沈一貫，字肩吾，鄞人。隆慶二年(1568)的進(jìn)士。選任庶吉士，授職為檢討，擔(dān)當(dāng)日講官。進(jìn)宮講授高宗喪事時(shí)，他拱手稱：“托孤寄命，必須是忠貞無二心的大臣，才可以使百官以自己為總領(lǐng)，聽從吩咐。倘若不是這種人，不如親自聽政攬事才是孝呀?！睆埦诱詾樗侵S刺自己，很惱恨沈一貫。張居正去世后，他才任左中允。歷任吏部左侍郎兼詩讀學(xué)士，加封為太子賓客。請(qǐng)假回到家鄉(xiāng)。
萬歷二十二年(1594)，他出任南京禮部尚書，又受召見并任命為正史的副總裁，協(xié)助負(fù)責(zé)詹事府，他沒有到任。王錫爵、趙志皋、張位同處內(nèi)閣，又有圣旨要求推舉內(nèi)閣大臣。吏部推舉舊輔臣王家屏以及沈一貫等七個(gè)人。而皇帝正惱怒王家屏，就責(zé)備了尚書陳有年。陳有年稱病離去。沈一貫在家居住很久，向來就有清正的聲望，內(nèi)閣大臣又極力推薦他。于是詔令他任尚書兼東閣大學(xué)士，與陳于陛一道進(jìn)入內(nèi)閣，參與機(jī)要事務(wù)，皇帝指令行人到他家中請(qǐng)他。遇上朝廷議論允許日本受封并朝貢。沈一貫顧慮貢道由寧波辟出，成為鄉(xiāng)郡的禍患，極力陳述它的危害，朝貢的議論才終止。不久，王錫爵離去，陳于陛位居第三，每每執(zhí)意孤行。沈一貫性情柔和而城府很深，與趙志皋等共事很謹(jǐn)慎。此后，陳于陛死于任上，趙志皋病癱了很久，正在休假，張位因?yàn)橥扑]楊鎬和《憂危..議》的事情獲罪離去，沈一貫與張位曾經(jīng)私下致函楊鎬，被贊畫主事丁應(yīng)泰彈劾。張位上奏爭(zhēng)辯激怒了皇帝而遭罷免，沈一貫只是引咎自責(zé)，皇帝于是撫慰，挽留他。
當(dāng)時(shí)皇儲(chǔ)沒有確定，朝廷大臣爭(zhēng)執(zhí)了十多年也沒有決定。皇長(zhǎng)子十八歲時(shí)，奏請(qǐng)進(jìn)行冊(cè)立、加冠、完婚的提議更急迫?；实圬?zé)令戶部提供二千四百萬兩白銀，作為冊(cè)立、分封等典禮的費(fèi)用，以此使戶部為難。沈一貫再次上奏爭(zhēng)辯，皇帝不聽。萬歷二十八年(1600)，皇帝命令營(yíng)造慈慶宮給予皇長(zhǎng)子居住?？⒐r(shí)，告諭沈一貫草擬敕令昭示于禮官，呈交冊(cè)立、加冠、完婚以及諸王受封的禮儀。敕令呈入宮中，皇帝又留住而不下達(dá)。沈一貫上奏催促，皇帝卻說：“我因?yàn)樾〕贾x廷氵贊乘機(jī)邀功，所以暫停。等到皇長(zhǎng)子遷移住處后再施行?！弊罱K沒有舉行。第二年，貴妃的弟弟鄭國(guó)泰迫于眾人輿論請(qǐng)求冊(cè)立、加冠、完婚同時(shí)進(jìn)行。沈一貫于是再次草擬敕令請(qǐng)求皇帝下達(dá)給禮官準(zhǔn)備禮儀，沒有答復(fù)。朝廷的議論中有想先行加冠、完婚，后冊(cè)立的提議，沈一貫不同意，說：“沒有正名，就茍且成事，這是將儲(chǔ)君降為諸王。”