周起元，字仲先，海澄人。萬歷二十八年(1600)鄉(xiāng)試考中第一名，第二年成為進(jìn)士。歷任浮梁、南昌知府，以仁愛廉潔著稱。
奉旨召見進(jìn)入北京，授湖廣道御史。正在等候命令，趕上考核京官。御史劉國縉懷疑鄭繼芳的假信出自周起元、李邦華、李炳恭、徐縉芳、徐良彥的手筆，于是稱他們?yōu)椤拔骞怼?，鄭繼芳也被列入奏疏中。周起元憤怒了，上疏自我表白。過了二年，御史的任命才傳達(dá)下來。
恰巧太仆少卿徐兆魁因?yàn)楣魱|林黨人被錢春彈劾，周起元也上疏彈劾他。奸詐小人劉世學(xué)這人，是誠意伯劉藎臣的堂祖父，上疏詆毀顧憲成。周起元很氣憤，極力駁斥他的荒謬。劉藎臣于是攻擊周起元，更加詆毀顧憲成。周起元再次上疏極力辯論，他的同僚翠鳳羽中、余懋衡、徐良彥、魏云中、李邦華、王時(shí)熙、潘之祥也輪流逐條辯論?；实蹖⒁铝畲秳⑹缹W(xué)，劉世學(xué)于是逃走了。吏部侍郎方從哲由宮中傳旨起用，周起元極力說不行，并指責(zé)給事中亓詩教、周永春，吏部侍郎李養(yǎng)正、郭士望等人。吏部尚書趙煥出巡云中，王時(shí)熙在外地。周起元彈劾他違抗旨令、獨(dú)攬大權(quán)，被定罪停發(fā)俸祿。趙煥離職，鄭繼之代替，又任用潘之祥和張健。周起元也上疏檢舉駁正，于是說張光房等五人不應(yīng)當(dāng)摒棄在官衙之外。跟黨人意見不和，忌恨他的人越來越多。
不久巡撫陜西，很有風(fēng)采。終于因?yàn)闁|林黨的緣故，出任廣西參議，分道巡守右江道。柳州發(fā)生大饑荒，各地盜賊紛紛涌現(xiàn)，周起元一個(gè)人騎著馬去招撫各盜賊，盡最大的努力救濟(jì)饑民。改官四川副使，未到任。恰好遼陽失陷，朝廷議論通州是軍事要地，應(yīng)設(shè)置監(jiān)司，于是命令周起元以參政的身份統(tǒng)領(lǐng)它。
天啟三年(1623)，他進(jìn)入朝廷擔(dān)任太仆少卿。不久提拔為右僉都御史，巡撫蘇州、松江等十府。公正廉潔、愛惜人民，沒有拿一根絲、一粒糧。遭遇大水災(zāi)，千方百計(jì)地救濟(jì)災(zāi)民，人民忘記了貧困。織造中官李實(shí)一向貪財(cái)而橫行霸道，任意增加定額，放縱地索取。蘇州同知楊姜管理本府事務(wù)，李實(shí)恨他不屈服，收集其他材料彈劾他。周起元到任，立即替楊姜伸冤，并且上疏清除蛀蟲七件事，言詞很多涉及到李實(shí)。李實(shí)想要楊姜向他行臣屬的禮節(jié)，再次上疏誣告并逮捕他。周起元又一次上疏替楊姜昭雪，更加中肯直率。魏忠賢庇護(hù)李實(shí)，下了道嚴(yán)厲的圣旨譴責(zé)周起元，命令趕快上報(bào)楊姜貪污的情形。周起元更加稱頌楊姜廉潔謹(jǐn)慎，詆毀李實(shí)造謠誹謗，于是承擔(dān)罪責(zé)乞求離職。魏忠賢大怒，假傳圣旨將楊姜貶斥為平民。周起元又彈劾李實(shí)貪財(cái)放縱，不遵守法令的幾件事，而請求寬大處理?xiàng)罱?。李?shí)因此威風(fēng)掃地，而魏忠賢也因此將周起元懷恨不已。分守參政的朱童蒙，早先是兵科都給事中，因?yàn)楣羿u元標(biāo)講學(xué)而被調(diào)往外地，喪失理智，瘋狂殘暴，每次外出，都鞭打幾十人，血肉狼藉。周起元想檢舉他，朱童蒙就稱病離職，周起元于是列舉他貪財(cái)暴虐的情形，讓別人知道。魏忠賢于是假傳圣旨剝奪周起元官籍，提拔朱童蒙為京卿。
天啟六年(1626)二月，魏忠賢想殺高攀龍、周順昌、繆昌期、黃尊素、李應(yīng)升、周宗建等六人，拿李實(shí)沒有蓋印的奏疏，命令他的黨徒李永貞、李朝欽誣陷周起元當(dāng)巡撫貪污國家錢財(cái)十多萬兩銀子，每天跟高攀龍等人來往講學(xué)，因而在中間煽動(dòng)。假傳圣旨逮捕周起元，到京時(shí)周順昌等人已在牢里死了。許顯純嚴(yán)刑拷問，竟然招出同李實(shí)的奏疏所說，藏贓款十萬兩。賣掉所有值錢的東西都不足此數(shù)，親戚朋友也多由此破產(chǎn)。九月死于獄中，江蘇及其家鄉(xiāng)的官民沒有不悲傷的。
莊烈皇帝即位，贈(zèng)封兵部右侍郎，讓他的一個(gè)兒子做官。南明福王時(shí)，追加謚號為忠惠。
