子桓蔚為醴陵縣王，贈(zèng)桓沖太傅、宣城郡王的謚號(hào)，加殊禮，依照晉朝安平王的例子，讓他的孫子桓胤世襲爵位，為吏部尚書；桓沖的次子桓謙為揚(yáng)州刺史、新安郡王，桓謙的弟弟桓修為撫軍大將軍、安成郡王，桓玄的兄長(zhǎng)桓歆為臨賀縣王，桓礻韋為富陽縣王，贈(zèng)桓?jìng)ナ讨?、大將軍、義興郡王的謚號(hào)，讓他的兒子桓氵睿世襲爵位，為輔國(guó)將軍，桓玄的兄弟桓邈為西昌縣公，封王謐為武昌公，班劍二十人，卞范之為臨汝公，殷仲文為東興公，馮該為魚復(fù)侯。又降始安郡公為縣公，長(zhǎng)沙郡公為臨汀縣公，廣陵郡公為巴丘縣公，各處封邑千戶。其他郡公如康樂、武昌、南昌、望蔡、建興、永修、觀陽的封邑都降至百戶，公侯的封號(hào)一如從前。又普遍晉升各路征伐軍和鎮(zhèn)軍首領(lǐng)的封號(hào)，各有不同。讓相國(guó)左長(zhǎng)史王綏為中書令。尊崇桓謙的母親庾氏為宣城太妃，加殊禮并配給輦乘。稱桓溫墓為“永崇陵”，設(shè)置守衛(wèi)四十人。
桓玄進(jìn)入建康宮時(shí)，狂風(fēng)迎面呼嘯而至，儀仗旌旗全被吹倒。后來在西堂小會(huì)，設(shè)置女樂歌舞，殿上掛著絳色綾帳，正面染成金黃色，四個(gè)邊角作四條金龍，嘴里含著五色羽葆旒蘇，群臣私下互相議論道：“這很像喪車，又像王莽當(dāng)年仙蓋的模樣。龍角，就是人們所說的‘亢龍有悔’的意思。”又造金軸車，駕六馬。這月，桓玄親臨聽訟觀視察囚徒，無論罪惡輕重，多被釋放。有攔他車輦行乞的，時(shí)不時(shí)給以施舍。他就是這樣好行小恩小惠。自以為是大德。壬辰之日，臘祭于祖廟。改尚書都官郎為賊曹，又增置五校、三將及強(qiáng)弩、積射武衛(wèi)官等。元興三年(404)，是桓玄的永始二年，尚書誤把“春..”答為“春菟”，凡與此事有關(guān)涉的全被罷官或降職?；感焕碇螄?guó)大綱，而糾纏細(xì)枝末節(jié)，都類似此事。以其妻劉氏為皇后，準(zhǔn)備修造殿宇，然后正式移入東宮。又開啟東掖、平昌、廣莫及宮殿諸門，全都分為三股道。又造大輦，可容三十人坐，用二百人去抬。生性喜歡打獵游樂，因?yàn)樯眢w肥大不能乘馬，又造徘徊輿，安置旋轉(zhuǎn)機(jī)關(guān)，轉(zhuǎn)動(dòng)回旋自如。沒有追尊祖父和曾祖父，又怕于禮儀不合，便向群臣詢問。散騎常侍徐廣據(jù)晉典說，應(yīng)該追立七廟，理由是：尊敬他的父親，兒子必然高興，居位越高的人，他的情理愿望越應(yīng)該得到申張，得道越廣泛的人，受到的尊敬就越普遍?；感f：“《禮記》上說三昭、三穆，加上太祖共是七人，可是太祖是廟中之主，昭穆諸人則列在下位，這哪里是世俗庸人所能知道的呢？禮儀規(guī)定，太祖牌位向東，左邊是三昭，右邊是三穆。就像晉朝皇廟，晉宣帝在昭穆之列，不能處在太祖之位。昭穆一錯(cuò)亂，太祖便無位可尊了，那么，失誤就遠(yuǎn)了?！被感嬉陨厦徊伙@，所以便不想將他們列入序列，又因?yàn)橥趺Я⒕艔R而被前代史書譏嘲，就以立一廟的做法去矯正它，郊廟齋戒兩天后便停止了祭祀活動(dòng)。秘書監(jiān)卞承之說：“祭禮不祭祖先，可預(yù)知楚的命數(shù)不會(huì)太長(zhǎng)?！庇植饸x室小廟來擴(kuò)建臺(tái)榭。其庶母的祭祈，沒有固定的場(chǎng)所，在忌日看見賓客游宴之歡，便加入其中，只有到庶母死的時(shí)辰一哭了事。在喪服周年之內(nèi)，不廢音樂?；感鲇嗡T，旋風(fēng)刮走車蓋。入夜，洪水沖入石頭城，浮橋被毀，死人很多。狂風(fēng)猛吹朱雀門城門樓，頂上一層墜地。
