雞籠淡水的地位或角色，在其中也就格外曖昧了。一方面，它是?？芫蹏[之地，明朝不但無法有效統(tǒng)治，而且還視之為敵區(qū)。所以「雞籠淡水二島正對南麂，尤當(dāng)日夕戒嚴(yán)」；林道干遁入臺灣后，俞大猷也不敢輕率進(jìn)兵?！堕}海贈言》載林有標(biāo)〈沈?qū)幒④娮缘嘟?，兩汛無警，小詩賦贈〉云：「受降城筑未經(jīng)秋，搗穴宣威至淡流……」，也明顯以攻入淡水為直搗敵域。從這一方面看，淡水不啻域外，乃匪區(qū)也。可是，另一方面，《明實錄》載萬歷三十五年福建巡撫劉學(xué)聚語，稱：「諸夷益輕中國，以故呂宋戕殺我二萬余人，日本聲言襲雞籠淡水，門庭騷動」，又明明以雞籠淡水為中國之地。
林道干、顏思齊、鄭芝龍等海盜，即游走于這個曖昧的空間中。既是中國人，又是倭寇；既是商販團(tuán)隊，又是劫掠者。
鄭成功以后，海盜的角色大變，原本被明朝視為「倭寇」之一的鄭家商盜船隊，一轉(zhuǎn)而成為明朝的國家武力。原本傍水扎寨式的占據(jù)，變成了領(lǐng)土統(tǒng)治。屯田拓墾，經(jīng)營臺灣，也成功地使其海洋事業(yè)轉(zhuǎn)型為農(nóng)耕型態(tài)。這時，倭人才暫時停止了對臺灣的染指。海上販貿(mào)固然仍在進(jìn)行，但臺灣是以國家的身分在擔(dān)任東西洋貨物轉(zhuǎn)運站這個角色的。
明鄭滅亡后，臺灣做為清朝國家體制中之一部分，情況并無改變。但清朝的辦法，是更強(qiáng)化其農(nóng)耕性，削弱其海洋商貿(mào)性格。即使商貿(mào)，亦只以臺灣與內(nèi)陸之關(guān)系為主，減弱臺灣在東西洋貿(mào)易中的地位。
因此，遲至咸豐元年，洋船始能在淡水雞籠依商貿(mào)易，官照商船征稅。其余香山、中港、鹿港、鹿耳門、打狗及各大小口汊，一律禁止洋船貿(mào)易。道光三年，打狗港及鹿耳門才開禁。見《淡水廳志》賦役志，關(guān)榷部。
可是，臺灣在海洋經(jīng)貿(mào)上擁有的地位及力量，并不能因此而完全扼止，故而在清朝統(tǒng)治期間，海盜依然是不斷出現(xiàn)的。康熙六十年，《東征集》載〈檄淡水謝守成〉云：「昨情擒獲孽丑黃來，供稱臺灣山后，尚有匪類三千人。皆長發(fā)執(zhí)械，屯聚山窩，耕田食力，又有艘艦往來」，可見此即海盜之不服清朝王法者。
這類海盜，大約不少。嘉慶以后，蔡牽之聲勢則最驚人。
清朝與蔡牽鏖戰(zhàn)多年，相關(guān)戰(zhàn)報、奏折，均見于《臺案匯錄辛集》。起自嘉慶元年，止于十八年。
蔡牽的船隊來往于臺灣與大陸之間，在臺亦無固定根據(jù)地。十年閏六月兵部奏稱：「該匪為內(nèi)地舟師跟追剿甚嚴(yán)，屢次竄來臺洋躲避，兼可截掠商船，視為利藪」「臺灣地勢袤長，濱臨大海，自淡水滬尾起至南路之東港止，計程三千余里。港汊紛歧，在在可以通舟。匪船乘風(fēng)伺劫，或南或北，往來靡定」，即指此。
其勢似甚大。嘉慶十一年三月十三日許文謨上奏稱二月間進(jìn)犯鹽水港的海盜就有「賊匪數(shù)千人」。七月，兵部資料載鹿耳門大捷，「奪獲并擊沈匪船二十一只」「擊斃、淹斃股頭賊目匪犯一千六、七百名」「搜獲偽印一顆，上刻『王印正大光明』六字」。此役清軍共調(diào)動船四十二艘，又有義民洪秀文捐助船四十五只，才能合擊成功。蔡牽船隊此次僅出動三十三只，所以寡不敵眾。但由其數(shù)量，亦可以想見他的聲勢并不下于清朝臺灣水師。滋擾甚久而一直難以平撫，不為無故。