遇上皇帝又頗為不省悟，下令當(dāng)天就舉行。九月十八日夜晚二更的時(shí)候，頒布詔書。最后皇帝又后悔，命令更改時(shí)間。沈一貫封好詔書將它還給皇帝，說：“我萬死不敢奉詔?！被实圻@才沒有中止冊(cè)立之事。十月十五日，完成了冊(cè)立的禮儀，當(dāng)時(shí)的輿論很稱道他。遇上趙志皋在九月去世，于是沈一貫屢次奏請(qǐng)?jiān)鎏韮?nèi)閣大臣。等到此時(shí)才選拔任用沈鯉、朱賡入閣，而事情都取決于沈一貫。不久，晉升為太子太保、戶部尚書、武英殿大學(xué)士。
自從沈一貫進(jìn)入內(nèi)閣，朝政已經(jīng)大為不同。數(shù)年之間，礦稅使四出成為百姓的禍害。他們誣陷、彈劾而逮捕、囚禁的人，都滯留在獄中。吏部奏疏請(qǐng)求起用因?yàn)閯裰G而被廢黜的各位大臣，同時(shí)考選科道官，皇帝長(zhǎng)久壓抑奏章而不下達(dá)，朝廷內(nèi)外大都觀望內(nèi)閣大臣。沈一貫等人多次勸諫，皇帝都不省悟。而且皇帝長(zhǎng)期不上朝廷，內(nèi)閣大臣屢次奏請(qǐng)，都沒有答復(fù)。沈一貫初輔政，面謝皇恩，只見了皇帝一次。東征與平定楊應(yīng)龍，皇帝再次御臨午門樓受理俘獲。沈一貫奏請(qǐng)陪同、侍候，賜予他面陳的機(jī)會(huì)，皇帝都不同意?；噬铣枷麻g的隔膜很大，沈一貫雖然小有救助，但大都是在皇帝和群臣之間調(diào)和，因此他的聲望逐漸減弱。
到了萬歷三十年(1602)二月，皇太子剛完成婚禮，皇帝忽然患病。急忙將諸位大臣召至仁德門，不久，唯獨(dú)命令沈一貫到啟祥宮后殿的西暖閣?；屎?、貴妃因病不在皇帝身邊侍候，皇太后面對(duì)南方站立而稍處皇帝之后，皇帝稍稍靠右，穿戴整齊地席地而坐，也面向南方，太子、諸王跪在跟前。沈一貫叩頭后起身、坐定，皇帝說“：先生請(qǐng)上前。我的病一天天嚴(yán)重，在位已經(jīng)很久，沒有遺憾。佳兒和佳婦托付給先生，希望輔佐他成為賢君。礦稅的事，我因?yàn)閷m殿的工程沒有完成，暫時(shí)收取它，現(xiàn)在可以與江南的織造、江西的陶器一起停止不再進(jìn)行，所派遣的太監(jiān)都下令返回京都。法司釋放長(zhǎng)期關(guān)押的囚犯，勸諫而被治罪的諸位大臣都恢復(fù)官職，給事中、御史都按所奏請(qǐng)的補(bǔ)充、任用。我只見先生這一次了?！闭f完就臥倒了。沈一貫哭泣，太后、太子、諸王都哭泣。沈一貫又奏請(qǐng)：“現(xiàn)在尚書多人請(qǐng)求離去，請(qǐng)皇帝決定去留。”皇帝留下了戶部的陳蕖、兵部的田樂，而因祖陵的要道沖決，削奪了工部楊一魁的官籍。沈一貫再次叩首，出宮擬旨呈進(jìn)。當(dāng)晚，內(nèi)閣大臣和九卿都在朝房中值夜班。半夜三更，宮中使者捧來告諭，都如皇帝對(duì)沈一貫所說的話。諸位大臣都很高興。
