戴維斯身為戰(zhàn)時總統(tǒng)，令他常常感到困擾的是南部各州領導人不愿聽命于中央政府。為了保護各自地盤，執(zhí)意不愿為邦聯(lián)軍隊作戰(zhàn)貢獻人力物力。不過，戴維斯的絕大多數(shù)問題源于其本人個性。此人生性驕傲自大，教條頑固，對他人主動提出批評建議常懷恨在心，一心想將邦聯(lián)總司令與陸軍司令二職一人獨攬。戴維斯意圖在大小軍事戰(zhàn)略決策上獨斷專行，以自認為合適的方式作戰(zhàn)。其舊日好友陸軍副官長塞繆爾·庫珀（Samuel Cooper）雖然身為邦聯(lián)軍中級別最高的將領，但因年事已高，對戴維斯鮮有幫助。此外，庫珀的北部背景也令其長期以來一直成為戴維斯的懷疑對象。
隨著進入1862年，戰(zhàn)事不如想象般進展順利，戴維斯因此成為批評的對象。他于是要求邦聯(lián)國會設立陸軍司令一職。然而當議員們奉命行事時，戴維斯卻以侵犯總統(tǒng)權力為名否決了這一提案，隨后自作主張，設立軍事顧問一職，并提名羅伯特·E·李擔任該職，但是強調(diào)李下令進行的一切軍事行動必須得到他本人的批準。李不久便辭去顧問一職，出任北弗吉尼亞兵團戰(zhàn)區(qū)司令。而戴維斯竟然讓軍事顧問一職空缺達20個月之久，不向手下征求任何職業(yè)指導，戰(zhàn)事完全由自己獨斷專行。實際上，由于戴維斯對陸軍部長的職責和決定橫加干涉，到頭來幾乎與所有將領都發(fā)生過爭執(zhí)，因此在四年里竟走馬燈似的更換了五任陸軍部長。
1864年，眼看戰(zhàn)局每況愈下，戴維斯終于設立參謀長一職。然而，他卻將這一職務授予了布拉克斯頓·布拉格（Braxton Bragg）將軍（后者因1862年和1863年在田納西州屢次犯錯而備受詬?。?，這也體現(xiàn)出他任人唯親的特點。布拉格從未挑戰(zhàn)過戴維斯的權威，因此這位總統(tǒng)大人繼續(xù)指揮著戰(zhàn)略和邦聯(lián)野戰(zhàn)部隊的所有行動。
最終，當1865年2月邦聯(lián)面臨兵敗之際，國會方才正式成立陸軍司令辦公室，號令全軍。戴維斯任命李出任該職。但由于其早已聲明陸軍司令必須聽命于總司令，李自然不會挑戰(zhàn)這一立場。因此，內(nèi)戰(zhàn)期間的軍事事務自始至終由戴維斯一人把持。
由此看來，戴維斯的戰(zhàn)時指揮與亞伯拉罕·林肯的戰(zhàn)爭領導藝術截然不同。不僅未展現(xiàn)出絲毫戰(zhàn)略眼光與政治魅力，也沒有對指揮參謀機構的發(fā)展起到任何推動作用。誠然，南部的軍事失敗不能完全歸咎于戴維斯一人，但他在邦聯(lián)軍事事務指揮上固執(zhí)己見，不能容忍任何中肯的批評建議，并拒絕分享指揮決定權，不能不說這是導致南部在1865年戰(zhàn)敗的一個重要原因。
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