1918年初，畫家陳衡恪到北大作講座，之后成立了“畫法研究會(huì)”。2月4日，蔡元培寫給陳衡恪的信中說(shuō)：“日前承臨校講演，同人甚為感動(dòng)?，F(xiàn)在報(bào)名于畫法研究會(huì)者，已有七十余人。擬刻期開辦，惟會(huì)章須請(qǐng)先生審定，然后
宣布?！?/p>
同年10月20日，北大學(xué)生鄧中夏、許德珩、段錫朋、周炳琳等發(fā)起“國(guó)民社”，蔡元培親自出席成立大會(huì)，并為《國(guó)民》創(chuàng)刊號(hào)寫序。12月3日，北大學(xué)生傅斯年、羅家倫、毛子水、俞平伯、顧頡剛、朱自清、馮友蘭等成立新潮社，出版《新潮》雜志，蔡元培親自題寫刊名，經(jīng)他和陳獨(dú)秀同意，由學(xué)校墊付印刷費(fèi)，提供北大紅樓一層二十二號(hào)作為社址，發(fā)行也由學(xué)校出版部兼辦。
據(jù)羅家倫回憶，蔡先生這個(gè)人雖然懦懦弱弱、有求必應(yīng)，但是在大節(jié)上面確實(shí)很強(qiáng)硬。有人拿了《新潮》雜志給總統(tǒng)徐世昌，徐發(fā)現(xiàn)里面有一篇《女子貞操問(wèn)題》，大怒，說(shuō)：“現(xiàn)在青年思想到這個(gè)地步，還得了！”立刻把傅增湘找來(lái)，說(shuō)要查辦北大。傅增湘授意蔡先生，要他辭退復(fù)古派眼里的“北大四兇”陳獨(dú)秀、胡適、傅斯年、羅家倫，他始終不肯，并以去就力爭(zhēng)。
其實(shí)，北大既有主張白話文、新思潮的《新潮》，也有主張文言文、昌明中國(guó)固有學(xué)術(shù)的《國(guó)故》，由劉師培、黃侃等老師支持部分學(xué)生創(chuàng)辦，同樣得到校方支持。1919年4月2日，蔡元培在回復(fù)傅增湘的信中說(shuō)：“敝校一部分學(xué)生所組之《新潮》出版以后，又有《國(guó)故》之發(fā)行，新舊共張，無(wú)所缺倚。在學(xué)生則隨其好尚，各尊所聞。當(dāng)事之員，亦甚愿百慮殊途，不拘一格以容納之。局外人每于大學(xué)內(nèi)情有誤會(huì)之處……大學(xué)兼容并包之宗旨，實(shí)為國(guó)學(xué)發(fā)展之資。”
“教授治校，此為北大之特長(zhǎng)”
1919年5月10日，蔡元培辭職南下后，在致北大同學(xué)的信中說(shuō)：“北京大學(xué)之教授會(huì)，已有成效，教務(wù)處亦已組成，校長(zhǎng)一人之去留，決無(wú)妨于校務(wù)。”
蔡元培擔(dān)負(fù)北大校長(zhǎng)名義10年，實(shí)際在校時(shí)間合計(jì)不過(guò)5年半。他離校期間，北大按他確定的辦學(xué)方針運(yùn)轉(zhuǎn)正常，固然靠蔣夢(mèng)麟、胡適這些人，同樣重要甚至更重要的是他奠定的教授治校制度。
曾為北大教授的顧孟余回憶：“先生長(zhǎng)北大數(shù)年，以政治環(huán)境關(guān)系，在校之時(shí)少，而離校之時(shí)多。離校之時(shí)，校務(wù)不但不陷停頓，且能依計(jì)劃以進(jìn)行者，則以先生已樹立評(píng)議會(huì)及各種委員會(huì)等之制度，決定政策，以分工方法，處理各種興革事宜。然而非校長(zhǎng)之清公雅量，則此制度不克成立；非師生絕對(duì)信賴校長(zhǎng)，此制度不易推行也?！?/p>
早在1912年，蔡元培在教育總長(zhǎng)任上頒行的《大學(xué)令》，即規(guī)定大學(xué)要建立評(píng)議會(huì)、教授會(huì)，并對(duì)其權(quán)限作了相應(yīng)規(guī)定。1917年，他主持創(chuàng)立北大評(píng)議會(huì)，作為全校最高立法機(jī)構(gòu)和權(quán)力機(jī)構(gòu)。校長(zhǎng)和各科學(xué)長(zhǎng)為當(dāng)然評(píng)議員，教授代表按文、理、法、工各科的本科和預(yù)科分別推舉兩人。胡適、沈尹默、陶孟和等14人成為第—屆評(píng)議會(huì)中的教授代表。李書華教授回憶：“我曾被選作過(guò)評(píng)議員，目睹開會(huì)時(shí)對(duì)于各種議案的爭(zhēng)辯，有時(shí)極為激烈?！?/p>
按蔡元培的設(shè)想，學(xué)校的行政、教務(wù)和事務(wù)三方面需分別設(shè)立委員會(huì)，由相關(guān)教授為委員。他說(shuō)：“照此辦法，學(xué)校的內(nèi)部，組織完備，無(wú)論何人來(lái)任校長(zhǎng)，都不能任意辦事。即使照德國(guó)辦法，一年換一個(gè)校長(zhǎng)，還成問(wèn)題嗎？”
1919年12月，北大通過(guò)內(nèi)部組織試行章程，規(guī)定評(píng)議會(huì)仍為全校最高立法機(jī)關(guān)和權(quán)力機(jī)關(guān)，同時(shí)建立以下幾個(gè)機(jī)構(gòu)：（一）行政會(huì)議，作為全校最高行政機(jī)構(gòu)和執(zhí)行機(jī)關(guān)，負(fù)責(zé)實(shí)施評(píng)議會(huì)議決的事項(xiàng)，成員以教授為限。（二）教務(wù)會(huì)議及教務(wù)處，由各學(xué)系主任組成，負(fù)責(zé)全校的教學(xué)工作。馬寅初、顧孟余、胡適等先后擔(dān)任過(guò)教務(wù)長(zhǎng)。（三）總務(wù)處，主管全校的人事和事務(wù)工作。
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