第二天，皇帝的病好了，后悔此事。宮中使者二十多人到內(nèi)閣中取先前的告諭，稱礦稅不可以罷除，釋放囚犯，錄用正直的大臣都聽您裁決?！鄙蛞回炏氩贿€圣諭，宦官就叩頭，幾乎流血，沈一貫惶恐就交納了圣諭。當(dāng)時(shí)吏部尚書李戴、左都御史溫純希望馬上奉行，頒詔告知天下，刑部尚書蕭大亨則稱釋放囚犯必須再次奏請(qǐng)。不久，事情變化，太仆卿南企中彈劾李戴、蕭大亨不迅速遵奉皇帝的圣諭，啟用廢黜的官吏，釋放囚犯。皇帝惱怒，將兩件事都?jí)褐撇辉偈┬小．?dāng)皇帝想追回成命時(shí)，司禮太監(jiān)田義極力爭(zhēng)辯。田義勸諫更加急切，而宮中使者已經(jīng)拿著沈一貫所繳納的先前的圣諭回來了。后來田義見到沈一貫就唾棄地說“：你稍稍堅(jiān)持一下，礦稅就撤除了，膽怯什么！”從此大臣、言官上奏請(qǐng)求罷免礦稅使的人每天都有，皇帝皆不再聽從礦稅的禍害，于是橫行神宗一世。
皇帝自從病好了之后，政治更加廢弛。稅監(jiān)王朝、梁永、高淮等人橫征暴斂，許多奸詐的人乘機(jī)肆虐老百姓。沈一貫與沈鯉、朱賡共同撰寫奏章加以諷諫，又曾經(jīng)就事屢次爭(zhēng)辯，并且陳述用人與行政等事，皇帝不理?；实鄞蛞回灪芎茫?jīng)特別賜予敕令褒獎(jiǎng)他。沈一貫一向顧忌沈鯉，沈鯉也自以為講筵而受皇帝寵愛，不是由沈一貫引薦，不甘居其下，二人漸漸不和。禮部侍郎郭正域以文章的氣節(jié)著稱，沈鯉很器重他。都御史溫純、吏部侍郎楊時(shí)喬都以清廉自持相標(biāo)榜，沈一貫不喜歡他們。遇上郭正域提議剝奪呂本的謚號(hào)，沈一貫、朱賡與呂本是同鄉(xiāng)，壓制了他的提議。從此他更加厭惡郭正域以及沈鯉、溫純、楊時(shí)喬等人，而黨論逐漸興起。浙江人與公眾議論相違逆，由沈一貫開始。
萬歷三十一年(1603)，楚府的鎮(zhèn)國(guó)將軍華責(zé)力攻擊楚王華奎是假王。沈一貫收受了楚王的大量賄賂，指令通政司將此奏疏阻滯了一個(gè)多月，先呈進(jìn)華奎彈劾華責(zé)力的四條欺騙的罪狀。郭正域是楚人，很聽說了一些有關(guān)假王之事的傳聞，奏請(qǐng)皇帝勘探虛實(shí)以便審定罪案。沈一貫壓制此事。郭正域?qū)⒊跣匈V的事奏疏給皇帝，皇帝不理。等到撫按臣一起核查以及朝廷大臣們將議論集中奏報(bào)皇帝時(shí)，沈一貫又極力袒護(hù)楚王，唆使給事中錢夢(mèng)皋、楊應(yīng)文彈劾郭正域，勒令他回鄉(xiāng)聽候勘查；華責(zé)力等人都被治罪。郭正域登船尚未起航，而“妖書”的事情發(fā)生。沈一貫正懷恨郭正域與沈鯉，他的黨羽康丕揚(yáng)，錢夢(mèng)皋等人逮捕了僧侶達(dá)觀、醫(yī)師沈令譽(yù)等人，投入監(jiān)獄，竭力整治他們。沈一貫坐中主持，指令錦衣帥王之禎與康丕揚(yáng)將沈鯉的私宅大搜了三天，派兵圍困了郭正域的船，搜掠他的婢女、仆從、乳母，都沒有獲取他所要的證據(jù)。于是將白敫生光結(jié)案。兩件事在郭正域與楚王傳中都有記載。
