針對這種情況，1949年通過了《國家安全法修正案》。該法案將國家軍事機構變成國防部，使之成為行政部門。國防部長具有正式內閣部長級別，各軍種部長歸國防部長管轄，領導軍事而非行政部門。各軍種部長由此不再具備內閣部長級別，不再在國家安全委員會擁有席位。參謀長聯(lián)席會議增設主席一職，主席雖然不具備投票權，但作為事實上的總統(tǒng)軍事顧問。參謀長聯(lián)席會議繼續(xù)保留作為顧問與協(xié)調職能機構（1952年增設海軍陸戰(zhàn)隊司令）。
至此，責任總算是得到了明確劃分（至少在理論上如此）：總統(tǒng)作為總司令處于最高級別，內閣成員級別的國防部長位居其下，陸、海、空三軍部長位于國防部長之下，在各部長之下是三個單獨的參謀長。雖然1947年和1949年先后出臺的這些法案在最高指揮層面仍然留有某些含糊不清的組織關系，但這一系列行政變革終于使美國各軍種明白無誤地歸于國防部長這樣一個內閣級別文職官員的單獨領導之下。
即便如此，這些重組法案并未能如政策制定者所愿消除軍種間的對立問題。1949年，原海軍部長及首任國防部長詹姆斯·V·弗萊斯特（James V. Forrestal）因精神失常辭職。杜魯門總統(tǒng)任命路易斯·A·約翰遜（Louis A. Johnson）接任。約翰遜來自西弗吉尼亞州，出身律師，為人夸夸其談且具有總統(tǒng)野心，此外還是一個堅定的空軍支持者。不過，海軍部長約翰·L·沙利文（John L. Sullivan）可沒有約翰遜那樣喜歡空軍。沙利文認為依賴載有原子彈彈頭的B-36轟炸機作為美國軍火庫首選反應武器過于魯莽。他為此在1949年4月批準建造6.5萬噸的超級航母“合眾國”（United States）號?！昂媳妵碧枌⒊蔀橐凰叶嘤猛揪扌蛻?zhàn)艦，能夠發(fā)射并回收具備核戰(zhàn)能力的飛機，為海軍在今后數(shù)年內的戰(zhàn)略職責指明方向。
“合眾國”號開始動工僅僅五天，約翰遜便在未征求沙利文意見的情況下擅自取消建造合同，并且將現(xiàn)役航空母艦數(shù)量從8艘削減至4艘，航空大隊從14個減為6個。約翰遜下定決心要將海軍和海軍陸戰(zhàn)隊的航空隊統(tǒng)統(tǒng)并入空軍以節(jié)省經費，達到“真正的統(tǒng)一”。約翰遜擅自取消航母建造合同，并且做出其他種種苛刻舉動，這分明是對海軍的挑釁。
眾議院武裝部隊委員會隨后召開聽證會。聽證會由海軍的老朋友和支持者，來自佐治亞州的卡爾·文森（Carl Vinson）主持。由于約翰遜和空軍曾經揚言單憑原子彈和B-36轟炸機便可保證國家安全，因此與會海軍現(xiàn)役與退役高級將領（包括金、尼米茲、哈爾西和斯普魯恩斯等海軍上將）對此展開猛烈抨擊。在這場“海軍上將倒戈”事件中，海軍將領們的攻擊矛頭還對準了約翰遜與B-36制造公司之間的私人財務關系。約翰·L·沙利文為了抗議約翰遜取消航母合同，毅然辭職。杜魯門總統(tǒng)任命弗朗西斯·P·馬修斯（Francis P. Matthews）擔任新一任海軍部長。馬修斯原先是內布拉斯加州的一位銀行家，毫無海軍事務背景。他站在約翰遜一邊，以支持海軍同僚為由頭，將海軍作戰(zhàn)部長路易斯·E·登菲爾德（Louis E. Denfield）撤職。
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