北大學(xué)生得知蔡元培辭職的消息后，立即召集代表會(huì)議，議決致函傅增湘，要求“萬勿允準(zhǔn)辭職”，“以維學(xué)務(wù)而平輿情”。
北大教職員亦召開全體會(huì)議，作出“如蔡不留，即一致總辭職”的決議，并推舉李大釗、馬敘倫、馬寅初等8人為代表赴教育部，要求政府挽留蔡先生。
在聲勢(shì)浩大、長(zhǎng)達(dá)數(shù)月的北大師生的挽留中，蔡元培又回了北大。但改革之初的甜蜜和寧靜仿佛不復(fù)再有，改革巔峰的繁華和美景也仿佛不復(fù)再有。
許多年之后，蔡元培在《我在北京大學(xué)的經(jīng)歷》一文中寫道：我對(duì)于學(xué)生運(yùn)動(dòng)素有一種成見，以為學(xué)生在學(xué)校里面應(yīng)以求學(xué)為第一目的，不應(yīng)有何等政治的組織。年在20歲以上者，對(duì)于組織有特殊興趣者，可以個(gè)人資格參加政治團(tuán)體，不必牽涉學(xué)校。
蔡元培認(rèn)為，學(xué)生在大學(xué)里，研究學(xué)問始終是第一位的，始終不愿學(xué)生涉足政治。正如前文所提，早在1917年1月9日，他在北大發(fā)表首次演說就提到：“大學(xué)是研究高深學(xué)問的地方，學(xué)生進(jìn)大學(xué)不應(yīng)仍抱科舉時(shí)代思想，以大學(xué)為取得官吏資格之機(jī)關(guān)。應(yīng)當(dāng)以研究學(xué)術(shù)為天責(zé)，不當(dāng)以大學(xué)為升官發(fā)財(cái)之階梯。必須抱定為求學(xué)而來之正大宗旨，才能步入正軌?！?/p>
他本人在北大也不想涉足政治。1917年3月15日，蔡元培擔(dān)任北大校長(zhǎng)不久，在寫給汪精衛(wèi)的信里說：“弟進(jìn)京后，受各政團(tuán)招待時(shí)，竟老實(shí)揭出不涉政界的決心?！?918年1月14日，他寫信給吳稚暉：“弟雖在京師，然誓不與聞?wù)?，至今已成?xí)慣，惟校務(wù)太忙，無暇讀書，亦終日為人役耳?！?925年5月13日，他給胡適回信：“承示北大當(dāng)確定方針，純從研究學(xué)問方面進(jìn)行，弟極端贊同?！彼f的是肺腑之言，也是他一直想做的，卻因時(shí)局的動(dòng)蕩，始終沒有做到。
1924年12月4日，他給北大畢業(yè)的傅斯年、羅家倫寫信，口口聲聲自稱“弟”，而不是以師長(zhǎng)自居，說到北大，他說：“校中同人往往誤以‘天之功’一部分歸諸弟，而視弟之進(jìn)退為有重要之關(guān)系。在弟個(gè)人觀察實(shí)并不如此……然弟始終注重在‘研究學(xué)術(shù)’方面之提倡，于其它對(duì)外發(fā)展諸端，純?nèi)挥扇舾山虇T與若干學(xué)生隨其個(gè)性所趨而自由申張，弟不過不加以阻力，非有所助力也……現(xiàn)在如國(guó)學(xué)研究所等，稍稍有‘研究’之雛形者，仍恃有幾許教員、幾許學(xué)生循其個(gè)性所趨而自由申張，弟亦非有所助力也?！?/p>
他說自己研究學(xué)術(shù)的興趣隨年而增加，所以也鼓勵(lì)學(xué)生研究學(xué)術(shù)。但他從不主張學(xué)生死讀書，而是支持學(xué)生參加各種社團(tuán)活動(dòng)。認(rèn)為通過學(xué)生自治，“由學(xué)生傳之各地方，一定可以提起國(guó)民自治的精神”。傅斯年、羅家倫以后分別做過北大、清華的校長(zhǎng)， 當(dāng)年都是學(xué)生社團(tuán)的積極分子，也是五四游行的發(fā)起者。
提倡學(xué)生參與社團(tuán)，蔡元培還有一個(gè)用意，就是針對(duì)腐敗的舊習(xí)慣。他在《我在教育界的經(jīng)驗(yàn)》中自述：提倡進(jìn)德會(huì)（此會(huì)為明國(guó)元年吳稚暉、李、張溥泉、汪精衛(wèi)諸君發(fā)起，有不賭、不嫖、不娶妾的三條基本戒；又有不作官吏、不作議員、不飲酒、不食肉、不吸煙的五條選認(rèn)戒），以挽奔競(jìng)及游蕩的舊習(xí)；助成體育會(huì)、音樂會(huì)、畫法研究會(huì)、書法研究會(huì)，以供正當(dāng)?shù)南?；成立消費(fèi)公社、學(xué)生銀行、校役夜班、平民學(xué)校、平民講演團(tuán)與《新潮》等雜志，以發(fā)揚(yáng)學(xué)生自動(dòng)的精神，養(yǎng)成服務(wù)社會(huì)的能力。
據(jù)當(dāng)年的學(xué)生顧頡剛后來回憶：“北大學(xué)生本來毫無組織，蔡先生來后，就把每班的班長(zhǎng)召來，勸他們每一系成立一個(gè)學(xué)會(huì)……靠了蔡先生的敦促和領(lǐng)導(dǎo)，以及學(xué)校在經(jīng)費(fèi)上的幫助，許多會(huì)居然組織起來了。不但每系有會(huì)，而且書法研究會(huì)、畫法研究會(huì)、音樂會(huì)、辯論會(huì)、武術(shù)會(huì)、靜坐會(huì)……校中盡有消遣的地方，打牌聽?wèi)虻呐d致也就減少了許多?！?/p>
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