開始，都御史溫純彈劾御史于永清和給事中姚文尉，話語稍稍涉及沈一貫。給事中鐘兆斗替沈一貫疏論溫純，御史湯兆京又彈劾鐘兆斗而認(rèn)為溫純行為正直。溫純十七次上奏請(qǐng)求離去，沈一貫佯裝竭力挽留溫純。到了乙巳年(1605)，對(duì)京城和朝廷的官員全面考察。溫純與楊時(shí)喬主持此事，錢夢(mèng)皋、鐘兆斗都在罷黜之列。沈一貫惱怒，上奏皇帝，將京察的奏疏留在宮中。此后很久，便將被察處的給事，御史全部留用，并同意溫純結(jié)束仕途而離去。因此，主事劉元珍、龐時(shí)雍，南京御史朱吾弼極力爭(zhēng)辯，稱統(tǒng)計(jì)二百多年的典制，沒有特加挽留的人。當(dāng)時(shí)南京考察的奏疏也留在宮中，后來迫于眾議才下發(fā)。沈一貫從此不被公論所看重，彈劾一天天增多，于是他稱病不出門。
萬歷三十四年(1606)七月，給事中陳嘉訓(xùn)、御史孫居相又接連彈劾他奸詐、貪婪。沈一貫惱恨，更加請(qǐng)求離去?；实厶嫠T免了陳嘉訓(xùn)，剝奪了孫居相的俸祿，同意沈一貫回鄉(xiāng)，沈鯉也同時(shí)被罷免。而唯獨(dú)沈一貫得到溫和的御旨，雖然朱賡袒護(hù)他，疏論者更加攻擊他有內(nèi)援。
沈一貫進(jìn)入內(nèi)閣，由王錫爵、趙志皋舉薦。輔政十三年，當(dāng)政四年，與清流議論相沖突，喜歡相同的意見，厭惡不同的。宗親、妖書、京察等三件事偏偏冒犯了天下大不韙之事，疏論者以為不齒，即使他的黨羽也因此受株連。沈一貫回鄉(xiāng)，諫言諸官仍追著彈劾不止，他的鄉(xiāng)里人也多受到世人的詆毀。沈一貫在位時(shí)，加封為少傅兼太子太傅、吏部尚書、建極殿大學(xué)士。在家居住十年后去世。贈(zèng)封太傅，謚號(hào)文恭。
萬歷二十二年(1594)，他出任南京禮部尚書，又受召見并任命為正史的副總裁，協(xié)助負(fù)責(zé)詹事府，他沒有到任。王錫爵、趙志皋、張位同處內(nèi)閣，又有圣旨要求推舉內(nèi)閣大臣。吏部推舉舊輔臣王家屏以及沈一貫等七個(gè)人。而皇帝正惱怒王家屏，就責(zé)備了尚書陳有年。陳有年稱病離去。沈一貫在家居住很久，向來就有清正的聲望，內(nèi)閣大臣又極力推薦他。于是詔令他任尚書兼東閣大學(xué)士，與陳于陛一道進(jìn)入內(nèi)閣，參與機(jī)要事務(wù)，皇帝指令行人到他家中請(qǐng)他。遇上朝廷議論允許日本受封并朝貢。沈一貫顧慮貢道由寧波辟出，成為鄉(xiāng)郡的禍患，極力陳述它的危害，朝貢的議論才終止。不久，王錫爵離去，陳于陛位居第三，每每執(zhí)意孤行。沈一貫性情柔和而城府很深，與趙志皋等共事很謹(jǐn)慎。此后，陳于陛死于任上，趙志皋病癱了很久，正在休假，張位因?yàn)橥扑]楊鎬和《憂危..議》的事情獲罪離去，沈一貫與張位曾經(jīng)私下致函楊鎬，被贊畫主事丁應(yīng)泰彈劾。張位上奏爭(zhēng)辯激怒了皇帝而遭罷免，沈一貫只是引咎自責(zé)，皇帝于是撫慰，挽留他。