桓玄自從篡國(guó)竊位之后，驕奢荒侈，游獵無度，有時(shí)甚至不分日夜。兄長(zhǎng)桓?jìng)ハ略崮翘?，早晨痛哭，晚上就又去游獵，有時(shí)一天之中幾次出獵，放馬馳騁。性情急燥暴烈，呼召傳喚緊急，屬官全都勒馬殿前，禁宮之內(nèi)喧鬧吵雜，全失朝廷威嚴(yán)。于是百姓勞苦，朝野疲憊，怨怒思亂者十家之中有八、九。于是劉裕、劉毅、何無忌等共謀復(fù)興。劉裕等人在京口斬了桓修，在廣陵斬殺了桓弘，河內(nèi)太守辛扈興、弘農(nóng)太守王元德、振威將軍童厚之、竟陵太守劉邁密謀聯(lián)盟，作為內(nèi)應(yīng)。到約定日期，劉裕派周安穆報(bào)告劉邁，劉邁驚恐，就報(bào)告了桓玄。桓玄震駭不已，立即捕殺了辛扈興等人，周安穆放馬逃走，得以免死。封劉邁為重安侯，過了一夜又將他殺了。
劉裕率義軍到竹里，桓玄移還上宮，百官步行跟從，詔令侍官全都進(jìn)入停留在宮中。大赦揚(yáng)、豫、徐、兗、青、冀六州，加封桓謙為征討都督、假節(jié)，用殷仲文代替桓修，遣頓丘太守吳甫之、右衛(wèi)將軍皇甫敷北據(jù)義軍。劉裕等人在江乘與他們交戰(zhàn)，陣前斬殺了吳甫之，前進(jìn)到羅落橋，又同皇甫敷交戰(zhàn)，又?jǐn)貧⒘怂??；感動(dòng)嵈篌@，便召集一些會(huì)道術(shù)的人推算術(shù)數(shù)以為厭勝之法，問眾人說：“我真的會(huì)失敗嗎？”曹靖之回答說：“神人共怒，我實(shí)在害怕之極?！被感f：“人怨還有由可說，神怒從何怒起？”回答說：“遷移晉室宗廟，使其祖宗飄泊失所，像大楚的祭祀，祭父不祭祖先，這就是神怒的緣由?！被感f：“卿為何不勸諫？”回答說：“歷代帝王都以為自己所治是堯舜盛世，臣哪里敢說一字？”桓玄越發(fā)恐懼憤怒，派桓謙、何澹之駐軍東陵，卞范之屯兵覆舟山西面，兵馬總計(jì)二萬來抵抗義軍。劉裕到達(dá)蔣山，讓軍中病弱者身披油布雨披登山，搖旗吶喊，數(shù)路同時(shí)前進(jìn)?；感膫刹毂貋韴?bào)告說：“劉裕大軍遍布四周，不知多少?！被感討n慮驚惶，派遣武衛(wèi)將軍庾臣頁之率領(lǐng)精銳士卒，馳援各軍。當(dāng)時(shí)，東北風(fēng)猛吹，義軍放火，煙塵漫天，鼓聲喊聲震駭京邑。劉裕手握長(zhǎng)鉞戰(zhàn)旗，揮軍而進(jìn)，桓謙等諸軍一時(shí)奔潰而逃?；感蕯?shù)千親兵聲言赴戰(zhàn)，但暗中卻領(lǐng)著兒子桓升、兄長(zhǎng)的兒子桓氵睿出南掖門，向西逃入石頭城，派殷仲文準(zhǔn)備船只，相繼向南奔逃。
起初，桓玄在姑蘇時(shí)，將相的星位屢有變化。篡位的那天傍晚，月亮靠近太白星，不久，又隱入羽林星，桓玄非常討厭這件事。等到向南敗逃時(shí)，他的心腹勸他一戰(zhàn)，他顧不得回答，只是以馬鞭指著蒼天。好幾天無法弄到吃的，左右用粗食進(jìn)奉，卻不能下咽。桓升當(dāng)時(shí)只有幾歲，桓玄將他抱在胸前，撫摸安慰他，桓玄悲不自勝。
劉裕以武陵王司馬遵總理萬機(jī)，設(shè)置行臺(tái)，總領(lǐng)百官。派遣劉毅、劉道規(guī)追捕桓玄，誅殺了桓玄各位兄長(zhǎng)的兒子及桓石康的兄長(zhǎng)桓權(quán)、桓振的兄長(zhǎng)桓洪等。