奉旨召見進(jìn)入北京，授湖廣道御史。正在等候命令，趕上考核京官。御史劉國縉懷疑鄭繼芳的假信出自周起元、李邦華、李炳恭、徐縉芳、徐良彥的手筆，于是稱他們?yōu)椤拔骞怼?，鄭繼芳也被列入奏疏中。周起元憤怒了，上疏自我表白。過了二年，御史的任命才傳達(dá)下來。
恰巧太仆少卿徐兆魁因?yàn)楣魱|林黨人被錢春彈劾，周起元也上疏彈劾他。奸詐小人劉世學(xué)這人，是誠意伯劉藎臣的堂祖父，上疏詆毀顧憲成。周起元很氣憤，極力駁斥他的荒謬。劉藎臣于是攻擊周起元，更加詆毀顧憲成。周起元再次上疏極力辯論，他的同僚翠鳳羽中、余懋衡、徐良彥、魏云中、李邦華、王時(shí)熙、潘之祥也輪流逐條辯論?；实蹖⒁铝畲秳⑹缹W(xué)，劉世學(xué)于是逃走了。吏部侍郎方從哲由宮中傳旨起用，周起元極力說不行，并指責(zé)給事中亓詩教、周永春，吏部侍郎李養(yǎng)正、郭士望等人。吏部尚書趙煥出巡云中，王時(shí)熙在外地。周起元彈劾他違抗旨令、獨(dú)攬大權(quán)，被定罪停發(fā)俸祿。趙煥離職，鄭繼之代替，又任用潘之祥和張健。周起元也上疏檢舉駁正，于是說張光房等五人不應(yīng)當(dāng)摒棄在官衙之外。跟黨人意見不和，忌恨他的人越來越多。
不久巡撫陜西，很有風(fēng)采。終于因?yàn)闁|林黨的緣故，出任廣西參議，分道巡守右江道。柳州發(fā)生大饑荒，各地盜賊紛紛涌現(xiàn)，周起元一個(gè)人騎著馬去招撫各盜賊，盡最大的努力救濟(jì)饑民。改官四川副使，未到任。恰好遼陽失陷，朝廷議論通州是軍事要地，應(yīng)設(shè)置監(jiān)司，于是命令周起元以參政的身份統(tǒng)領(lǐng)它。
天啟三年(1623)，他進(jìn)入朝廷擔(dān)任太仆少卿。不久提拔為右僉都御史，巡撫蘇州、松江等十府。公正廉潔、愛惜人民，沒有拿一根絲、一粒糧。遭遇大水災(zāi)，千方百計(jì)地救濟(jì)災(zāi)民，人民忘記了貧困。織造中官李實(shí)一向貪財(cái)而橫行霸道，任意增加定額，放縱地索取。蘇州同知楊姜管理本府事務(wù)，李實(shí)恨他不屈服，收集其他材料彈劾他。周起元到任，立即替楊姜伸冤，并且上疏清除蛀蟲七件事，言詞很多涉及到李實(shí)。李實(shí)想要楊姜向他行臣屬的禮節(jié)，再次上疏誣告并逮捕他。周起元又一次上疏替楊姜昭雪，更加中肯直率。魏忠賢庇護(hù)李實(shí)，下了道嚴(yán)厲的圣旨譴責(zé)周起元，命令趕快上報(bào)楊姜貪污的情形。周起元更加稱頌楊姜廉潔謹(jǐn)慎，詆毀李實(shí)造謠誹謗，于是承擔(dān)罪責(zé)乞求離職。魏忠賢大怒，假傳圣旨將楊姜貶斥為平民。周起元又彈劾李實(shí)貪財(cái)放縱，不遵守法令的幾件事，而請求寬大處理?xiàng)罱?。李?shí)因此威風(fēng)掃地，而魏忠賢也因此將周起元懷恨不已。分守參政的朱童蒙，早先是兵科都給事中，因?yàn)楣羿u元標(biāo)講學(xué)而被調(diào)往外地，喪失理智，瘋狂殘暴，每次外出，都鞭打幾十人，血肉狼藉。周起元想檢舉他，朱童蒙就稱病離職，周起元于是列舉他貪財(cái)暴虐的情形，讓別人知道。魏忠賢于是假傳圣旨剝奪周起元官籍，提拔朱童蒙為京卿。
天啟六年(1626)二月，魏忠賢想殺高攀龍、周順昌、繆昌期、黃尊素、李應(yīng)升、周宗建等六人，拿李實(shí)沒有蓋印的奏疏，命令他的黨徒李永貞、李朝欽誣陷周起元當(dāng)巡撫貪污國家錢財(cái)十多萬兩銀子，每天跟高攀龍等人來往講學(xué)，因而在中間煽動(dòng)。假傳圣旨逮捕周起元，到京時(shí)周順昌等人已在牢里死了。許顯純嚴(yán)刑拷問，竟然招出同李實(shí)的奏疏所說，藏贓款十萬兩。賣掉所有值錢的東西都不足此數(shù)，親戚朋友也多由此破產(chǎn)。九月死于獄中，江蘇及其家鄉(xiāng)的官民沒有不悲傷的。
莊烈皇帝即位，贈(zèng)封兵部右侍郎，讓他的一個(gè)兒子做官。南明福王時(shí)，追加謚號為忠惠。
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