當(dāng)時(shí)皇儲(chǔ)沒有確定，朝廷大臣爭(zhēng)執(zhí)了十多年也沒有決定。皇長(zhǎng)子十八歲時(shí)，奏請(qǐng)進(jìn)行冊(cè)立、加冠、完婚的提議更急迫?；实圬?zé)令戶部提供二千四百萬兩白銀，作為冊(cè)立、分封等典禮的費(fèi)用，以此使戶部為難。沈一貫再次上奏爭(zhēng)辯，皇帝不聽。萬歷二十八年(1600)，皇帝命令營(yíng)造慈慶宮給予皇長(zhǎng)子居住?？⒐r(shí)，告諭沈一貫草擬敕令昭示于禮官，呈交冊(cè)立、加冠、完婚以及諸王受封的禮儀。敕令呈入宮中，皇帝又留住而不下達(dá)。沈一貫上奏催促，皇帝卻說：“我因?yàn)樾〕贾x廷氵贊乘機(jī)邀功，所以暫停。等到皇長(zhǎng)子遷移住處后再施行?！弊罱K沒有舉行。第二年，貴妃的弟弟鄭國(guó)泰迫于眾人輿論請(qǐng)求冊(cè)立、加冠、完婚同時(shí)進(jìn)行。沈一貫于是再次草擬敕令請(qǐng)求皇帝下達(dá)給禮官準(zhǔn)備禮儀，沒有答復(fù)。朝廷的議論中有想先行加冠、完婚，后冊(cè)立的提議，沈一貫不同意，說：“沒有正名，就茍且成事，這是將儲(chǔ)君降為諸王。”遇上皇帝又頗為不省悟，下令當(dāng)天就舉行。九月十八日夜晚二更的時(shí)候，頒布詔書。最后皇帝又后悔，命令更改時(shí)間。沈一貫封好詔書將它還給皇帝，說：“我萬死不敢奉詔?！被实圻@才沒有中止冊(cè)立之事。十月十五日，完成了冊(cè)立的禮儀，當(dāng)時(shí)的輿論很稱道他。遇上趙志皋在九月去世，于是沈一貫屢次奏請(qǐng)?jiān)鎏韮?nèi)閣大臣。等到此時(shí)才選拔任用沈鯉、朱賡入閣，而事情都取決于沈一貫。不久，晉升為太子太保、戶部尚書、武英殿大學(xué)士。
自從沈一貫進(jìn)入內(nèi)閣，朝政已經(jīng)大為不同。數(shù)年之間，礦稅使四出成為百姓的禍害。他們誣陷、彈劾而逮捕、囚禁的人，都滯留在獄中。吏部奏疏請(qǐng)求起用因?yàn)閯裰G而被廢黜的各位大臣，同時(shí)考選科道官，皇帝長(zhǎng)久壓抑奏章而不下達(dá)，朝廷內(nèi)外大都觀望內(nèi)閣大臣。沈一貫等人多次勸諫，皇帝都不省悟。而且皇帝長(zhǎng)期不上朝廷，內(nèi)閣大臣屢次奏請(qǐng)，都沒有答復(fù)。沈一貫初輔政，面謝皇恩，只見了皇帝一次。東征與平定楊應(yīng)龍，皇帝再次御臨午門樓受理俘獲。沈一貫奏請(qǐng)陪同、侍候，賜予他面陳的機(jī)會(huì)，皇帝都不同意?；噬铣枷麻g的隔膜很大，沈一貫雖然小有救助，但大都是在皇帝和群臣之間調(diào)和，因此他的聲望逐漸減弱。