桓玄到達(dá)氵尋陽，江州刺史郭昶之供給他器械物用和兵力。殷仲文從后到達(dá)，遙遙望見桓玄的乘船，旌旗車輦、服飾、裝備都是帝王的儀仗，嘆息說：“敗中復(fù)振，所以還有希望。”桓玄于是又逼迫晉安帝隨車輦西上。桓歆聚集黨徒向歷陽進(jìn)攻，宣城內(nèi)史諸葛長(zhǎng)民打敗了他?；感谔与x路上作起居日記，敘述他抗據(jù)義軍的事跡，自稱籌劃指揮，百無一失，只是諸將違抗命令，以致虧喪失敗，不是戰(zhàn)略戰(zhàn)術(shù)失誤的罪過。于是顧不上與部下商議戰(zhàn)事，只是沉思或誦讀起居文章，并以起居注昭示左右?；感浇?，桓石康接納了他，在城南設(shè)帳幔營(yíng)地，安置百官，讓卞范之擔(dān)任仆射，其余官職多用位卑資淺的人補(bǔ)充。于是大修戰(zhàn)船，組建水師，不到三十天，聚眾將近三萬，戰(zhàn)船器械不計(jì)其數(shù)。于是對(duì)他的同黨說：“卿等跟隨我奮力除道清宮，都城中的竊位者正應(yīng)來軍門謝罪，等卿等再度攻入石頭城，你們都是身居高位的貴人了。”
桓玄敗逃之后，因?yàn)閾?dān)心法紀(jì)不整，所以輕怒妄殺，眾人多有埋怨和離心。殷仲文進(jìn)諫說：“陛下從少年起就英名遠(yuǎn)播，遠(yuǎn)近欽服，終于掃平荊雍，匡扶京室，聲威遠(yuǎn)布四面八方。登上皇位之后，遭遇如此厄運(yùn)，不是皇上威猛不足以服眾，百姓仰慕，想得到皇恩澤沐，所以應(yīng)該博施仁義，以期得到民心擁戴?！被感l(fā)怒說：“漢高祖、魏武帝幾次遭遇失敗，都因?yàn)橹T將的失利。因?yàn)樘煜蟛患覀冞@才被迫還都舊楚，可是群小愚昧迷惑，妄生是非，正應(yīng)當(dāng)以威猛加以匡正，而不宜施之恩澤?！被感笥曳Q桓玄為“桓詔”，桓胤進(jìn)諫說：“詔者，是只用于辭令，而不用來作稱謂。漢魏君王都沒有這些說法，只聽說過北虜用‘苻詔’來稱呼苻堅(jiān)。希望陛下追步上古圣帝的法則，使萬世可作楷模?！被感f：“此事已經(jīng)實(shí)施，現(xiàn)在宣布命令取消，更為不吉祥。一定要改革，可以等到大事平定之后?！鼻G州郡守因?yàn)榛感诹魇幹校汕彩拐咄ū?，表中有說國(guó)朝不寧的話，桓玄都不接受，再令當(dāng)?shù)毓賳T上表祝賀遷都。
桓玄派游擊將軍何澹之、武衛(wèi)將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭等聯(lián)合郭銓，帶領(lǐng)數(shù)千人守溢口。又派輔國(guó)將軍桓振往義陽聚集士眾，到弋陽，為龍?bào)J將軍胡讠華所破，桓振單槍匹馬逃回。何無忌、劉道規(guī)等在桑落洲打敗了郭銓、何澹之、郭昶之，進(jìn)軍尋陽?；感暑I(lǐng)戰(zhàn)船二百只從江陵出發(fā)，派苻宏、羊僧壽作先鋒。以鄱陽太守徐放為散騎常侍，想說服義軍遣散，桓玄對(duì)徐放說：“諸人不知天命，才致有如此膽大妄行，后來又恐禍相互扭結(jié)、屯集，不能拔足自返。卿信譽(yù)滿三州，希望能向諸人代為表白朕心，如果退軍散甲，我理當(dāng)讓他們重新開始，各處授予職任，讓他們才盡所用。江水在此作證，朕絕不食言。”徐放回答說：“劉裕是發(fā)起事變的主犯，劉毅兄長(zhǎng)被陛下殺害，他們都是不能說服的。應(yīng)當(dāng)立即向何無忌宣布大赦無罪的圣旨?！被感f：“卿出使說服如果有功效，當(dāng)以吳興地方封邑給你?！毙旆庞谑墙邮苁姑鍪购螣o忌軍營(yíng)。