蔡牽船隊固然襲泊之地不定，但淡水一直是他經(jīng)營著力之處。故嘉慶十一年六月十三日軍機(jī)大臣諭：「朕聞淡水滬尾以北山內(nèi)有膏腴之地，為該逆素所窺伺，此時或又竄往，亦未可知。賽阿沖可派兵前往，相機(jī)辦理」。同年三月廿六日，閩浙總督玉德奏也稱：「上年十一月內(nèi)，（陳花）隨同蔡逆盜船駛到淡水滋事，該犯在滬尾上岸打仗」。同年八月三十日，刑部為內(nèi)閣抄出福州將軍賽阿沖奏會移亦云：「淡水滬尾地居極北，逸匪尚未盡獲」。十三年，正月廿四日，賽阿沖又奏：「朱濆幫船，三十余只，先竄至雞籠洋面。……又匪船竄至滬尾」。十八年十二月廿一日，閩浙總督汪志伊題本亦載：「陳剛，原任閩浙督標(biāo)右營外委，管帶兵丁撥付臺灣剿捕蔡逆，留防臺灣滬尾?？凇?。
這些紀(jì)錄，都顯示了蔡牽的根據(jù)地之一就在淡水。清朝水師之防務(wù)，也以淡水最為吃重。因此，嘉慶二十一年八月，福建巡撫王紹蘭奏，說巡閱臺灣澎湖兵營，分別等第時，臺灣水師中、右、左三營及滬尾水師操練最精，為第一等。臺灣城守營，「艋舺、噶瑪蘭二營，布陣連環(huán)，緊湊得法，藤牌跳舞，亦屬便捷」，為二等。水師南路則弓馬軟弱，為第三等。這種排序，正反映了當(dāng)時防務(wù)吃重的程度。
依清律，凡逮到海盜：「江洋行劫大盜，立斬梟示。又洋盜案內(nèi)，接贓僅只一次者，發(fā)黑龍江給打牲索倫達(dá)呼爾為奴。又，被脅服役、雞奸者，杖一百、徒三年」（嘉慶十一年，三月廿六日，閩浙總督玉德奏折），處罰不可謂不重?？墒呛１I之勢依然如此之大，只能說是官府?dāng)嗔巳素斅?，所以趨利者不絕，絡(luò)繹于海上了。
據(jù)嘉慶十年四月十四日閩浙總督玉德奏稱，當(dāng)時總兵吳奇貴「身為大員，于海洋匪徒肆擾，自應(yīng)認(rèn)真奮勉緝捕。乃竟心存畏葸，屢催不應(yīng)。喪心病狂，實出情理之外」，應(yīng)予革職。此即可見當(dāng)時海盜聲勢足以令官兵畏戰(zhàn)。
后來經(jīng)王得祿等人戮力整頓、奮勇力戰(zhàn)之后，情況才好轉(zhuǎn)，蔡牽等人之聲勢逐漸銷戢。但海上之盜，并不止息。嘉慶二十五年（一八二○），十一月初九，有上諭云：「所稱淡水之滬尾、雞籠及噶瑪蘭一帶洋面，又有匪船游奕等語。從前洋面大幫賊船往來肆劫，剿捕多年，始行凈盡。比年洋面肅清，何以忽有匪船游奕？王得祿系水師提督，洋面皆伊所轄，責(zé)無旁貸。此等匪船若不及早撲滅，聽其勾結(jié)，又成大幫，必致滋蔓難圖。著該提督即分飭舟師出洋擒捕」。這就可以證明海上之盜是不曾止息的。
而且，嘉慶皇帝還沒有弄清楚的是：這時再度死灰復(fù)燃的小股海盜，乃是新海盜時代的先聲。帶來的，乃是比從前「洋面大幫賊船」更巨大的力量。那就是以西方國家力量來叩清朝海關(guān)關(guān)口的新海盜時代！
嘉慶君在發(fā)了上面那道上諭之后不久便過世了。道光繼位，道光四年（一八二四）姚瑩《中復(fù)堂集?上孔兵備書》有云：「舺板夷船，以販鴉片禁煙，為粵省驅(qū)逐，竄入閩洋?？偠?、巡撫、水師、提督，嚴(yán)檄沿海文武官勿任停泊。自本年三月至鹿耳門外，郡中禁嚴(yán)，遂使至雞籠。而淡水奸民恃在僻遠(yuǎn)，潛以樟腦與易鴉片；水師任其停泊，經(jīng)時不更驅(qū)逐。此中弊情，固顯然矣」。這就是指英國來販鴉片的事。
以后經(jīng)歷鴉片戰(zhàn)爭，列強(qiáng)更番入侵，法國海軍甚至進(jìn)攻淡水。這些事，讀近代史者無不知之，故不備述了。
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