到了萬歷三十年(1602)二月，皇太子剛完成婚禮，皇帝忽然患病。急忙將諸位大臣召至仁德門，不久，唯獨(dú)命令沈一貫到啟祥宮后殿的西暖閣?；屎?、貴妃因病不在皇帝身邊侍候，皇太后面對(duì)南方站立而稍處皇帝之后，皇帝稍稍靠右，穿戴整齊地席地而坐，也面向南方，太子、諸王跪在跟前。沈一貫叩頭后起身、坐定，皇帝說“：先生請(qǐng)上前。我的病一天天嚴(yán)重，在位已經(jīng)很久，沒有遺憾。佳兒和佳婦托付給先生，希望輔佐他成為賢君。礦稅的事，我因?yàn)閷m殿的工程沒有完成，暫時(shí)收取它，現(xiàn)在可以與江南的織造、江西的陶器一起停止不再進(jìn)行，所派遣的太監(jiān)都下令返回京都。法司釋放長(zhǎng)期關(guān)押的囚犯，勸諫而被治罪的諸位大臣都恢復(fù)官職，給事中、御史都按所奏請(qǐng)的補(bǔ)充、任用。我只見先生這一次了?！闭f完就臥倒了。沈一貫哭泣，太后、太子、諸王都哭泣。沈一貫又奏請(qǐng)：“現(xiàn)在尚書多人請(qǐng)求離去，請(qǐng)皇帝決定去留。”皇帝留下了戶部的陳蕖、兵部的田樂，而因祖陵的要道沖決，削奪了工部楊一魁的官籍。沈一貫再次叩首，出宮擬旨呈進(jìn)。當(dāng)晚，內(nèi)閣大臣和九卿都在朝房中值夜班。半夜三更，宮中使者捧來告諭，都如皇帝對(duì)沈一貫所說的話。諸位大臣都很高興。
第二天，皇帝的病好了，后悔此事。宮中使者二十多人到內(nèi)閣中取先前的告諭，稱礦稅不可以罷除，釋放囚犯，錄用正直的大臣都聽您裁決?！鄙蛞回炏氩贿€圣諭，宦官就叩頭，幾乎流血，沈一貫惶恐就交納了圣諭。當(dāng)時(shí)吏部尚書李戴、左都御史溫純希望馬上奉行，頒詔告知天下，刑部尚書蕭大亨則稱釋放囚犯必須再次奏請(qǐng)。不久，事情變化，太仆卿南企中彈劾李戴、蕭大亨不迅速遵奉皇帝的圣諭，啟用廢黜的官吏，釋放囚犯。皇帝惱怒，將兩件事都?jí)褐撇辉偈┬小．?dāng)皇帝想追回成命時(shí)，司禮太監(jiān)田義極力爭(zhēng)辯。田義勸諫更加急切，而宮中使者已經(jīng)拿著沈一貫所繳納的先前的圣諭回來了。后來田義見到沈一貫就唾棄地說“：你稍稍堅(jiān)持一下，礦稅就撤除了，膽怯什么！”從此大臣、言官上奏請(qǐng)求罷免礦稅使的人每天都有，皇帝皆不再聽從礦稅的禍害，于是橫行神宗一世。
皇帝自從病好了之后，政治更加廢弛。稅監(jiān)王朝、梁永、高淮等人橫征暴斂，許多奸詐的人乘機(jī)肆虐老百姓。沈一貫與沈鯉、朱賡共同撰寫奏章加以諷諫，又曾經(jīng)就事屢次爭(zhēng)辯，并且陳述用人與行政等事，皇帝不理?；实鄞蛞回灪芎茫?jīng)特別賜予敕令褒獎(jiǎng)他。沈一貫一向顧忌沈鯉，沈鯉也自以為講筵而受皇帝寵愛，不是由沈一貫引薦，不甘居其下，二人漸漸不和。禮部侍郎郭正域以文章的氣節(jié)著稱，沈鯉很器重他。都御史溫純、吏部侍郎楊時(shí)喬都以清廉自持相標(biāo)榜，沈一貫不喜歡他們。遇上郭正域提議剝奪呂本的謚號(hào)，沈一貫、朱賡與呂本是同鄉(xiāng)，壓制了他的提議。從此他更加厭惡郭正域以及沈鯉、溫純、楊時(shí)喬等人，而黨論逐漸興起。浙江人與公眾議論相違逆，由沈一貫開始。