魏讠永之在歷陽大破桓歆，諸葛長(zhǎng)民又在芍陂大敗桓歆，桓歆單槍匹馬，渡過淮水逃回。劉毅率劉道規(guī)及下邳太守孟懷玉在崢嶸洲與桓玄大戰(zhàn)。當(dāng)時(shí)義軍只有數(shù)千，桓玄軍多勢(shì)眾，但桓玄擔(dān)心出現(xiàn)敗局，常把輕舟系在戰(zhàn)船旁邊，以防不測(cè)，所以戰(zhàn)士沒有斗志。義軍順風(fēng)放火，人人爭(zhēng)先恐后，桓玄全軍崩潰，燒了輜重器械連夜逃走，郭銓投降?；感那暗牟繉⒔y(tǒng)、馮稚等聚集黨徒四百人，出奇兵襲擊攻破了氵尋陽城，劉毅派建威將軍劉懷肅討伐平定了他們?；感⒂腊不屎蠹盎屎罅粼诎土辍Ｒ笾傥漠?dāng)時(shí)和桓玄同在桓玄的指揮船上，請(qǐng)求派他出去收集流散軍士，乘機(jī)背叛了桓玄，帶著兩位皇后出逃到夏口。桓玄進(jìn)入江陵城，馮該勸他再次決戰(zhàn)，沒有被采納，卻想經(jīng)漢川，投奔梁州刺史桓希，但是人情乖戾，眾叛親離，命令無法實(shí)行?；感笋R出城，到城門口時(shí)，左右近臣在城門洞暗處砍殺他，沒有砍中，前后砍殺交錯(cuò)，桓玄勉強(qiáng)才到達(dá)船上。于是荊州別駕王康產(chǎn)保護(hù)晉帝進(jìn)入南郡府舍，太守王騰之率文武官員護(hù)衛(wèi)。
當(dāng)時(shí)益州刺史毛璩派他的從孫毛礻右之、參軍費(fèi)恬，護(hù)送弟弟毛王番靈柩喪葬到江陵，有士卒二百，毛琚弟弟的兒子毛修之當(dāng)桓玄的屯騎校尉，他們聯(lián)合引誘桓玄進(jìn)入蜀郡，桓玄聽從了。到達(dá)枚回洲時(shí)，費(fèi)恬與毛..之迎頭射擊桓玄，箭下如雨。桓玄的貼身侍從丁仙期、萬蓋等用身體遮蔽桓玄，都中數(shù)十箭而死?；感脖患渲?，他的兒子桓升就立即替他拔掉。益州都護(hù)馮遷抽刀上前，桓玄拔下頭上的玉導(dǎo)給他，嘴里仍然說：“你是什么人呀？敢殺天子！”馮遷說：“我要?dú)⒌氖翘熳又\?！闭f罷，就殺了他，當(dāng)時(shí)只有三十六歲。然后又揮刀斬殺了桓石康、桓氵睿等五人首級(jí)，庾臣頁之戰(zhàn)死。桓升說：“我是豫章王，諸君不要?dú)⑽?。”他被送到江陵在街市上斬首了?br />
起初，桓玄在宮中，經(jīng)常覺得神魂不安，好像受到了鬼神的騷擾，告訴他的親人說：“恐怕我命該當(dāng)死，所以才要同時(shí)間和命運(yùn)較量?！痹d年間(402～404)，衡陽有一只母雞變成了公雞，八十天后雞冠就枯萎了?；感诔▏?guó)，衡陽屬他領(lǐng)轄，從篡國(guó)到失敗，時(shí)間總共八十天。當(dāng)時(shí)有童謠說：“長(zhǎng)干巷，巷長(zhǎng)干，今年殺郎君，后年斬諸桓?！眱凑拙故侨绱宋呛?！郎君，就是指的司馬元顯。
這月，王騰之護(hù)衛(wèi)晉皇帝入居太府。桓謙也在沮中聚集人眾，為桓玄舉哀，設(shè)置喪庭，偽謚桓玄為武悼皇帝。劉毅等傳送桓玄首級(jí)，掛在城樓大梁上示眾，前來觀看的百姓莫不歡喜慶幸。
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