萬歷三十一年(1603)，楚府的鎮(zhèn)國(guó)將軍華責(zé)力攻擊楚王華奎是假王。沈一貫收受了楚王的大量賄賂，指令通政司將此奏疏阻滯了一個(gè)多月，先呈進(jìn)華奎彈劾華責(zé)力的四條欺騙的罪狀。郭正域是楚人，很聽說了一些有關(guān)假王之事的傳聞，奏請(qǐng)皇帝勘探虛實(shí)以便審定罪案。沈一貫壓制此事。郭正域?qū)⒊跣匈V的事奏疏給皇帝，皇帝不理。等到撫按臣一起核查以及朝廷大臣們將議論集中奏報(bào)皇帝時(shí)，沈一貫又極力袒護(hù)楚王，唆使給事中錢夢(mèng)皋、楊應(yīng)文彈劾郭正域，勒令他回鄉(xiāng)聽候勘查；華責(zé)力等人都被治罪。郭正域登船尚未起航，而“妖書”的事情發(fā)生。沈一貫正懷恨郭正域與沈鯉，他的黨羽康丕揚(yáng)，錢夢(mèng)皋等人逮捕了僧侶達(dá)觀、醫(yī)師沈令譽(yù)等人，投入監(jiān)獄，竭力整治他們。沈一貫坐中主持，指令錦衣帥王之禎與康丕揚(yáng)將沈鯉的私宅大搜了三天，派兵圍困了郭正域的船，搜掠他的婢女、仆從、乳母，都沒有獲取他所要的證據(jù)。于是將白敫生光結(jié)案。兩件事在郭正域與楚王傳中都有記載。
開始，都御史溫純彈劾御史于永清和給事中姚文尉，話語稍稍涉及沈一貫。給事中鐘兆斗替沈一貫疏論溫純，御史湯兆京又彈劾鐘兆斗而認(rèn)為溫純行為正直。溫純十七次上奏請(qǐng)求離去，沈一貫佯裝竭力挽留溫純。到了乙巳年(1605)，對(duì)京城和朝廷的官員全面考察。溫純與楊時(shí)喬主持此事，錢夢(mèng)皋、鐘兆斗都在罷黜之列。沈一貫惱怒，上奏皇帝，將京察的奏疏留在宮中。此后很久，便將被察處的給事，御史全部留用，并同意溫純結(jié)束仕途而離去。因此，主事劉元珍、龐時(shí)雍，南京御史朱吾弼極力爭(zhēng)辯，稱統(tǒng)計(jì)二百多年的典制，沒有特加挽留的人。當(dāng)時(shí)南京考察的奏疏也留在宮中，后來迫于眾議才下發(fā)。沈一貫從此不被公論所看重，彈劾一天天增多，于是他稱病不出門。
萬歷三十四年(1606)七月，給事中陳嘉訓(xùn)、御史孫居相又接連彈劾他奸詐、貪婪。沈一貫惱恨，更加請(qǐng)求離去?；实厶嫠T免了陳嘉訓(xùn)，剝奪了孫居相的俸祿，同意沈一貫回鄉(xiāng)，沈鯉也同時(shí)被罷免。而唯獨(dú)沈一貫得到溫和的御旨，雖然朱賡袒護(hù)他，疏論者更加攻擊他有內(nèi)援。
沈一貫進(jìn)入內(nèi)閣，由王錫爵、趙志皋舉薦。輔政十三年，當(dāng)政四年，與清流議論相沖突，喜歡相同的意見，厭惡不同的。宗親、妖書、京察等三件事偏偏冒犯了天下大不韙之事，疏論者以為不齒，即使他的黨羽也因此受株連。沈一貫回鄉(xiāng)，諫言諸官仍追著彈劾不止，他的鄉(xiāng)里人也多受到世人的詆毀。沈一貫在位時(shí)，加封為少傅兼太子太傅、吏部尚書、建極殿大學(xué)士。在家居住十年后去世。贈(zèng)封太傅，謚號(hào)文恭。
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